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Dr. rer. nat. ID: 2374632

Malik Alawi

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Publikationen

  1. 2024

  2. New dienelactone hydrolase from microalgae bacterial community-Antibiofilm activity against fish pathogens and potential applications for aquaculture

    Bergmann, L., Balzer Le, S., Hageskal, G., Preuss, L., Han, Y., Astafyeva, Y., Loevenich, S., Emmann, S., Perez-Garcia, P., Indenbirken, D., Katzowitsch, E., Thümmler, F., Alawi, M., Wentzel, A., Streit, W. R. & Krohn, I., 03.01.2024, in: SCI REP-UK. 14, 1, S. 377

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  3. 2023

  4. Stenotrophomonas maltophilia affects the gene expression profiles of the major pathogens Pseudomonas aeruginosa and Staphylococcus aureus in an in vitro multispecies biofilm model

    Alio, I., Moll, R., Hoffmann, T., Mamat, U., Schaible, U. E., Pappenfort, K., Alawi, M., Schie, M., Thünauer, R., Stamm, J., Rohde, H. & Streit, W. R., 12.12.2023, in: MICROBIOL SPECTR. 11, 6, e0085923.

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  5. Complete genome sequence of a Staphylococcus condimenti isolated from a port catheter-associated bloodstream infection

    Berneking, L., Büttner, H., Qi, M., Günther, T., Lehnhoff, D., Both, A., Christner, M., Wolters, M., Alawi, M., Aepfelbacher, M. & Rohde, H., 19.10.2023, in: MICROBIOL RESOUR ANN. 12, 10, 3 S., e0043823.

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › Kurzpublikation › Forschung › Begutachtung

  6. Impact of AKT1 on cell invasion and radiosensitivity in a triple negative breast cancer cell line developing brain metastasis

    Kempska, J., Oliveira-Ferrer, L., Grottke, A., Qi, M., Alawi, M., Meyer, F., Borgmann, K., Hamester, F., Eylmann, K., Rossberg, M., Smit, D. J., Jücker, M., Laakmann, E., Witzel, I., Schmalfeldt, B., Müller, V. & Legler, K., 06.07.2023, in: FRONT ONCOL. 13, S. 1129682 1129682.

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  7. A deep intronic variant in DNM1 in a patient with developmental and epileptic encephalopathy creates a splice acceptor site and affects only transcript variants including exon 10a

    Harms, F. L., Weiss, D., Lisfeld, J., Alawi, M. & Kutsche, K., 07.2023, in: NEUROGENETICS. 24, 3, S. 171-180 10 S.

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  8. Preclinical patient-derived modeling of castration-resistant prostate cancer facilitates individualized assessment of homologous recombination repair deficient disease

    Elsesy, M. E., Oh-Hohenhorst, S. J., Oing, C., Eckhardt, A., Burdak-Rothkamm, S., Alawi, M., Müller, C., Schüller, U., Maurer, T., von Amsberg, G., Petersen, C., Rothkamm, K. & Mansour, W. Y., 06.2023, in: MOL ONCOL. 17, 6, S. 1129-1147 19 S.

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  9. INPP4A-related genetic and phenotypic spectrum and functional relevance of subcellular targeting of INPP4A isoforms

    Hecher, L., Harms, F. L., Lisfeld, J., Alawi, M., Denecke, J. & Kutsche, K., 04.2023, in: NEUROGENETICS. 24, 2, S. 79-93 15 S.

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  10. Craniofacial dysmorphism, skeletal anomalies, and impaired intellectual development syndrome-1 in two new patients with the same homozygous TMCO1 variant and review of the literature

    Abdelrazek, I. M., Holling, T., Harms, F. L., Alawi, M., Omar, T., Abdalla, E. & Kutsche, K., 03.2023, in: EUR J MED GENET. 66, 3, S. 104715

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  11. Midgut Volvulus Adds a Murine, Neutrophil-Driven Model of Septic Condition to the Experimental Toolbox

    Elrod, J., Kiwit, A., Lenz, M., Rohde, H., Börnigen, D., Alawi, M., Mohr, C., Pagerols Raluy, L., Trochimiuk, M., Knopf, J., Reinshagen, K., Herrmann, M. & Boettcher, M., 19.01.2023, in: CELLS-BASEL. 12, 3, 366.

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  12. Murine scald models characterize the role of neutrophils and neutrophil extracellular traps in severe burns

    Elrod, J., Lenz, M., Kiwit, A., Armbrust, L., Schönfeld, L., Reinshagen, K., Pagerols Raluy, L., Mohr, C., Saygi, C., Alawi, M., Rohde, H., Herrmann, M. & Boettcher, M., 2023, in: FRONT IMMUNOL. 14, S. 1113948

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  13. 2022

  14. Diagnostic potential of extracellular vesicles in meningioma patients

    Ricklefs, F. L., Maire, C. L., Wollmann, K., Dührsen, L., Fita, K. D., Sahm, F., Herold-Mende, C., von Deimling, A., Kolbe, K., Holz, M., Bergmann, L., Fuh, M. M., Schlüter, H., Alawi, M., Reimer, R., Sven, P., Glatzel, M., Westphal, M. & Lamszus, K., 01.12.2022, in: NEURO-ONCOLOGY. 24, 12, S. 2078-2090 13 S.

