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Publikationen

  1. 2020

  2. Clonal Evolution after Allogeneic Hematopoietic Stem Cell Transplantation

    Christopeit, M., Badbaran, A., Alawi, M., Flach, J., Fehse, B. & Kröger, N., 07.2020, in: BIOL BLOOD MARROW TR. 26, 7, S. e167-e170

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  3. Draft Genome Sequence of the Green Alga Scenedesmus acuminatus SAG 38.81

    Astafyeva, Y., Alawi, M., Indenbirken, D., Danso, D., Grundhoff, A., Hanelt, D., Streit, W. R. & Krohn, I., 11.06.2020, in: MICROBIOL RESOUR ANN. 9, 24, e01278-19.

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  4. A prenatally disrupted airway epithelium orchestrates the fetal origin of asthma in mice

    Zazara-Giannou, D., Wegmann, M., Giannou, A. D., Hierweger, A. M., Alawi, M., Thiele, K., Huber, S., Pincus, M., Muntau, A. C., Solano, M. E. & Arck, P. C., 06.2020, in: J ALLERGY CLIN IMMUN. 145, 6, S. 1641-1654 14 S.

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  5. Cellular Importin-α3 Expression Dynamics in the Lung Regulate Antiviral Response Pathways against Influenza A Virus Infection

    Thiele, S., Stanelle-Bertram, S., Beck, S., Kouassi, N. M., Zickler, M., Müller, M., Tuku, B., Resa-Infante, P., van Riel, D., Alawi, M., Günther, T., Rother, F., Hügel, S., Reimering, S., McHardy, A., Grundhoff, A., Brune, W., Osterhaus, A., Bader, M., Hartmann, E. & Gabriel, G., 21.04.2020, in: CELL REP. 31, 3, 107549.

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  6. Molecular profiling of an osseous metastasis in glioblastoma during checkpoint inhibition: potential mechanisms of immune escape

    Mohme, M., Maire, C. L., Schliffke, S., Joosse, S. A., Alawi, M., Matschke, J., Schüller, U., Dierlamm, J., Martens, T., Pantel, K., Riethdorf, S., Lamszus, K. & Westphal, M., 09.03.2020, in: ACTA NEUROPATHOL COM. 8, 1, 28.

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  7. The landscape of viral associations in human cancers

    Zapatka, M., Borozan, I., Brewer, D. S., Iskar, M., Grundhoff, A., Alawi, M., Desai, N., Sültmann, H., Moch, H., Cooper, C. S., Eils, R., Ferretti, V., Lichter, P. & PCAWG Pathogens, 03.2020, in: NAT GENET. 52, 3, S. 320-330 11 S.

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  8. Force and Calcium Transients Analysis in Human Engineered Heart Tissues Reveals Positive Force-Frequency Relation at Physiological Frequency

    Saleem, U., Mannhardt, I., Braren, I., Denning, C., Eschenhagen, T. & Hansen, A., 11.02.2020, in: STEM CELL REP. 14, 2, S. 312-324 13 S.

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  9. Evaluation of Microfluidic Ceiling Designs for the Capture of Circulating Tumor Cells on a Microarray Platform

    Liu, H-Y., Koch, C., Haller, A., Joosse, S. A., Kumar, R., Vellekoop, M. J., Horst, L. J., Keller, L., Babayan, A., Failla, A. V., Jensen, J., Peine, S., Keplinger, F., Fuchs, H., Pantel, K. & Hirtz, M., 02.2020, in: ADV BIOSYST. 4, 2, S. e1900162

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  10. Extremophilic nitrite-oxidizing Chloroflexi from Yellowstone hot springs

    Spieck, E., Spohn, M., Wendt, K., Bock, E., Shively, J., Frank, J., Indenbirken, D., Alawi, M., Lücker, S. & Hüpeden, J., 02.2020, in: ISME J. 14, 2, S. 364-379 16 S.

