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Bioinformatik Core

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Publikationen

  1. 2021

  2. The SIRPα-CD47 immune checkpoint in NK cells

    Deuse, T., Hu, X., Agbor-Enoh, S., Jang, M. K., Alawi, M., Saygi, C., Gravina, A., Tediashvili, G., Nguyen, V. Q., Liu, Y., Valantine, H., Lanier, L. L. & Schrepfer, S., 01.03.2021, in: J EXP MED. 218, 3, e20200839.

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  3. Distinct clonal lineages and within-host diversification shape invasive Staphylococcus epidermidis populations

    Both, A., Huang, J., Qi, M., Lausmann, C., Weißelberg, S., Büttner, H., Lezius, S., Failla, A. V., Christner, M., Stegger, M., Gehrke, T., Baig, S., Citak, M., Alawi, M., Aepfelbacher, M. & Rohde, H., 02.2021, in: PLOS PATHOG. 17, 2, S. e1009304

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  4. Ependymoma relapse goes along with a relatively stable epigenome, but a severely altered tumor morphology

    Yang, D., Holsten, T., Börnigen, D., Frank, S., Mawrin, C., Glatzel, M. & Schüller, U., 01.2021, in: BRAIN PATHOL. 31, 1, S. 33-44 12 S.

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  5. Deep (Meta)genomics and (Meta)transcriptome Analyses of Fungal and Bacteria Consortia From Aircraft Tanks and Kerosene Identify Key Genes in Fuel and Tank Corrosion

    Krohn, I., Bergmann, L., Qi, M., Indenbirken, D., Han, Y., Perez-Garcia, P., Katzowitsch, E., Hägele, B., Lübcke, T., Siry, C., Riemann, R., Alawi, M. & Streit, W. R., 2021, in: FRONT MICROBIOL. 12, 722259.

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  6. 2020

  7. Bi-allelic Pathogenic Variants in HS2ST1 Cause a Syndrome Characterized by Developmental Delay and Corpus Callosum, Skeletal, and Renal Abnormalities

    Schneeberger, P. E., von Elsner, L., Barker, E. L., Meinecke, P., Marquardt, I., Alawi, M., Steindl, K., Joset, P., Rauch, A., Zwijnenburg, P. J. G., Weiss, M. M., Merry, C. L. R. & Kutsche, K., 03.12.2020, in: AM J HUM GENET. 107, 6, S. 1044-1061 18 S.

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  8. Differential regulation of extracellular matrix proteins in three recurrent liver metastases of a single patient with colorectal cancer

    Voß, H., Wurlitzer, M., Smit, D. J., Ewald, F., Alawi, M., Spohn, M., Indenbirken, D., Omidi, M., David, K., Juhl, H., Simon, R., Sauter, G., Fischer, L., Izbicki, J. R., Molloy, M. P., Nashan, B., Schlüter, H. & Jücker, M., 12.2020, in: CLIN EXP METASTAS. 37, 6, S. 649-656 8 S.

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  9. Hepatocellular carcinoma: Intratumoral EpCAM-positive cancer stem cell heterogeneity identifies high-risk tumor subtype

    Krause, J., von Felden, J., Casar, C., Fründt, T. W., Galaski, J., Schmidt, C., Jung, C., Ittrich, H., Weidemann, S. A., Krech, T., Heumann, A., Li, J., Fischer, L., Sauter, G., Lohse, A. W., Wege, H. & Schulze, K., 23.11.2020, in: BMC CANCER. 20, 1, S. 1130

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  10. Deep amoA amplicon sequencing reveals community partitioning within ammonia-oxidizing bacteria in the environmentally dynamic estuary of the River Elbe

    Malinowski, M., Alawi, M., Krohn, I., Ruff, S., Indenbirken, D., Alawi, M., Karrasch, M., Lüschow, R., Streit, W. R., Timmermann, G. & Pommerening-Röser, A., 13.10.2020, in: SCI REP-UK. 10, 1, 17165.