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  15. Salvage Chemotherapy with Cisplatin, Ifosfamide, and Paclitaxel in Aggressive Variant of Metastatic Castration-Resistant Prostate Cancer

    Amsberg, G. V., Zilles, M., Mansour, W., Gild, P., Alsdorf, W., Kaune, M., Böckelmann, L. C., Hauschild, J., Krisp, C., Rohlfing, T., Saygi, C., Alawi, M., Zielinski, A., Langebrake, C., Su, X., Perner, S., Tilki, D., Schluter, H., Graefen, M., Dyshlovoy, S. & Bokemeyer, C., 29.11.2022, in: INT J MOL SCI. 23, 23, 14948.

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  16. Comprehensive profiling of myxopapillary ependymomas identifies a distinct molecular subtype with relapsing disease

    Bockmayr, M., Harnisch, K., Pohl, L. C., Schweizer, L., Mohme, T., Körner, M., Alawi, M., Suwala, A. K., Dorostkar, M. M., Monoranu, C. M., Hasselblatt, M., Wefers, A. K., Capper, D., Hench, J., Frank, S., Richardson, T. E., Tran, I., Liu, E., Snuderl, M., Engertsberger, L., Benesch, M., von Deimling, A., Obrecht, D., Mynarek, M., Rutkowski, S., Glatzel, M., Neumann, J. E. & Schüller, U., 03.10.2022, in: NEURO-ONCOLOGY. 24, 10, S. 1689-1699 11 S.

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  17. Characterization of IG-MYC-breakpoints and their application for quantitative minimal disease monitoring in high-risk pediatric Burkitt-lymphoma and -leukemia

    Möker, P., Zur Stadt, U., Zimmermann, M., Alawi, M., Mueller, S., Finger, J., Knörr, F., Riquelme, A., Oschlies, I., Klapper, W., Bradtke, J., Burkhardt, B., Woessmann, W. & Damm-Welk, C., 09.2022, in: LEUKEMIA. 36, 9, S. 2343-2346 4 S.

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  18. Microalgae and Bacteria Interaction-Evidence for Division of Diligence in the Alga Microbiota

    Astafyeva, Y., Gurschke, M., Qi, M., Bergmann, L., Indenbirken, D., de Grahl, I., Katzowitsch, E., Reumann, S., Hanelt, D., Alawi, M., Streit, W. R. & Krohn, I., 31.08.2022, in: MICROBIOL SPECTR. 10, 4, e0063322.

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  19. Clinically Relevant KCNQ1 Variants Causing KCNQ1-KCNE2 Gain-of-Function Affect the Ca2+ Sensitivity of the Channel

    Bauer, C. K., Holling, T., Horn, D., Laço, M. N., Abdalla, E., Omar, O. M., Alawi, M. & Kutsche, K., 26.08.2022, in: INT J MOL SCI. 23, 17, 9690.

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  20. Pregnancy-induced maternal microchimerism shapes neurodevelopment and behavior in mice

    Schepanski, S., Chini, M., Sternemann, V., Urbschat, C., Thiele, K., Sun, T., Zhao, Y., Poburski, M., Woestemeier, A., Thieme, M-T., Zazara, D. E., Alawi, M., Fischer, N., Heeren, J., Vladimirov, N., Woehler, A., Puelles, V. G., Bonn, S., Gagliani, N., Hanganu-Opatz, I. L. & Arck, P. C., 05.08.2022, in: NAT COMMUN. 13, 1, 4571.

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  21. Cardiofacioneurodevelopmental syndrome: Report of a novel patient and expansion of the phenotype

    Abdalla, E., Alawi, M., Meinecke, P., Kutsche, K. & Harms, F. L., 08.2022, in: AM J MED GENET A. 188, 8, S. 2448-2453 6 S.

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  22. Multiplexed mRNA analysis of brain-derived extracellular vesicles upon experimental stroke in mice reveals increased mRNA content with potential relevance to inflammation and recovery processes

    Bub, A., Brenna, S., Alawi, M., Kügler, P., Gui, Y., Kretz, O., Altmeppen, H., Magnus, T. & Puig, B., 31.05.2022, in: CELL MOL LIFE SCI. 79, 6, S. 329 329.

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  23. Biallelic FRA10AC1 variants cause a neurodevelopmental disorder with growth retardation

    von Elsner, L., Chai, G., Schneeberger, P. E., Harms, F. L., Casar, C., Qi, M., Alawi, M., Abdel-Salam, G. M. H., Zaki, M. S., Arndt, F., Yang, X., Stanley, V., Hempel, M., Gleeson, J. G. & Kutsche, K., 24.05.2022, in: BRAIN. 145, 4, S. 1551-1563 13 S.

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  24. Novel biallelic variants expand the SLC5A6-related phenotypic spectrum

    Holling, T., Nampoothiri, S., Tarhan, B., Schneeberger, P. E., Vinayan, K. P., Yesodharan, D., Roy, A. G., Radhakrishnan, P., Alawi, M., Rhodes, L., Girisha, K. M., Kang, P. B. & Kutsche, K., 04.2022, in: EUR J HUM GENET. 30, 4, S. 439-449 11 S.