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  11. Pan-cancer analysis of whole genomes

    ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes Consortium, 02.2020, in: NATURE. 578, 7793, S. 82-93 12 S.

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  12. Case Report on Very Early Afterdepolarizations in HiPSC-Cardiomyocytes-An Artifact by Big Conductance Calcium Activated Potassium Current (Ibk,Ca)

    Horváth, A., Christ, T., Koivumäki, J. T., Prondzynski, M., Zech, A. T. L., Spohn, M., Saleem, U., Mannhardt, I., Ulmer, B., Girdauskas, E., Meyer, C., Hansen, A., Eschenhagen, T. & Lemoine, M. D., 20.01.2020, in: CELLS-BASEL. 9, 1

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  13. Mice lacking plastin-3 display a specific defect of cortical bone acquisition

    Yorgan, T., Sari, H., Rolvien, T., Windhorst, S., Failla, A. V., Kornak, U., Oheim, R., Amling, M. & Schinke, T., 01.2020, in: BONE. 130, S. 115062

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  14. 2019

  15. The transcriptional coactivator and histone acetyltransferase CBP regulates neural precursor cell development and migration

    Schoof, M., Launspach, M., Holdhof, D., Nguyen, L., Engel, V., Filser, S., Peters, F., Immenschuh, J., Hellwig, M., Niesen, J., Mall, V., Ertl-Wagner, B., Hagel, C., Spohn, M., Lutz, B., Sedlacik, J., Indenbirken, D., Merk, D. J. & Schüller, U., 05.12.2019, in: ACTA NEUROPATHOL COM. 7, 1, S. 199

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  16. Disease modeling of a mutation in α-actinin 2 guides clinical therapy in hypertrophic cardiomyopathy

    Prondzynski, M., Lemoine, M. D., Zech, A. T. L., Horvath, A., Di Mauro, V., Koivumäki, J. T., Kresin, N., Busch, J., Krause, T., Krämer, E., Schlossarek, S., Spohn, M., Friedrich, F., Münch, J., Laufer, S., Redwood, C., Volk, A. E., Hansen, A., Mearini, G., Catalucci, D., Meyer, C., Christ, T., Patten, M., Eschenhagen, T. & Carrier, L., 12.2019, in: EMBO MOL MED. 11, 12, e11115.

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  17. Characterization of novel, recurrent genomic rearrangements as sensitive MRD targets in childhood B-cell precursor ALL

    Zur Stadt, U., Alawi, M., Adao, M., Indenbirken, D., Escherich, G. & Horstmann, M. A., 29.11.2019, in: BLOOD CANCER J. 9, 12, S. 96

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  18. SIPA1L2 controls trafficking and local signaling of TrkB-containing amphisomes at presynaptic terminals

    Andres-Alonso, M., Ammar, M. R., Butnaru, I., Gomes, G. M., Acuña Sanhueza, G., Raman, R., Yuanxiang, P., Borgmeyer, M., Lopez-Rojas, J., Raza, S. A., Brice, N., Hausrat, T. J., Macharadze, T., Diaz-Gonzalez, S., Carlton, M., Failla, A. V., Stork, O., Schweizer, M., Gundelfinger, E. D., Kneussel, M., Spilker, C., Karpova, A. & Kreutz, M. R., 29.11.2019, in: NAT COMMUN. 10, 1, S. 5448

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  19. DAMIAN an open source bioinformatics tool for fast, systematic and cohort based analysis of microorganisms in diagnostic samples

    Alawi, M., Burkhardt, L., Indenbirken, D., Reumann, K., Christopeit, M., Kröger, N., Lütgehetmann, M., Aepfelbacher, M., Fischer, N. & Grundhoff, A., 14.11.2019, in: SCI REP-UK. 9, 1, S. 16841

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  20. Biallelic and De Novo Variants in DONSON Reveal a Clinical Spectrum of Cell Cycle-opathies with Microcephaly, Dwarfism and Skeletal Abnormalities

    Karaca, E., Posey, J. E., Bostwick, B., Liu, P., Gezdirici, A., Yesil, G., Coban Akdemir, Z., Bayram, Y., Harms, F. L., Meinecke, P., Alawi, M., Bacino, C. A., Sutton, V. R., Kortüm, F. & Lupski, J. R., 10.2019, in: AM J MED GENET A. 179, 10, S. 2056-2066 11 S.

