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Bioinformatik Core

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Publikationen

  1. 2017

  2. Mutational landscape reflects the biological continuum of plasma cell dyscrasias

    Rossi, A., Voigtländer, M., Janjetovic, S., Thiele, B., Alawi, M., März, M., Brandt, A., Hansen, T., Radloff, J., Schön, G., Hegenbart, U., Schönland, S., Langer, C., Bokemeyer, C. & Binder, M., 24.02.2017, in: BLOOD CANCER J. 7, 2, S. e537

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  3. Mutations in EBF3 Disturb Transcriptional Profiles and Cause Intellectual Disability, Ataxia, and Facial Dysmorphism

    Harms, F. L., Girisha, K. M., Hardigan, A. A., Kortüm, F., Shukla, A., Alawi, M., Dalal, A., Brady, L., Tarnopolsky, M., Bird, L. M., Ceulemans, S., Bebin, M., Bowling, K. M., Hiatt, S. M., Lose, E. J., Primiano, M., Chung, W. K., Juusola, J., Akdemir, Z. C., Bainbridge, M., Charng, W-L., Drummond-Borg, M., Eldomery, M. K., El-Hattab, A. W., Saleh, M. A. M., Bézieau, S., Cogné, B., Isidor, B., Küry, S., Lupski, J. R., Myers, R. M., Cooper, G. M. & Kutsche, K., 05.01.2017, in: AM J HUM GENET. 100, 1, S. 117-127

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  4. Acute Liver Failure Meets SOPH Syndrome: A Case Report on an Intermediate Phenotype

    Kortüm, F., Marquardt, I., Alawi, M., Korenke, G. C., Spranger, S., Meinecke, P. & Kutsche, K., 01.2017, in: PEDIATRICS. 139, 1, S. pii: e20160550

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  5. Insights into Microalga and Bacteria Interactions of Selected Phycosphere Biofilms Using Metagenomic, Transcriptomic, and Proteomic Approaches

    Krohn-Molt, I., Alawi, M., Förstner, K. U., Wiegandt, A., Burkhardt, L., Indenbirken, D., Thieß, M., Grundhoff, A., Kehr, J., Tholey, A. & Streit, W. R., 2017, in: FRONT MICROBIOL. 8, S. 1941

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  6. 2016

  7. Versatility of Biofilm Matrix Molecules in Staphylococcus epidermidis Clinical Isolates and Importance of Polysaccharide Intercellular Adhesin Expression during High Shear Stress

    Schaeffer, C. R., Hoang, T-M. N., Sudbeck, C. M., Alawi, M., Tolo, I. E., Robinson, D. A., Horswill, A. R., Rohde, H. & Fey, P. D., 18.10.2016, in: MSPHERE. 1, 5, S. e00165-16.

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  8. De Novo Truncating Variants in ASXL2 Are Associated with a Unique and Recognizable Clinical Phenotype

    Shashi, V., Pena, L. D. M., Kim, K., Burton, B., Hempel, M., Schoch, K., Walkiewicz, M., McLaughlin, H. M., Cho, M., Stong, N., Hickey, S. E., Shuss, C. M., Undiagnosed Diseases Network, Freemark, M. S., Bellet, J. S., Keels, M. A., Bonner, M. J., El-Dairi, M., Butler, M., Kranz, P. G., Stumpel, C. T. R. M., Klinkenberg, S., Oberndorff, K., Alawi, M., Santer, R., Petrovski, S., Kuismin, O., Korpi-Heikkilä, S., Pietilainen, O., Aarno, P., Kurki, M. I., Hoischen, A., Need, A. C., Goldstein, D. B. & Kortüm, F., 06.10.2016, in: AM J HUM GENET. 99, 4, S. 991-999 9 S.

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  9. Indication of Horizontal DNA Gene Transfer by Extracellular Vesicles

    Fischer, S., Cornils, K., Speiseder, T., Badbaran, A., Reimer, R., Indenbirken, D., Grundhoff, A., Brunswig-Spickenheier, B., Alawi, M. & Lange, C., 30.09.2016, in: PLOS ONE. 11, 9, S. e0163665

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  10. Correlation of somatic mutations with outcome after FLAMSA-busulfan sequential conditioning and allogeneic stem cell transplantation in patients with MDS

    Christopeit, M., Badbaran, A., Alawi, M., Zabelina, T., Zeck, G., Wolschke, C., Ayuketang, F. A. & Kröger, N., 01.09.2016, in: EUR J HAEMATOL. 97, 3, S. 288-96