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  25. 2021

  26. Transcriptome Analysis in Vulvar Squamous Cell Cancer

    Prieske, K., Alawi, M., Jaeger, A., Wankner, M. C., Eylmann, K., Reuter, S., Lebok, P., Burandt, E., Blessin, N. C., Schmalfeldt, B., Prieske, K., Joosse, S. A. & Woelber, L., 19.12.2021, in: CANCERS. 13, 24, 6372.

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  27. Vertically transferred maternal immune cells promote neonatal immunity against early life infections

    Stelzer, I., Urbschat, C., Schepanski, S., Thiele, K., Triviai, I., Wieczorek, A., Alawi, M., Ohnezeit, D., Kottlau, J., Huang, J., Fischer, N., Mittrücker, H-W., Solano, M. E., Fehse, B., Diemert, A., Stahl, F. & Arck, P., 04.08.2021, in: NAT COMMUN. 12, 1, S. 4706

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  28. Hypoimmune induced pluripotent stem cell-derived cell therapeutics treat cardiovascular and pulmonary diseases in immunocompetent allogeneic mice

    Deuse, T., Tediashvili, G., Hu, X., Gravina, A., Tamenang, A., Wang, D., Connolly, A., Mueller, C., Mallavia, B., Looney, M. R., Alawi, M., Lanier, L. L. & Schrepfer, S., 13.07.2021, in: P NATL ACAD SCI USA. 118, 28, e2022091118.

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  29. Biallelic variants in VPS50 cause a neurodevelopmental disorder with neonatal cholestasis

    Schneeberger, P. E., Nampoothiri, S., Holling, T., Yesodharan, D., Alawi, M., Knisely, A. S., Müller, T., Plecko, B., Janecke, A. R. & Kutsche, K., 26.05.2021, in: BRAIN. 2021, awab206

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  30. The SIRPα-CD47 immune checkpoint in NK cells

    Deuse, T., Hu, X., Agbor-Enoh, S., Jang, M. K., Alawi, M., Saygi, C., Gravina, A., Tediashvili, G., Nguyen, V. Q., Liu, Y., Valantine, H., Lanier, L. L. & Schrepfer, S., 01.03.2021, in: J EXP MED. 218, 3, e20200839.

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  31. Distinct clonal lineages and within-host diversification shape invasive Staphylococcus epidermidis populations

    Both, A., Huang, J., Qi, M., Lausmann, C., Weißelberg, S., Büttner, H., Lezius, S., Failla, A. V., Christner, M., Stegger, M., Gehrke, T., Baig, S., Citak, M., Alawi, M., Aepfelbacher, M. & Rohde, H., 02.2021, in: PLOS PATHOG. 17, 2, S. e1009304

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  32. Deep (Meta)genomics and (Meta)transcriptome Analyses of Fungal and Bacteria Consortia From Aircraft Tanks and Kerosene Identify Key Genes in Fuel and Tank Corrosion

    Krohn, I., Bergmann, L., Qi, M., Indenbirken, D., Han, Y., Perez-Garcia, P., Katzowitsch, E., Hägele, B., Lübcke, T., Siry, C., Riemann, R., Alawi, M. & Streit, W. R., 2021, in: FRONT MICROBIOL. 12, 722259.

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  33. 2020

  34. Bi-allelic Pathogenic Variants in HS2ST1 Cause a Syndrome Characterized by Developmental Delay and Corpus Callosum, Skeletal, and Renal Abnormalities

    Schneeberger, P. E., von Elsner, L., Barker, E. L., Meinecke, P., Marquardt, I., Alawi, M., Steindl, K., Joset, P., Rauch, A., Zwijnenburg, P. J. G., Weiss, M. M., Merry, C. L. R. & Kutsche, K., 03.12.2020, in: AM J HUM GENET. 107, 6, S. 1044-1061 18 S.

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  35. Differential regulation of extracellular matrix proteins in three recurrent liver metastases of a single patient with colorectal cancer

    Voß, H., Wurlitzer, M., Smit, D. J., Ewald, F., Alawi, M., Spohn, M., Indenbirken, D., Omidi, M., David, K., Juhl, H., Simon, R., Sauter, G., Fischer, L., Izbicki, J. R., Molloy, M. P., Nashan, B., Schlüter, H. & Jücker, M., 12.2020, in: CLIN EXP METASTAS. 37, 6, S. 649-656 8 S.

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  36. Deep amoA amplicon sequencing reveals community partitioning within ammonia-oxidizing bacteria in the environmentally dynamic estuary of the River Elbe

    Malinowski, M., Alawi, M., Krohn, I., Ruff, S., Indenbirken, D., Alawi, M., Karrasch, M., Lüschow, R., Streit, W. R., Timmermann, G. & Pommerening-Röser, A., 13.10.2020, in: SCI REP-UK. 10, 1, 17165.

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  37. Glioma escape signature and clonal development under immune pressure

    Maire, C. L., Mohme, M., Bockmayr, M., Fita, K. D., Riecken, K., Börnigen, D., Alawi, M., Failla, A. V., Kolbe, K., Zapf, S., Holz, M., Neumann, K., Dührsen, L., Lange, T., Fehse, B., Westphal, M. & Lamszus, K., 01.10.2020, in: J CLIN INVEST. 130, 10, S. 5257-5271 15 S.