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  21. De novo mutations in mitochondrial DNA of iPSCs produce immunogenic neoepitopes in mice and humans

    Deuse, T., Hu, X., Agbor-Enoh, S., Koch, M., Spitzer, M. H., Gravina, A., Alawi, M., Marishta, A., Peters, B., Kosaloglu-Yalcin, Z., Yang, Y., Rajalingam, R., Wang, D., Nashan, B., Kiefmann, R., Reichenspurner, H., Valantine, H., Weissman, I. L. & Schrepfer, S., 10.2019, in: NAT BIOTECHNOL. 37, 10, S. 1137-1144 8 S.

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  22. Alternative interaction sites in the influenza A virus nucleoprotein mediate viral escape from the importin-α7 mediated nuclear import pathway

    Resa-Infante, P., Bonet, J., Thiele, S., Alawi, M., Stanelle-Bertram, S., Tuku, B., Beck, S., Oliva, B. & Gabriel, G., 09.2019, in: FEBS J. 286, 17, S. 3374-3388 15 S.

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  23. Next-generation sequencing of 32 genes associated with hereditary aortopathies and related disorders of connective tissue in a cohort of 199 patients

    Renner, S., Schüler, H., Alawi, M., Kolbe, V., Rybczynski, M., Woitschach, R., Sheikhzadeh, S., Stark, V. C., Olfe, J., Roser, E., Seggewies, F. S., Mahlmann, A., Hempel, M., Hartmann, M. J., Hillebrand, M., Wieczorek, D., Volk, A. E., Kloth, K., Koch-Hogrebe, M., Abou Jamra, R., Mitter, D., Altmüller, J., Wey-Fabrizius, A., Petersen, C., Rau, I., Borck, G., Kubisch, C., Mir, T. S., von Kodolitsch, Y., Kutsche, K. & Rosenberger, G., 08.2019, in: GENET MED. 21, 8, S. 1832-1841 10 S.

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  24. Lysosomal proteome analysis reveals that CLN3-defective cells have multiple enzyme deficiencies associated with changes in intracellular trafficking

    Schmidtke, C., Tiede, S., Thelen, M., Käkelä, R., Jabs, S., Makrypidi, G., Sylvester, M., Schweizer, M., Braren, I., Brocke-Ahmadinejad, N., Cotman, S. L., Schulz, A., Gieselmann, V. & Braulke, T., 14.06.2019, in: J BIOL CHEM. 294, 24, S. 9592-9604 13 S.

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  25. Lineage-specific control of TFIIH by MITF determines transcriptional homeostasis and DNA repair

    Seoane, M., Buhs, S., Iglesias, P., Strauss, J., Puller, A-C., Müller, J., Gerull, H., Feldhaus, S., Alawi, M., Brandner, J. M., Eggert, D., Du, J., Thomale, J., Wild, P. J., Zimmermann, M., Sternsdorf, T., Schumacher, U., Nollau, P., Fisher, D. E. & Horstmann, M. A., 05.2019, in: ONCOGENE. 38, 19, S. 3616-3635 20 S.

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  26. Thrombospondin Type 1 Domain-Containing 7A Localizes to the Slit Diaphragm and Stabilizes Membrane Dynamics of Fully Differentiated Podocytes

    Herwig, J., Skuza, S., Sachs, W., Sachs, M., Failla, A. V., Rune, G., Meyer, T. N., Fester, L. & Meyer-Schwesinger, C., 05.2019, in: J AM SOC NEPHROL. 30, 5, S. 824-839 16 S.