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  11. Glioma escape signature and clonal development under immune pressure

    Maire, C. L., Mohme, M., Bockmayr, M., Fita, K. D., Riecken, K., Börnigen, D., Alawi, M., Failla, A. V., Kolbe, K., Zapf, S., Holz, M., Neumann, K., Dührsen, L., Lange, T., Fehse, B., Westphal, M. & Lamszus, K., 01.10.2020, in: J CLIN INVEST. 130, 10, S. 5257-5271 15 S.

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  12. Biallelic loss-of-function variants in TBC1D2B cause a neurodevelopmental disorder with seizures and gingival overgrowth

    Harms, F. L., Parthasarathy, P., Zorndt, D., Alawi, M., Fuchs, S., Halliday, B. J., McKeown, C., Sampaio, H., Radhakrishnan, N., Radhakrishnan, S. K., Gorce, M., Navet, B., Ziegler, A., Sachdev, R., Robertson, S. P., Nampoothiri, S. & Kutsche, K., 09.2020, in: HUM MUTAT. 41, 9, S. 1645-1661 17 S.

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  13. Exome sequencing in 38 patients with intracranial aneurysms and subarachnoid hemorrhage

    Sauvigny, T., Alawi, M., Krause, L., Renner, S., Spohn, M., Busch, A., Kolbe, V., Altmüller, J., Löscher, B-S., Franke, A., Brockmann, C., Lieb, W., Westphal, M., Schmidt, N. O., Regelsberger, J. & Rosenberger, G., 09.2020, in: J NEUROL. 267, 9, S. 2533-2545 13 S.

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  14. Genomic characterization of vulvar squamous cell carcinoma

    Prieske, K., Alawi, M., Oliveira-Ferrer, L., Jaeger, A., Eylmann, K., Burandt, E., Schmalfeldt, B., Joosse, S. A. & Woelber, L., 09.2020, in: GYNECOL ONCOL. 158, 3, S. 547-554 8 S.

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  15. Biallelic MADD variants cause a phenotypic spectrum ranging from developmental delay to a multisystem disorder

    Schneeberger, P. E., Kortüm, F., Korenke, G. C., Alawi, M., Santer, R., Woidy, M., Buhas, D., Fox, S., Juusola, J., Alfadhel, M., Webb, B. D., Coci, E. G., Abou Jamra, R., Siekmeyer, M., Biskup, S., Heller, C., Maier, E. M., Javaher-Haghighi, P., Bedeschi, M. F., Ajmone, P. F., Iascone, M., Peeters, H., Ballon, K., Jaeken, J., Rodríguez Alonso, A., Palomares-Bralo, M., Santos-Simarro, F., Meuwissen, M. E. C., Beysen, D., Kooy, R. F., Houlden, H., Murphy, D., Doosti, M., Karimiani, E. G., Mojarrad, M., Maroofian, R., Noskova, L., Kmoch, S., Honzik, T., Cope, H., Sanchez-Valle, A., Undiagnosed Diseases Network, Gelb, B. D., Kurth, I., Hempel, M. & Kutsche, K., 01.08.2020, in: BRAIN. 143, 8, S. 2437-2453 17 S.

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  16. High-resolution analysis of Merkel Cell Polyomavirus in Merkel Cell Carcinoma reveals distinct integration patterns and suggests NHEJ and MMBIR as underlying mechanisms

    Czech-Sioli, M., Günther, T., Therre, M., Spohn, M., Indenbirken, D., Theiss, J., Riethdorf, S., Qi, M., Alawi, M., Wülbeck, C., Fernandez-Cuesta, I., Esmek, F., Becker, J. C., Grundhoff, A. & Fischer, N., 08.2020, in: PLOS PATHOG. 16, 8, e1008562.

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  17. Clonal Evolution after Allogeneic Hematopoietic Stem Cell Transplantation

    Christopeit, M., Badbaran, A., Alawi, M., Flach, J., Fehse, B. & Kröger, N., 07.2020, in: BIOL BLOOD MARROW TR. 26, 7, S. e167-e170

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  18. Draft Genome Sequence of the Green Alga Scenedesmus acuminatus SAG 38.81

    Astafyeva, Y., Alawi, M., Indenbirken, D., Danso, D., Grundhoff, A., Hanelt, D., Streit, W. R. & Krohn, I., 11.06.2020, in: MICROBIOL RESOUR ANN. 9, 24, e01278-19.