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  38. Biallelic loss-of-function variants in TBC1D2B cause a neurodevelopmental disorder with seizures and gingival overgrowth

    Harms, F. L., Parthasarathy, P., Zorndt, D., Alawi, M., Fuchs, S., Halliday, B. J., McKeown, C., Sampaio, H., Radhakrishnan, N., Radhakrishnan, S. K., Gorce, M., Navet, B., Ziegler, A., Sachdev, R., Robertson, S. P., Nampoothiri, S. & Kutsche, K., 09.2020, in: HUM MUTAT. 41, 9, S. 1645-1661 17 S.

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  39. Exome sequencing in 38 patients with intracranial aneurysms and subarachnoid hemorrhage

    Sauvigny, T., Alawi, M., Krause, L., Renner, S., Spohn, M., Busch, A., Kolbe, V., Altmüller, J., Löscher, B-S., Franke, A., Brockmann, C., Lieb, W., Westphal, M., Schmidt, N. O., Regelsberger, J. & Rosenberger, G., 09.2020, in: J NEUROL. 267, 9, S. 2533-2545 13 S.

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  40. Genomic characterization of vulvar squamous cell carcinoma

    Prieske, K., Alawi, M., Oliveira-Ferrer, L., Jaeger, A., Eylmann, K., Burandt, E., Schmalfeldt, B., Joosse, S. A. & Woelber, L., 09.2020, in: GYNECOL ONCOL. 158, 3, S. 547-554 8 S.

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  41. Biallelic MADD variants cause a phenotypic spectrum ranging from developmental delay to a multisystem disorder

    Schneeberger, P. E., Kortüm, F., Korenke, G. C., Alawi, M., Santer, R., Woidy, M., Buhas, D., Fox, S., Juusola, J., Alfadhel, M., Webb, B. D., Coci, E. G., Abou Jamra, R., Siekmeyer, M., Biskup, S., Heller, C., Maier, E. M., Javaher-Haghighi, P., Bedeschi, M. F., Ajmone, P. F., Iascone, M., Peeters, H., Ballon, K., Jaeken, J., Rodríguez Alonso, A., Palomares-Bralo, M., Santos-Simarro, F., Meuwissen, M. E. C., Beysen, D., Kooy, R. F., Houlden, H., Murphy, D., Doosti, M., Karimiani, E. G., Mojarrad, M., Maroofian, R., Noskova, L., Kmoch, S., Honzik, T., Cope, H., Sanchez-Valle, A., Undiagnosed Diseases Network, Gelb, B. D., Kurth, I., Hempel, M. & Kutsche, K., 01.08.2020, in: BRAIN. 143, 8, S. 2437-2453 17 S.

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  42. High-resolution analysis of Merkel Cell Polyomavirus in Merkel Cell Carcinoma reveals distinct integration patterns and suggests NHEJ and MMBIR as underlying mechanisms

    Czech-Sioli, M., Günther, T., Therre, M., Spohn, M., Indenbirken, D., Theiss, J., Riethdorf, S., Qi, M., Alawi, M., Wülbeck, C., Fernandez-Cuesta, I., Esmek, F., Becker, J. C., Grundhoff, A. & Fischer, N., 08.2020, in: PLOS PATHOG. 16, 8, e1008562.

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  43. Clonal Evolution after Allogeneic Hematopoietic Stem Cell Transplantation

    Christopeit, M., Badbaran, A., Alawi, M., Flach, J., Fehse, B. & Kröger, N., 07.2020, in: BIOL BLOOD MARROW TR. 26, 7, S. e167-e170

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  44. Draft Genome Sequence of the Green Alga Scenedesmus acuminatus SAG 38.81

    Astafyeva, Y., Alawi, M., Indenbirken, D., Danso, D., Grundhoff, A., Hanelt, D., Streit, W. R. & Krohn, I., 11.06.2020, in: MICROBIOL RESOUR ANN. 9, 24, e01278-19.

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  45. A prenatally disrupted airway epithelium orchestrates the fetal origin of asthma in mice

    Zazara-Giannou, D., Wegmann, M., Giannou, A. D., Hierweger, A. M., Alawi, M., Thiele, K., Huber, S., Pincus, M., Muntau, A. C., Solano, M. E. & Arck, P. C., 06.2020, in: J ALLERGY CLIN IMMUN. 145, 6, S. 1641-1654 14 S.

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  46. Cellular Importin-α3 Expression Dynamics in the Lung Regulate Antiviral Response Pathways against Influenza A Virus Infection

    Thiele, S., Stanelle-Bertram, S., Beck, S., Kouassi, N. M., Zickler, M., Müller, M., Tuku, B., Resa-Infante, P., van Riel, D., Alawi, M., Günther, T., Rother, F., Hügel, S., Reimering, S., McHardy, A., Grundhoff, A., Brune, W., Osterhaus, A., Bader, M., Hartmann, E. & Gabriel, G., 21.04.2020, in: CELL REP. 31, 3, 107549.