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  11. A novel multiple joint dislocation syndrome associated with a homozygous nonsense variant in the EXOC6B gene

    Girisha, K. M., Kortüm, F., Shah, H., Alawi, M., Dalal, A., Bhavani, G. S. & Kutsche, K., 01.08.2016, in: EUR J HUM GENET. 24, 8, S. 1206-10

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  12. Homozygous HOXB1 loss-of-function mutation in a large family with hereditary congenital facial paresis

    Vogel, M., Velleuer, E., Schmidt-Jiménez, L. F., Mayatepek, E., Borkhardt, A., Alawi, M., Kutsche, K. & Kortüm, F., 07.2016, in: AM J MED GENET A. 170, 7, S. 1813-9 7 S.

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  13. Pegivirus Infection in Domestic Pigs, Germany

    Baechlein, C., Grundhoff, A., Fischer, N., Alawi, M., Hoeltig, D., Waldmann, K-H. & Becher, P., 07.2016, in: EMERG INFECT DIS. 22, 7, S. 1312-4 3 S.

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  14. Runx1 downregulates stem cell and megakaryocytic transcription programs that support niche interactions

    Behrens, K., Triviai, I., Schwieger, M., Tekin, N., Alawi, M., Spohn, M., Indenbirken, D., Ziegler, M., Müller, U., Alexander, W. S. & Stocking, C., 30.06.2016, in: BLOOD. 127, 26, S. 3369-81 13 S.

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  15. A transplant “immunome” screening platform defines a targetable epitope fingerprint of multiple myeloma

    Schieferdecker, A., Oberle, A., Thiele, B., Hofmann, F., Göthel, M., Miethe, S., Hust, M., Braig, F., Voigt, M., Pein, U-M., Nolte, F., Haag, F., Alawi, M., Indenbirken, D., Grundhoff, A., Bokemeyer, C., Bacher, U., Kröger, N. & Binder, M., 23.06.2016, in: BLOOD. 127, 25, S. 3202-14

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  16. Immunosuppressive Yersinia Effector YopM Binds DEAD Box Helicase DDX3 to Control Ribosomal S6 Kinase in the Nucleus of Host Cells

    Berneking, L., Schnapp, M., Rumm, A., Trasak, C., Ruckdeschel, K., Alawi, M., Grundhoff, A., Kikhney, A. G., Nolte, F., Buck, F., Perbandt, M., Betzel, C., Svergun, D. I., Hentschke, M. & Aepfelbacher, M., 13.06.2016, in: PLOS PATHOG. 12, 6, S. e1005660

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  17. IL-23 prevents IL-13-dependent tissue repair associated with Ly6C(lo) monocytes in Entamoeba histolytica-induced liver damage

    Noll, J., Helk, E., Fehling, H., Bernin, H., Marggraff, C., Jacobs, T., Huber, S., Pelczar, P., Ernst, T., Ittrich, H., Otto, B., Mittrücker, H-W., Hölscher, C., Tacke, F., Bruchhaus, I., Tannich, E. & Lotter, H., 05.2016, in: J HEPATOL. 64, 5, S. 1147-57

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  18. Functional dissection of an alternatively spliced herpesvirus gene by splice site mutagenesis

    Schommartz, T., Loroch, S., Alawi, M., Grundhoff, A., Sickmann, A. & Brune, W., 14.04.2016, in: J VIROL. 90, 9, S. 4626-36

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  19. Rapid Capture Next-Generation Sequencing in Clinical Diagnostics of Kinase Pathway Aberrations in B-Cell Precursor ALL

    Stadt, U. Z., Escherich, G., Indenbirken, D., Alawi, M., Adao, M. & Horstmann, M. A., 23.03.2016, in: PEDIATR BLOOD CANCER. 63, 7, S. 1283-6

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  20. Essential control of early B-cell development by Mef2 transcription factors

    Herglotz, J., Unrau, L., Hauschildt, F., Fischer, M., Kriebitzsch, N., Alawi, M., Indenbirken, D., Spohn, M., Müller, U., Ziegler, M., Schuh, W., Jäck, H-M. & Stocking, C., 04.02.2016, in: BLOOD. 127, 5, S. 572-81 10 S.