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  19. A prenatally disrupted airway epithelium orchestrates the fetal origin of asthma in mice

    Zazara-Giannou, D., Wegmann, M., Giannou, A. D., Hierweger, A. M., Alawi, M., Thiele, K., Huber, S., Pincus, M., Muntau, A. C., Solano, M. E. & Arck, P. C., 06.2020, in: J ALLERGY CLIN IMMUN. 145, 6, S. 1641-1654 14 S.

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  20. Cellular Importin-α3 Expression Dynamics in the Lung Regulate Antiviral Response Pathways against Influenza A Virus Infection

    Thiele, S., Stanelle-Bertram, S., Beck, S., Kouassi, N. M., Zickler, M., Müller, M., Tuku, B., Resa-Infante, P., van Riel, D., Alawi, M., Günther, T., Rother, F., Hügel, S., Reimering, S., McHardy, A., Grundhoff, A., Brune, W., Osterhaus, A., Bader, M., Hartmann, E. & Gabriel, G., 21.04.2020, in: CELL REP. 31, 3, 107549.

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  21. Molecular profiling of an osseous metastasis in glioblastoma during checkpoint inhibition: potential mechanisms of immune escape

    Mohme, M., Maire, C. L., Schliffke, S., Joosse, S. A., Alawi, M., Matschke, J., Schüller, U., Dierlamm, J., Martens, T., Pantel, K., Riethdorf, S., Lamszus, K. & Westphal, M., 09.03.2020, in: ACTA NEUROPATHOL COM. 8, 1, 28.

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  22. The landscape of viral associations in human cancers

    Zapatka, M., Borozan, I., Brewer, D. S., Iskar, M., Grundhoff, A., Alawi, M., Desai, N., Sültmann, H., Moch, H., Cooper, C. S., Eils, R., Ferretti, V., Lichter, P. & PCAWG Pathogens, 03.2020, in: NAT GENET. 52, 3, S. 320-330 11 S.

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  23. Extremophilic nitrite-oxidizing Chloroflexi from Yellowstone hot springs

    Spieck, E., Spohn, M., Wendt, K., Bock, E., Shively, J., Frank, J., Indenbirken, D., Alawi, M., Lücker, S. & Hüpeden, J., 02.2020, in: ISME J. 14, 2, S. 364-379 16 S.

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  24. Pan-cancer analysis of whole genomes

    ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes Consortium, 02.2020, in: NATURE. 578, 7793, S. 82-93 12 S.

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  25. Case Report on Very Early Afterdepolarizations in HiPSC-Cardiomyocytes-An Artifact by Big Conductance Calcium Activated Potassium Current (Ibk,Ca)

    Horváth, A., Christ, T., Koivumäki, J. T., Prondzynski, M., Zech, A. T. L., Spohn, M., Saleem, U., Mannhardt, I., Ulmer, B., Girdauskas, E., Meyer, C., Hansen, A., Eschenhagen, T. & Lemoine, M. D., 20.01.2020, in: CELLS-BASEL. 9, 1

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  26. 2019

  27. The transcriptional coactivator and histone acetyltransferase CBP regulates neural precursor cell development and migration

    Schoof, M., Launspach, M., Holdhof, D., Nguyen, L., Engel, V., Filser, S., Peters, F., Immenschuh, J., Hellwig, M., Niesen, J., Mall, V., Ertl-Wagner, B., Hagel, C., Spohn, M., Lutz, B., Sedlacik, J., Indenbirken, D., Merk, D. J. & Schüller, U., 05.12.2019, in: ACTA NEUROPATHOL COM. 7, 1, S. 199

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  28. Disease modeling of a mutation in α-actinin 2 guides clinical therapy in hypertrophic cardiomyopathy

    Prondzynski, M., Lemoine, M. D., Zech, A. T. L., Horvath, A., Di Mauro, V., Koivumäki, J. T., Kresin, N., Busch, J., Krause, T., Krämer, E., Schlossarek, S., Spohn, M., Friedrich, F., Münch, J., Laufer, S., Redwood, C., Volk, A. E., Hansen, A., Mearini, G., Catalucci, D., Meyer, C., Christ, T., Patten, M., Eschenhagen, T. & Carrier, L., 12.2019, in: EMBO MOL MED. 11, 12, e11115.