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  47. Molecular profiling of an osseous metastasis in glioblastoma during checkpoint inhibition: potential mechanisms of immune escape

    Mohme, M., Maire, C. L., Schliffke, S., Joosse, S. A., Alawi, M., Matschke, J., Schüller, U., Dierlamm, J., Martens, T., Pantel, K., Riethdorf, S., Lamszus, K. & Westphal, M., 09.03.2020, in: ACTA NEUROPATHOL COM. 8, 1, 28.

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  48. The landscape of viral associations in human cancers

    Zapatka, M., Borozan, I., Brewer, D. S., Iskar, M., Grundhoff, A., Alawi, M., Desai, N., Sültmann, H., Moch, H., Cooper, C. S., Eils, R., Ferretti, V., Lichter, P. & PCAWG Pathogens, 03.2020, in: NAT GENET. 52, 3, S. 320-330 11 S.

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  49. Extremophilic nitrite-oxidizing Chloroflexi from Yellowstone hot springs

    Spieck, E., Spohn, M., Wendt, K., Bock, E., Shively, J., Frank, J., Indenbirken, D., Alawi, M., Lücker, S. & Hüpeden, J., 02.2020, in: ISME J. 14, 2, S. 364-379 16 S.

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  50. Pan-cancer analysis of whole genomes

    ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes Consortium, 02.2020, in: NATURE. 578, 7793, S. 82-93 12 S.

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  51. 2019

  52. Characterization of novel, recurrent genomic rearrangements as sensitive MRD targets in childhood B-cell precursor ALL

    Zur Stadt, U., Alawi, M., Adao, M., Indenbirken, D., Escherich, G. & Horstmann, M. A., 29.11.2019, in: BLOOD CANCER J. 9, 12, S. 96

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  53. DAMIAN an open source bioinformatics tool for fast, systematic and cohort based analysis of microorganisms in diagnostic samples

    Alawi, M., Burkhardt, L., Indenbirken, D., Reumann, K., Christopeit, M., Kröger, N., Lütgehetmann, M., Aepfelbacher, M., Fischer, N. & Grundhoff, A., 14.11.2019, in: SCI REP-UK. 9, 1, S. 16841

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  54. Biallelic and De Novo Variants in DONSON Reveal a Clinical Spectrum of Cell Cycle-opathies with Microcephaly, Dwarfism and Skeletal Abnormalities

    Karaca, E., Posey, J. E., Bostwick, B., Liu, P., Gezdirici, A., Yesil, G., Coban Akdemir, Z., Bayram, Y., Harms, F. L., Meinecke, P., Alawi, M., Bacino, C. A., Sutton, V. R., Kortüm, F. & Lupski, J. R., 10.2019, in: AM J MED GENET A. 179, 10, S. 2056-2066 11 S.

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  55. Alternative interaction sites in the influenza A virus nucleoprotein mediate viral escape from the importin-α7 mediated nuclear import pathway

    Resa-Infante, P., Bonet, J., Thiele, S., Alawi, M., Stanelle-Bertram, S., Tuku, B., Beck, S., Oliva, B. & Gabriel, G., 09.2019, in: FEBS J. 286, 17, S. 3374-3388 15 S.

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  56. Next-generation sequencing of 32 genes associated with hereditary aortopathies and related disorders of connective tissue in a cohort of 199 patients

    Renner, S., Schüler, H., Alawi, M., Kolbe, V., Rybczynski, M., Woitschach, R., Sheikhzadeh, S., Stark, V. C., Olfe, J., Roser, E., Seggewies, F. S., Mahlmann, A., Hempel, M., Hartmann, M. J., Hillebrand, M., Wieczorek, D., Volk, A. E., Kloth, K., Koch-Hogrebe, M., Abou Jamra, R., Mitter, D., Altmüller, J., Wey-Fabrizius, A., Petersen, C., Rau, I., Borck, G., Kubisch, C., Mir, T. S., von Kodolitsch, Y., Kutsche, K. & Rosenberger, G., 08.2019, in: GENET MED. 21, 8, S. 1832-1841 10 S.

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  57. Lineage-specific control of TFIIH by MITF determines transcriptional homeostasis and DNA repair

    Seoane, M., Buhs, S., Iglesias, P., Strauss, J., Puller, A-C., Müller, J., Gerull, H., Feldhaus, S., Alawi, M., Brandner, J. M., Eggert, D., Du, J., Thomale, J., Wild, P. J., Zimmermann, M., Sternsdorf, T., Schumacher, U., Nollau, P., Fisher, D. E. & Horstmann, M. A., 05.2019, in: ONCOGENE. 38, 19, S. 3616-3635 20 S.

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  58. T-lymphocyte-specific knockout of IKK-2 or NEMO induces T17 cells in an experimental nephrotoxic nephritis mouse model

    Guo, L., Huang, J., Chen, M., Piotrowski, E., Song, N., Zahner, G., Paust, H-J., Alawi, M., Geffers, R. & Thaiss, F., 02.2019, in: FASEB J. 33, 2, S. 2359-2371 13 S.