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  27. TCF4 (E2-2) harbors tumor suppressive functions in SHH medulloblastoma

    Hellwig, M., Lauffer, M. C., Bockmayr, M., Spohn, M., Merk, D. J., Harrison, L., Ahlfeld, J., Kitowski, A., Neumann, J. E., Ohli, J., Holdhof, D., Niesen, J., Schoof, M., Kool, M., Kraus, C., Zweier, C., Holmberg, D. & Schüller, U., 04.2019, in: ACTA NEUROPATHOL. 137, 4, S. 657-673 17 S.

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  28. A newly generated neuronal cell model of CLN7 disease reveals aberrant lysosome motility and impaired cell survival.

    von Kleist, L., Ariunbat, K., Braren, I., Stauber, T., Storch, S. & Danyukova, T., 02.2019, in: MOL GENET METAB. 126, 2, S. 196-205 10 S.

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  29. T-lymphocyte-specific knockout of IKK-2 or NEMO induces T17 cells in an experimental nephrotoxic nephritis mouse model

    Guo, L., Huang, J., Chen, M., Piotrowski, E., Song, N., Zahner, G., Paust, H-J., Alawi, M., Geffers, R. & Thaiss, F., 02.2019, in: FASEB J. 33, 2, S. 2359-2371 13 S.

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  30. TDP-43 enhances translation of specific mRNAs linked to neurodegenerative disease

    Neelagandan, N., Gonnella, G., Dang, S., Janiesch, P. C., Miller, K. K., Küchler, K., Marques, R. F., Indenbirken, D., Alawi, M., Grundhoff, A., Kurtz, S. & Duncan, K. E., 10.01.2019, in: NUCLEIC ACIDS RES. 47, 1, S. 341-361 21 S.

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  31. High-Throughput Immunogenetics Reveals a Lack of Physiological T Cell Clusters in Patients With Autoimmune Cytopenias

    Simnica, D., Schliffke, S., Schultheiß, C., Bonzanni, N., Fanchi, L. F., Akyüz, N., Gösch, B., Casar, C., Thiele, B., Schlüter, J., Lohse, A. W. & Binder, M., 2019, in: FRONT IMMUNOL. 10, S. 1897

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  32. Systematic Affinity Purification Coupled to Mass Spectrometry Identified p62 as Part of the Cannabinoid Receptor CB2 Interactome

    Sharaf, A., Mensching, L., Keller, C., Rading, S., Scheffold, M., Palkowitsch, L., Djogo, N., Rezgaoui, M., Kestler, H. A., Moepps, B., Failla, A. V. & Karsak, M., 2019, in: FRONT MOL NEUROSCI. 12, S. 224

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  33. 2018

  34. Visualization of translocons in Yersinia type III protein secretion machines during host cell infection

    Nauth, T., Huschka, F., Schweizer, M., Bosse, J. B., Diepold, A., Failla, A. V., Steffen, A., Stradal, T., Wolters, M. & Aepfelbacher, M., 26.12.2018, in: PLOS PATHOG. 14, 12, S. e1007527

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  35. ORAI1, STIM1/2, and RYR1 shape subsecond Ca2+ microdomains upon T cell activation.

    Diercks, B-P., Werner, R., Weidemüller, P., Czarniak, F., Hernandez, L. C., Lehmann, C., Rosche, A., Krüger, A., Kaufmann, U., Vaeth, M., Failla, A., Zobiak, B., Kandil, F-I., Schetelig, D., Ruthenbeck, A., Meier, C., Lodygin, D., Flügel, A., Ren, D., Wolf, I., Feske, S. & Guse, A., 18.12.2018, in: SCIENCE SIGNALING. 11, 561, S. eaat0358

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  36. Coinheritance of biallelic SLURP1 and SLC39A4 mutations cause a severe genodermatosis with skin peeling and hair loss all over the body

    Harms, F. L., Nampoothiri, S., Kortüm, F., Thomas, J., Panicker, V. V., Alawi, M., Altmüller, J., Yesodharan, D. & Kutsche, K., 11.2018, in: BRIT J DERMATOL. 179, 5, S. 1192-1194 3 S.