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  29. Characterization of novel, recurrent genomic rearrangements as sensitive MRD targets in childhood B-cell precursor ALL

    Zur Stadt, U., Alawi, M., Adao, M., Indenbirken, D., Escherich, G. & Horstmann, M. A., 29.11.2019, in: BLOOD CANCER J. 9, 12, S. 96

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  30. DAMIAN an open source bioinformatics tool for fast, systematic and cohort based analysis of microorganisms in diagnostic samples

    Alawi, M., Burkhardt, L., Indenbirken, D., Reumann, K., Christopeit, M., Kröger, N., Lütgehetmann, M., Aepfelbacher, M., Fischer, N. & Grundhoff, A., 14.11.2019, in: SCI REP-UK. 9, 1, S. 16841

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  31. Biallelic and De Novo Variants in DONSON Reveal a Clinical Spectrum of Cell Cycle-opathies with Microcephaly, Dwarfism and Skeletal Abnormalities

    Karaca, E., Posey, J. E., Bostwick, B., Liu, P., Gezdirici, A., Yesil, G., Coban Akdemir, Z., Bayram, Y., Harms, F. L., Meinecke, P., Alawi, M., Bacino, C. A., Sutton, V. R., Kortüm, F. & Lupski, J. R., 10.2019, in: AM J MED GENET A. 179, 10, S. 2056-2066 11 S.

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  32. De novo mutations in mitochondrial DNA of iPSCs produce immunogenic neoepitopes in mice and humans

    Deuse, T., Hu, X., Agbor-Enoh, S., Koch, M., Spitzer, M. H., Gravina, A., Alawi, M., Marishta, A., Peters, B., Kosaloglu-Yalcin, Z., Yang, Y., Rajalingam, R., Wang, D., Nashan, B., Kiefmann, R., Reichenspurner, H., Valantine, H., Weissman, I. L. & Schrepfer, S., 10.2019, in: NAT BIOTECHNOL. 37, 10, S. 1137-1144 8 S.

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  33. Alternative interaction sites in the influenza A virus nucleoprotein mediate viral escape from the importin-α7 mediated nuclear import pathway

    Resa-Infante, P., Bonet, J., Thiele, S., Alawi, M., Stanelle-Bertram, S., Tuku, B., Beck, S., Oliva, B. & Gabriel, G., 09.2019, in: FEBS J. 286, 17, S. 3374-3388 15 S.

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  34. Next-generation sequencing of 32 genes associated with hereditary aortopathies and related disorders of connective tissue in a cohort of 199 patients

    Renner, S., Schüler, H., Alawi, M., Kolbe, V., Rybczynski, M., Woitschach, R., Sheikhzadeh, S., Stark, V. C., Olfe, J., Roser, E., Seggewies, F. S., Mahlmann, A., Hempel, M., Hartmann, M. J., Hillebrand, M., Wieczorek, D., Volk, A. E., Kloth, K., Koch-Hogrebe, M., Abou Jamra, R., Mitter, D., Altmüller, J., Wey-Fabrizius, A., Petersen, C., Rau, I., Borck, G., Kubisch, C., Mir, T. S., von Kodolitsch, Y., Kutsche, K. & Rosenberger, G., 08.2019, in: GENET MED. 21, 8, S. 1832-1841 10 S.

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  35. Lineage-specific control of TFIIH by MITF determines transcriptional homeostasis and DNA repair

    Seoane, M., Buhs, S., Iglesias, P., Strauss, J., Puller, A-C., Müller, J., Gerull, H., Feldhaus, S., Alawi, M., Brandner, J. M., Eggert, D., Du, J., Thomale, J., Wild, P. J., Zimmermann, M., Sternsdorf, T., Schumacher, U., Nollau, P., Fisher, D. E. & Horstmann, M. A., 05.2019, in: ONCOGENE. 38, 19, S. 3616-3635 20 S.