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  59. TDP-43 enhances translation of specific mRNAs linked to neurodegenerative disease

    Neelagandan, N., Gonnella, G., Dang, S., Janiesch, P. C., Miller, K. K., Küchler, K., Marques, R. F., Indenbirken, D., Alawi, M., Grundhoff, A., Kurtz, S. & Duncan, K. E., 10.01.2019, in: NUCLEIC ACIDS RES. 47, 1, S. 341-361 21 S.

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  60. 2018

  61. Coinheritance of biallelic SLURP1 and SLC39A4 mutations cause a severe genodermatosis with skin peeling and hair loss all over the body

    Harms, F. L., Nampoothiri, S., Kortüm, F., Thomas, J., Panicker, V. V., Alawi, M., Altmüller, J., Yesodharan, D. & Kutsche, K., 11.2018, in: BRIT J DERMATOL. 179, 5, S. 1192-1194 3 S.

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  62. Reply: ATAD1 encephalopathy and stiff baby syndrome: a recognizable clinical presentation

    Piard, J., Essien Umanah, G. K., Harms, F. L., Abalde-Atristain, L., Amram, D., Chang, M., Chen, R., Alawi, M., Salpietro, V., Rees, M. I., Chung, S-K., Houlden, H., Verloes, A., Dawson, T. M., Dawson, V. L., Van Maldergem, L. & Kutsche, K., 01.06.2018, in: BRAIN. 141, 6, S. e50

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  63. Clinical and genetic spectrum of AMPD2-related pontocerebellar hypoplasia type 9

    Kortüm, F., Jamra, R. A., Alawi, M., Berry, S. A., Borck, G., Helbig, K. L., Tang, S., Huhle, D., Korenke, G. C., Hebbar, M., Shukla, A., Girisha, K. M., Steinlin, M., Waldmeier-Wilhelm, S., Montomoli, M., Guerrini, R., Lemke, J. R. & Kutsche, K., 05.2018, in: EUR J HUM GENET. 26, 5, S. 695-708 14 S.

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  64. A homozygous ATAD1 mutation impairs postsynaptic AMPA receptor trafficking and causes a lethal encephalopathy

    Piard, J., Umanah, G. K. E., Harms, F. L., Abalde-Atristain, L., Amram, D., Chang, M., Chen, R., Alawi, M., Salpietro, V., Rees, M. I., Chung, S-K., Houlden, H., Verloes, A., Dawson, T. M., Dawson, V. L., Van Maldergem, L. & Kutsche, K., 01.03.2018, in: BRAIN. 141, 3, S. 651-661 11 S.

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  65. Elsahy-Waters syndrome is caused by biallelic mutations in CDH11

    Harms, F. L., Nampoothiri, S., Anazi, S., Yesodharan, D., Alawi, M., Kutsche, K. & Alkuraya, F. S., 02.2018, in: AM J MED GENET A. 176, 2, S. 477-482 6 S.

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  66. The novel RAF1 mutation p.(Gly361Ala) located outside the kinase domain of the CR3 region in two patients with Noonan syndrome, including one with a rare brain tumor

    Harms, F. L., Alawi, M., Amor, D. J., Tan, T. Y., Cuturilo, G., Lissewski, C., Brinkmann, J., Schanze, D., Kutsche, K. & Zenker, M., 02.2018, in: AM J MED GENET A. 176, 2, S. 470-476 7 S.

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  67. 2017

  68. Long-term CD38 saturation by daratumumab interferes with diagnostic myeloma cell detection

    Oberle, A., Brandt, A., Alawi, M., Langebrake, C., Janjetovic, S., Wolschke, C., Schütze, K., Bannas, P., Kröger, N., Koch-Nolte, F., Bokemeyer, C. & Binder, M., 09.2017, in: HAEMATOLOGICA. 102, 9, S. e368-e370

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  69. Comparative study of whole genome amplification and next generation sequencing performance of single cancer cells

    Babayan, A., Alawi, M., Gormley, M., Müller, V., Wikman, H., McMullin, R. P., Smirnov, D. A., Li, W., Geffken, M., Pantel, K. & Joosse, S. A., 22.08.2017, in: ONCOTARGET. 8, 34, S. 56066-56080 15 S.

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  70. Optimization of design and production strategies for novel adeno-associated viral display peptide libraries

    Körbelin, J., Hunger, A., Alawi, M., Sieber, T., Binder, M. & Trepel, M., 08.2017, in: GENE THER. 24, 8, S. 470-481

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  71. Recovery of the first full-length genome sequence of a parapoxvirus directly from a clinical sample

    Günther, T., Haas, L., Alawi, M., Wohlsein, P., Marks, J., Grundhoff, A., Becher, P. & Fischer, N., 16.06.2017, in: SCI REP-UK. 7, 1, S. 3734

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  72. Monitoring multiple myeloma by next-generation sequencing of V(D)J rearrangements from circulating myeloma cells and cell-free myeloma DNA

    Oberle, A., Brandt, A., Voigtländer, M., Thiele, B., Radloff, J., Schulenkorf, A., Alawi, M., Akyüz, N., März, M., Ford, C. T., Krohn-Grimberghe, A. & Binder, M., 06.2017, in: HAEMATOLOGICA. 102, 6, S. 1105-1111

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  73. BRD4 promotes p63 and GRHL3 expression downstream of FOXO in mammary epithelial cells

    Nagarajan, S., Bedi, U., Budida, A., Hamdan, F. H., Mishra, V. K., Najafova, Z., Xie, W., Alawi, M., Indenbirken, D., Knapp, S., Chiang, C-M., Grundhoff, A., Kari, V., Scheel, C. H., Wegwitz, F. & Johnsen, S. A., 07.04.2017, in: NUCLEIC ACIDS RES. 45, 6, S. 3130-3145 16 S.