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  37. A Fragment of Adhesion Molecule L1 Binds to Nuclear Receptors to Regulate Synaptic Plasticity and Motor Coordination

    Kraus, K., Kleene, R., Henis, M., Braren, I., Kataria, H., Sharaf, A., Loers, G., Schachner, M. & Lutz, D., 09.2018, in: MOL NEUROBIOL. 55, 9, S. 7164-7178

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  38. Clonal dynamics studied in cultured induced pluripotent stem cells reveal major growth imbalances within a few weeks

    Brenière-Letuffe, D., Domke-Shibamiya, A., Hansen, A., Eschenhagen, T., Fehse, B., Riecken, K. & Stenzig, J., 18.06.2018, in: STEM CELL RES THER. 9, 1, S. 165

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  39. Reply: ATAD1 encephalopathy and stiff baby syndrome: a recognizable clinical presentation

    Piard, J., Essien Umanah, G. K., Harms, F. L., Abalde-Atristain, L., Amram, D., Chang, M., Chen, R., Alawi, M., Salpietro, V., Rees, M. I., Chung, S-K., Houlden, H., Verloes, A., Dawson, T. M., Dawson, V. L., Van Maldergem, L. & Kutsche, K., 01.06.2018, in: BRAIN. 141, 6, S. e50

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  40. A fragment of adhesion molecule L1 is imported into mitochondria, and regulates mitochondrial metabolism and trafficking.

    Kraus, K., Kleene, R., Braren, I., Loers, G., Lutz, D. & Schachner, M., 08.05.2018, in: J CELL SCI. 131, 9, S. UNSP jcs210500

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  41. Clinical and genetic spectrum of AMPD2-related pontocerebellar hypoplasia type 9

    Kortüm, F., Jamra, R. A., Alawi, M., Berry, S. A., Borck, G., Helbig, K. L., Tang, S., Huhle, D., Korenke, G. C., Hebbar, M., Shukla, A., Girisha, K. M., Steinlin, M., Waldmeier-Wilhelm, S., Montomoli, M., Guerrini, R., Lemke, J. R. & Kutsche, K., 05.2018, in: EUR J HUM GENET. 26, 5, S. 695-708 14 S.

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  42. A homozygous ATAD1 mutation impairs postsynaptic AMPA receptor trafficking and causes a lethal encephalopathy

    Piard, J., Umanah, G. K. E., Harms, F. L., Abalde-Atristain, L., Amram, D., Chang, M., Chen, R., Alawi, M., Salpietro, V., Rees, M. I., Chung, S-K., Houlden, H., Verloes, A., Dawson, T. M., Dawson, V. L., Van Maldergem, L. & Kutsche, K., 01.03.2018, in: BRAIN. 141, 3, S. 651-661 11 S.

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  43. Elsahy-Waters syndrome is caused by biallelic mutations in CDH11

    Harms, F. L., Nampoothiri, S., Anazi, S., Yesodharan, D., Alawi, M., Kutsche, K. & Alkuraya, F. S., 02.2018, in: AM J MED GENET A. 176, 2, S. 477-482 6 S.

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  44. The novel RAF1 mutation p.(Gly361Ala) located outside the kinase domain of the CR3 region in two patients with Noonan syndrome, including one with a rare brain tumor

    Harms, F. L., Alawi, M., Amor, D. J., Tan, T. Y., Cuturilo, G., Lissewski, C., Brinkmann, J., Schanze, D., Kutsche, K. & Zenker, M., 02.2018, in: AM J MED GENET A. 176, 2, S. 470-476 7 S.