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  36. TCF4 (E2-2) harbors tumor suppressive functions in SHH medulloblastoma

    Hellwig, M., Lauffer, M. C., Bockmayr, M., Spohn, M., Merk, D. J., Harrison, L., Ahlfeld, J., Kitowski, A., Neumann, J. E., Ohli, J., Holdhof, D., Niesen, J., Schoof, M., Kool, M., Kraus, C., Zweier, C., Holmberg, D. & Schüller, U., 04.2019, in: ACTA NEUROPATHOL. 137, 4, S. 657-673 17 S.

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  37. T-lymphocyte-specific knockout of IKK-2 or NEMO induces T17 cells in an experimental nephrotoxic nephritis mouse model

    Guo, L., Huang, J., Chen, M., Piotrowski, E., Song, N., Zahner, G., Paust, H-J., Alawi, M., Geffers, R. & Thaiss, F., 02.2019, in: FASEB J. 33, 2, S. 2359-2371 13 S.

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  38. TDP-43 enhances translation of specific mRNAs linked to neurodegenerative disease

    Neelagandan, N., Gonnella, G., Dang, S., Janiesch, P. C., Miller, K. K., Küchler, K., Marques, R. F., Indenbirken, D., Alawi, M., Grundhoff, A., Kurtz, S. & Duncan, K. E., 10.01.2019, in: NUCLEIC ACIDS RES. 47, 1, S. 341-361 21 S.

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  39. High-Throughput Immunogenetics Reveals a Lack of Physiological T Cell Clusters in Patients With Autoimmune Cytopenias

    Simnica, D., Schliffke, S., Schultheiß, C., Bonzanni, N., Fanchi, L. F., Akyüz, N., Gösch, B., Casar, C., Thiele, B., Schlüter, J., Lohse, A. W. & Binder, M., 2019, in: FRONT IMMUNOL. 10, S. 1897

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  40. 2018

  41. Coinheritance of biallelic SLURP1 and SLC39A4 mutations cause a severe genodermatosis with skin peeling and hair loss all over the body

    Harms, F. L., Nampoothiri, S., Kortüm, F., Thomas, J., Panicker, V. V., Alawi, M., Altmüller, J., Yesodharan, D. & Kutsche, K., 11.2018, in: BRIT J DERMATOL. 179, 5, S. 1192-1194 3 S.

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  42. Reply: ATAD1 encephalopathy and stiff baby syndrome: a recognizable clinical presentation

    Piard, J., Essien Umanah, G. K., Harms, F. L., Abalde-Atristain, L., Amram, D., Chang, M., Chen, R., Alawi, M., Salpietro, V., Rees, M. I., Chung, S-K., Houlden, H., Verloes, A., Dawson, T. M., Dawson, V. L., Van Maldergem, L. & Kutsche, K., 01.06.2018, in: BRAIN. 141, 6, S. e50

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  43. Clinical and genetic spectrum of AMPD2-related pontocerebellar hypoplasia type 9

    Kortüm, F., Jamra, R. A., Alawi, M., Berry, S. A., Borck, G., Helbig, K. L., Tang, S., Huhle, D., Korenke, G. C., Hebbar, M., Shukla, A., Girisha, K. M., Steinlin, M., Waldmeier-Wilhelm, S., Montomoli, M., Guerrini, R., Lemke, J. R. & Kutsche, K., 05.2018, in: EUR J HUM GENET. 26, 5, S. 695-708 14 S.

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  44. A homozygous ATAD1 mutation impairs postsynaptic AMPA receptor trafficking and causes a lethal encephalopathy

    Piard, J., Umanah, G. K. E., Harms, F. L., Abalde-Atristain, L., Amram, D., Chang, M., Chen, R., Alawi, M., Salpietro, V., Rees, M. I., Chung, S-K., Houlden, H., Verloes, A., Dawson, T. M., Dawson, V. L., Van Maldergem, L. & Kutsche, K., 01.03.2018, in: BRAIN. 141, 3, S. 651-661 11 S.

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  45. Elsahy-Waters syndrome is caused by biallelic mutations in CDH11

    Harms, F. L., Nampoothiri, S., Anazi, S., Yesodharan, D., Alawi, M., Kutsche, K. & Alkuraya, F. S., 02.2018, in: AM J MED GENET A. 176, 2, S. 477-482 6 S.