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  74. Pregnancy-Related Immune Adaptation Promotes the Emergence of Highly Virulent H1N1 Influenza Virus Strains in Allogenically Pregnant Mice

    Engels, G., Hierweger, A. M., Hoffmann, J., Thieme, R., Thiele, S., Bertram, S., Dreier, C., Resa-Infante, P., Jacobsen, H., Thiele, K., Alawi, M., Indenbirken, D., Grundhoff, A., Siebels, S., Fischer, N., Stojanovska, V., Muzzio, D., Jensen, F., Karimi, K., Mittrücker, H-W., Arck, P. C. & Gabriel, G., 08.03.2017, in: CELL HOST MICROBE. 21, 3, S. 321-333 13 S.

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  75. Novel poly-uridine insertion in the 3'UTR and E2 amino acid substitutions in a low virulent classical swine fever virus

    Coronado, L., Liniger, M., Muñoz-González, S., Postel, A., Pérez, L. J., Pérez-Simó, M., Perera, C. L., Frías-Lepoureau, M. T., Rosell, R., Grundhoff, A., Indenbirken, D., Alawi, M., Fischer, N., Becher, P., Ruggli, N. & Ganges, L., 03.2017, in: VET MICROBIOL. 201, S. 103-112 10 S.

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  76. Mutational landscape reflects the biological continuum of plasma cell dyscrasias

    Rossi, A., Voigtländer, M., Janjetovic, S., Thiele, B., Alawi, M., März, M., Brandt, A., Hansen, T., Radloff, J., Schön, G., Hegenbart, U., Schönland, S., Langer, C., Bokemeyer, C. & Binder, M., 24.02.2017, in: BLOOD CANCER J. 7, 2, S. e537

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  77. Mutations in EBF3 Disturb Transcriptional Profiles and Cause Intellectual Disability, Ataxia, and Facial Dysmorphism

    Harms, F. L., Girisha, K. M., Hardigan, A. A., Kortüm, F., Shukla, A., Alawi, M., Dalal, A., Brady, L., Tarnopolsky, M., Bird, L. M., Ceulemans, S., Bebin, M., Bowling, K. M., Hiatt, S. M., Lose, E. J., Primiano, M., Chung, W. K., Juusola, J., Akdemir, Z. C., Bainbridge, M., Charng, W-L., Drummond-Borg, M., Eldomery, M. K., El-Hattab, A. W., Saleh, M. A. M., Bézieau, S., Cogné, B., Isidor, B., Küry, S., Lupski, J. R., Myers, R. M., Cooper, G. M. & Kutsche, K., 05.01.2017, in: AM J HUM GENET. 100, 1, S. 117-127

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  78. Acute Liver Failure Meets SOPH Syndrome: A Case Report on an Intermediate Phenotype

    Kortüm, F., Marquardt, I., Alawi, M., Korenke, G. C., Spranger, S., Meinecke, P. & Kutsche, K., 01.2017, in: PEDIATRICS. 139, 1, S. pii: e20160550

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  79. Insights into Microalga and Bacteria Interactions of Selected Phycosphere Biofilms Using Metagenomic, Transcriptomic, and Proteomic Approaches

    Krohn-Molt, I., Alawi, M., Förstner, K. U., Wiegandt, A., Burkhardt, L., Indenbirken, D., Thieß, M., Grundhoff, A., Kehr, J., Tholey, A. & Streit, W. R., 2017, in: FRONT MICROBIOL. 8, S. 1941

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  80. 2016

  81. Versatility of Biofilm Matrix Molecules in Staphylococcus epidermidis Clinical Isolates and Importance of Polysaccharide Intercellular Adhesin Expression during High Shear Stress

    Schaeffer, C. R., Hoang, T-M. N., Sudbeck, C. M., Alawi, M., Tolo, I. E., Robinson, D. A., Horswill, A. R., Rohde, H. & Fey, P. D., 18.10.2016, in: MSPHERE. 1, 5, S. e00165-16.

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  82. De Novo Truncating Variants in ASXL2 Are Associated with a Unique and Recognizable Clinical Phenotype

    Shashi, V., Pena, L. D. M., Kim, K., Burton, B., Hempel, M., Schoch, K., Walkiewicz, M., McLaughlin, H. M., Cho, M., Stong, N., Hickey, S. E., Shuss, C. M., Undiagnosed Diseases Network, Freemark, M. S., Bellet, J. S., Keels, M. A., Bonner, M. J., El-Dairi, M., Butler, M., Kranz, P. G., Stumpel, C. T. R. M., Klinkenberg, S., Oberndorff, K., Alawi, M., Santer, R., Petrovski, S., Kuismin, O., Korpi-Heikkilä, S., Pietilainen, O., Aarno, P., Kurki, M. I., Hoischen, A., Need, A. C., Goldstein, D. B. & Kortüm, F., 06.10.2016, in: AM J HUM GENET. 99, 4, S. 991-999 9 S.