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  21. Deep metagenome and metatranscriptome analyses of microbial communities affiliated with an industrial biogas fermenter, a cow rumen, and elephant feces reveal major differences in carbohydrate hydrolysis strategies

    Güllert, S., Fischer, M. A., Turaev, D., Noebauer, B., Ilmberger, N., Wemheuer, B., Alawi, M., Rattei, T., Daniel, R., Schmitz, R. A., Grundhoff, A. & Streit, W. R., 2016, in: BIOTECHNOL BIOFUELS. 9, S. 121

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  22. Systems Medicine as an Emerging Tool for Cardiovascular Genetics

    Haase, T., Börnigen, D., Müller, C. & Zeller, T., 2016, in: FRONT CARDIOVASC MED. 3, S. 27

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  23. 2015

  24. Emergence of daptomycin non-susceptibility in colonizing vancomycin-resistant Enterococcus faecium isolates during daptomycin therapy

    Lellek, H., Franke, G. C., Ruckert, C., Wolters, M., Wolschke, C., Christner, M., Büttner, H., Alawi, M., Kröger, N. & Rohde, H., 12.09.2015, in: INT J MED MICROBIOL. 305, 8, S. 902-909

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  25. A Comprehensive Analysis of Replicating Merkel Cell Polyomavirus Genomes Delineates the Viral Transcription Program and Suggests a Role for mcv-miR-M1 in Episomal Persistence

    Theiss, J. M., Günther, T., Alawi, M., Neumann, F., Tessmer, U., Fischer, N. & Grundhoff, A., 07.2015, in: PLOS PATHOG. 11, 7, S. e1004974

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  26. Evaluation of Unbiased Next-Generation Sequencing of RNA (RNA-seq) as a Diagnostic Method in Influenza Virus-Positive Respiratory Samples

    Fischer, N., Indenbirken, D., Meyer, T., Lütgehetmann, M., Lellek, H., Spohn, M., Aepfelbacher, M., Alawi, M. & Grundhoff, A., 07.2015, in: J CLIN MICROBIOL. 53, 7, S. 2238-50 13 S.

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  27. Identification of a Novel Hepacivirus in Domestic Cattle from Germany

    Fischer, N., Baechlein, C., Grundhoff, A., Alawi, M., Indenbirken, D., Postel, A., Baron, A. L., Offinger, J., Becker, K., Beineke, A., Rehage, J. & Becher, P., 07.2015, in: J VIROL. 89, 14, S. 7007-15 9 S.

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  28. Mutations in KCNH1 and ATP6V1B2 cause Zimmermann-Laband syndrome

    Kortüm, F., Caputo, V., Bauer, C. K., Stella, L., Ciolfi, A., Alawi, M., Bocchinfuso, G., Flex, E., Paolacci, S., Dentici, M. L., Grammatico, P., Korenke, G. C., Leuzzi, V., Mowat, D., Nair, L. D. V., Nguyen, T. T. M., Thierry, P., White, S. M., Dallapiccola, B., Pizzuti, A., Campeau, P. M., Tartaglia, M. & Kutsche, K., 01.06.2015, in: NAT GENET. 47, 6, S. 661-7 7 S.

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  29. Epidermal growth factor receptor mutation mediates cross-resistance to panitumumab and cetuximab in gastrointestinal cancer

    Braig, F., März, M., Schieferdecker, A., Schulte, A., Voigt, M., Stein, A., Grob, T., Alawi, M., Indenbirken, D., Kriegs, M., Engel, E., Vanhoefer, U., Grundhoff, A., Loges, S., Riecken, K., Fehse, B., Bokemeyer, C. & Binder, M., 20.05.2015, in: ONCOTARGET. 6, 14, S. 12035-47 13 S.

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  30. Mutations in NDUFB11, Encoding a Complex I Component of the Mitochondrial Respiratory Chain, Cause Microphthalmia with Linear Skin Defects Syndrome

    van Rahden, V. A., Fernandez-Vizarra, E., Alawi, M., Brand, K., Fellmann, F., Horn, D., Zeviani, M. & Kutsche, K., 02.04.2015, in: AM J HUM GENET. 96, 4, S. 640-50 11 S.

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  31. Deciphering the microRNA signature of pathological cardiac hypertrophy by engineered heart tissue- and sequencing-technology

    Hirt, M. N., Werner, T., Indenbirken, D., Alawi, M., Demin, P., Kunze, A-C., Stenzig, J., Starbatty, J., Hansen, A., Fiedler, J., Thum, T. & Eschenhagen, T., 01.04.2015, in: J MOL CELL CARDIOL. 81, S. 1-9 9 S.

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  32. Close relationship of ruminant pestiviruses and classical Swine Fever virus

    Postel, A., Schmeiser, S., Oguzoglu, T. C., Indenbirken, D., Alawi, M., Fischer, N., Grundhoff, A. & Becher, P., 04.2015, in: EMERG INFECT DIS. 21, 4, S. 668-72 5 S.