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  46. The novel RAF1 mutation p.(Gly361Ala) located outside the kinase domain of the CR3 region in two patients with Noonan syndrome, including one with a rare brain tumor

    Harms, F. L., Alawi, M., Amor, D. J., Tan, T. Y., Cuturilo, G., Lissewski, C., Brinkmann, J., Schanze, D., Kutsche, K. & Zenker, M., 02.2018, in: AM J MED GENET A. 176, 2, S. 470-476 7 S.

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  47. 2017

  48. Alterations in oral bacterial communities are associated with risk factors for oral and oropharyngeal cancer

    Börnigen, D., Ren, B., Pickard, R., Li, J., Ozer, E., Hartmann, E. M., Xiao, W., Tickle, T., Rider, J., Gevers, D., Franzosa, E. A., Davey, M. E., Gillison, M. L. & Huttenhower, C., 15.12.2017, in: SCI REP-UK. 7, 1, S. 17686

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  49. Long-term CD38 saturation by daratumumab interferes with diagnostic myeloma cell detection

    Oberle, A., Brandt, A., Alawi, M., Langebrake, C., Janjetovic, S., Wolschke, C., Schütze, K., Bannas, P., Kröger, N., Koch-Nolte, F., Bokemeyer, C. & Binder, M., 09.2017, in: HAEMATOLOGICA. 102, 9, S. e368-e370

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › Andere (Vorworte u.ä.) › Forschung

  50. Comparative study of whole genome amplification and next generation sequencing performance of single cancer cells

    Babayan, A., Alawi, M., Gormley, M., Müller, V., Wikman, H., McMullin, R. P., Smirnov, D. A., Li, W., Geffken, M., Pantel, K. & Joosse, S. A., 22.08.2017, in: ONCOTARGET. 8, 34, S. 56066-56080 15 S.

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung

  51. Optimization of design and production strategies for novel adeno-associated viral display peptide libraries

    Körbelin, J., Hunger, A., Alawi, M., Sieber, T., Binder, M. & Trepel, M., 08.2017, in: GENE THER. 24, 8, S. 470-481

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung

  52. Recovery of the first full-length genome sequence of a parapoxvirus directly from a clinical sample

    Günther, T., Haas, L., Alawi, M., Wohlsein, P., Marks, J., Grundhoff, A., Becher, P. & Fischer, N., 16.06.2017, in: SCI REP-UK. 7, 1, S. 3734

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung

  53. Monitoring multiple myeloma by next-generation sequencing of V(D)J rearrangements from circulating myeloma cells and cell-free myeloma DNA

    Oberle, A., Brandt, A., Voigtländer, M., Thiele, B., Radloff, J., Schulenkorf, A., Alawi, M., Akyüz, N., März, M., Ford, C. T., Krohn-Grimberghe, A. & Binder, M., 06.2017, in: HAEMATOLOGICA. 102, 6, S. 1105-1111

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  54. BRD4 promotes p63 and GRHL3 expression downstream of FOXO in mammary epithelial cells

    Nagarajan, S., Bedi, U., Budida, A., Hamdan, F. H., Mishra, V. K., Najafova, Z., Xie, W., Alawi, M., Indenbirken, D., Knapp, S., Chiang, C-M., Grundhoff, A., Kari, V., Scheel, C. H., Wegwitz, F. & Johnsen, S. A., 07.04.2017, in: NUCLEIC ACIDS RES. 45, 6, S. 3130-3145 16 S.

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  55. Novel poly-uridine insertion in the 3'UTR and E2 amino acid substitutions in a low virulent classical swine fever virus

    Coronado, L., Liniger, M., Muñoz-González, S., Postel, A., Pérez, L. J., Pérez-Simó, M., Perera, C. L., Frías-Lepoureau, M. T., Rosell, R., Grundhoff, A., Indenbirken, D., Alawi, M., Fischer, N., Becher, P., Ruggli, N. & Ganges, L., 03.2017, in: VET MICROBIOL. 201, S. 103-112 10 S.

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