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  45. Trajectory analysis unveils Reelin's role in the directed migration of granule cells in the dentate gyrus

    Wang, S., Brunne, B., Zhao, S., Chai, X., Li, J., Lau, J., Failla, A. V., Zobiak, B., Sibbe, M., Westbrook, G. L., Lutz, D. & Frotscher, M., 03.01.2018, in: J NEUROSCI. 38, 1, S. 137-148 12 S.

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  46. 2017

  47. Alterations in oral bacterial communities are associated with risk factors for oral and oropharyngeal cancer

    Börnigen, D., Ren, B., Pickard, R., Li, J., Ozer, E., Hartmann, E. M., Xiao, W., Tickle, T., Rider, J., Gevers, D., Franzosa, E. A., Davey, M. E., Gillison, M. L. & Huttenhower, C., 15.12.2017, in: SCI REP-UK. 7, 1, S. 17686

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  48. Long-term CD38 saturation by daratumumab interferes with diagnostic myeloma cell detection

    Oberle, A., Brandt, A., Alawi, M., Langebrake, C., Janjetovic, S., Wolschke, C., Schütze, K., Bannas, P., Kröger, N., Koch-Nolte, F., Bokemeyer, C. & Binder, M., 09.2017, in: HAEMATOLOGICA. 102, 9, S. e368-e370

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  49. Comparative study of whole genome amplification and next generation sequencing performance of single cancer cells

    Babayan, A., Alawi, M., Gormley, M., Müller, V., Wikman, H., McMullin, R. P., Smirnov, D. A., Li, W., Geffken, M., Pantel, K. & Joosse, S. A., 22.08.2017, in: ONCOTARGET. 8, 34, S. 56066-56080 15 S.

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  50. Optimization of design and production strategies for novel adeno-associated viral display peptide libraries

    Körbelin, J., Hunger, A., Alawi, M., Sieber, T., Binder, M. & Trepel, M., 08.2017, in: GENE THER. 24, 8, S. 470-481

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  51. Recovery of the first full-length genome sequence of a parapoxvirus directly from a clinical sample

    Günther, T., Haas, L., Alawi, M., Wohlsein, P., Marks, J., Grundhoff, A., Becher, P. & Fischer, N., 16.06.2017, in: SCI REP-UK. 7, 1, S. 3734

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  52. Monitoring multiple myeloma by next-generation sequencing of V(D)J rearrangements from circulating myeloma cells and cell-free myeloma DNA

    Oberle, A., Brandt, A., Voigtländer, M., Thiele, B., Radloff, J., Schulenkorf, A., Alawi, M., Akyüz, N., März, M., Ford, C. T., Krohn-Grimberghe, A. & Binder, M., 06.2017, in: HAEMATOLOGICA. 102, 6, S. 1105-1111

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  53. Evaluation of MYBPC3 trans-Splicing and Gene Replacement as Therapeutic Options in Human iPSC-Derived Cardiomyocytes

    Prondzynski, M., Krämer, E., Laufer, S., Domke-Shibamiya, A., Pless, O., Flenner, F., Müller, O. J., Münch, J., Redwood, C., Hansen, A., Patten-Hamel, M., Eschenhagen, T., Mearini, G. & Carrier, L., 05.2017, in: MOL THER-NUCL ACIDS. 7, S. 475-486

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  54. BRD4 promotes p63 and GRHL3 expression downstream of FOXO in mammary epithelial cells

    Nagarajan, S., Bedi, U., Budida, A., Hamdan, F. H., Mishra, V. K., Najafova, Z., Xie, W., Alawi, M., Indenbirken, D., Knapp, S., Chiang, C-M., Grundhoff, A., Kari, V., Scheel, C. H., Wegwitz, F. & Johnsen, S. A., 07.04.2017, in: NUCLEIC ACIDS RES. 45, 6, S. 3130-3145 16 S.

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