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  33. SCNT-derived ESCs with mismatched mitochondria trigger an immune response in allogeneic hosts

    Deuse, T., Wang, D., Stubbendorff, M., Itagaki, R., Grabosch, A., Greaves, L. C., Alawi, M., Grünewald, A., Hu, X., Hua, X., Velden, J., Reichenspurner, H., Robbins, R. C., Jaenisch, R., Weissman, I. L. & Schrepfer, S., 08.01.2015, in: CELL STEM CELL. 16, 1, S. 33-38 6 S.

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  34. An AP4B1 frameshift mutation in siblings with intellectual disability and spastic tetraplegia further delineates the AP-4 deficiency syndrome

    Abdollahpour, H., Alawi, M., Kortüm, F., Beckstette, M., Seemanova, E., Komárek, V., Rosenberger, G. & Kutsche, K., 2015, in: EUR J HUM GENET. 23, 2, S. 256-259

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  35. 2014

  36. Bromodomain protein BRD4 is required for estrogen receptor-dependent enhancer activation and gene transcription

    Nagarajan, S., Hossan, T., Alawi, M., Najafova, Z., Indenbirken, D., Bedi, U., Taipaleenmäki, H., Ben-Batalla, I., Scheller, M., Loges, S., Knapp, S., Hesse, E., Chiang, C-M., Grundhoff, A. & Johnsen, S. A., 24.07.2014, in: CELL REP. 8, 2, S. 459-468 10 S.

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  37. Next-generation sequencing of peripheral B-lineage cells pinpoints the circulating clonotypic cell pool in multiple myeloma

    Thiele, B., Kloster, M., Alawi, M., Indenbirken, D., Trepel, M., Grundhoff, A. & Binder, M., 05.06.2014, in: BLOOD. 123, 23, S. 3618-21 4 S.

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  38. Rapid Metagenomic Diagnostics for Suspected Outbreak of Severe Pneumonia

    Fischer, N., Rohde, H., Indenbirken, D., Günther, T., Reumann, K., Lütgehetmann, M., Meyer, T., Kluge, S., Aepfelbacher, M., Alawi, M. & Grundhoff, A., 01.06.2014, in: EMERG INFECT DIS. 20, 6, S. 1072-5 4 S.

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  39. A comparative metagenome survey of the fecal microbiota of a breast- and a plant-fed Asian elephant reveals an unexpectedly high diversity of glycoside hydrolase family enzymes

    Ilmberger, N., Güllert, S., Dannenberg, J., Rabausch, U., Torres, J., Wemheuer, B., Alawi, M., Poehlein, A., Chow, J., Turaev, D., Rattei, T., Schmeisser, C., Salomon, J., Olsen, P. B., Daniel, R., Grundhoff, A., Borchert, M. S. & Streit, W. R., 2014, in: PLOS ONE. 9, 9, S. e106707

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  40. 2013

  41. Metagenome survey of a multispecies and alga-associated biofilm revealed key elements of bacterial-algal interactions in photobioreactors

    Krohn-Molt, I., Wemheuer, B., Alawi, M., Poehlein, A., Güllert, S., Schmeisser, C., Pommerening-Röser, A., Grundhoff, A., Daniel, R., Hanelt, D. & Streit, W. R., 10.2013, in: APPL ENVIRON MICROB. 79, 20, S. 6196-6206 11 S.

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  42. Dual roles of the transcription factor grainyhead-like 2 (GRHL2) in breast cancer

    Werner, S., Frey, S., Riethdorf, S., Schulze, C., Alawi, M., Kling, L., Vafaizadeh, V., Sauter, G., Terracciano, L., Schumacher, U., Pantel, K. & Assmann, V., 09.08.2013, in: J BIOL CHEM. 288, 32, S. 22993-3008 16 S.

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  43. Runx1 is essential at two stages of early murine B-cell development

    Niebuhr, B., Kriebitzsch, N., Fischer, M., Behrens, K., Günther, T., Alawi, M., Bergholz, U., Müller, U., Roscher, S., Ziegler, M., Buchholz, F., Grundhoff, A. & Stocking, C., 18.07.2013, in: BLOOD. 122, 3, S. 413-23 11 S.

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  44. 2011

  45. CASSys: an integrated software-system for the interactive analysis of ChIP-seq data

    Alawi, M., Kurtz, S. & Beckstette, M., 2011, in: J INTEGR BIOINFORMAT. 8, 2, S. 155

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