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  83. Indication of Horizontal DNA Gene Transfer by Extracellular Vesicles

    Fischer, S., Cornils, K., Speiseder, T., Badbaran, A., Reimer, R., Indenbirken, D., Grundhoff, A., Brunswig-Spickenheier, B., Alawi, M. & Lange, C., 30.09.2016, in: PLOS ONE. 11, 9, S. e0163665

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  84. Correlation of somatic mutations with outcome after FLAMSA-busulfan sequential conditioning and allogeneic stem cell transplantation in patients with MDS

    Christopeit, M., Badbaran, A., Alawi, M., Zabelina, T., Zeck, G., Wolschke, C., Ayuketang, F. A. & Kröger, N., 01.09.2016, in: EUR J HAEMATOL. 97, 3, S. 288-96

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  85. A novel multiple joint dislocation syndrome associated with a homozygous nonsense variant in the EXOC6B gene

    Girisha, K. M., Kortüm, F., Shah, H., Alawi, M., Dalal, A., Bhavani, G. S. & Kutsche, K., 01.08.2016, in: EUR J HUM GENET. 24, 8, S. 1206-10

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  86. Homozygous HOXB1 loss-of-function mutation in a large family with hereditary congenital facial paresis

    Vogel, M., Velleuer, E., Schmidt-Jiménez, L. F., Mayatepek, E., Borkhardt, A., Alawi, M., Kutsche, K. & Kortüm, F., 07.2016, in: AM J MED GENET A. 170, 7, S. 1813-9 7 S.

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  87. Pegivirus Infection in Domestic Pigs, Germany

    Baechlein, C., Grundhoff, A., Fischer, N., Alawi, M., Hoeltig, D., Waldmann, K-H. & Becher, P., 07.2016, in: EMERG INFECT DIS. 22, 7, S. 1312-4 3 S.

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  88. Runx1 downregulates stem cell and megakaryocytic transcription programs that support niche interactions

    Behrens, K., Triviai, I., Schwieger, M., Tekin, N., Alawi, M., Spohn, M., Indenbirken, D., Ziegler, M., Müller, U., Alexander, W. S. & Stocking, C., 30.06.2016, in: BLOOD. 127, 26, S. 3369-81 13 S.

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  89. A transplant “immunome” screening platform defines a targetable epitope fingerprint of multiple myeloma

    Schieferdecker, A., Oberle, A., Thiele, B., Hofmann, F., Göthel, M., Miethe, S., Hust, M., Braig, F., Voigt, M., Pein, U-M., Nolte, F., Haag, F., Alawi, M., Indenbirken, D., Grundhoff, A., Bokemeyer, C., Bacher, U., Kröger, N. & Binder, M., 23.06.2016, in: BLOOD. 127, 25, S. 3202-14

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  90. Immunosuppressive Yersinia Effector YopM Binds DEAD Box Helicase DDX3 to Control Ribosomal S6 Kinase in the Nucleus of Host Cells

    Berneking, L., Schnapp, M., Rumm, A., Trasak, C., Ruckdeschel, K., Alawi, M., Grundhoff, A., Kikhney, A. G., Nolte, F., Buck, F., Perbandt, M., Betzel, C., Svergun, D. I., Hentschke, M. & Aepfelbacher, M., 13.06.2016, in: PLOS PATHOG. 12, 6, S. e1005660

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  91. Pulmonary Targeting of Adeno-associated Viral Vectors by Next-generation Sequencing-guided Screening of Random Capsid Displayed Peptide Libraries

    Körbelin, J., Sieber, T., Michelfelder, S., Lunding, L., Spies, E., Hunger, A., Alawi, M., Rapti, K., Indenbirken, D., Müller, O. J., Pasqualini, R., Arap, W., Kleinschmidt, J. A. & Trepel, M., 06.2016, in: MOL THER. 24, 6, S. 1050-61

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  92. Functional dissection of an alternatively spliced herpesvirus gene by splice site mutagenesis

    Schommartz, T., Loroch, S., Alawi, M., Grundhoff, A., Sickmann, A. & Brune, W., 14.04.2016, in: J VIROL. 90, 9, S. 4626-36

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  93. Rapid Capture Next-Generation Sequencing in Clinical Diagnostics of Kinase Pathway Aberrations in B-Cell Precursor ALL

    Stadt, U. Z., Escherich, G., Indenbirken, D., Alawi, M., Adao, M. & Horstmann, M. A., 23.03.2016, in: PEDIATR BLOOD CANCER. 63, 7, S. 1283-6

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  94. Essential control of early B-cell development by Mef2 transcription factors

    Herglotz, J., Unrau, L., Hauschildt, F., Fischer, M., Kriebitzsch, N., Alawi, M., Indenbirken, D., Spohn, M., Müller, U., Ziegler, M., Schuh, W., Jäck, H-M. & Stocking, C., 04.02.2016, in: BLOOD. 127, 5, S. 572-81 10 S.

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  95. Deep metagenome and metatranscriptome analyses of microbial communities affiliated with an industrial biogas fermenter, a cow rumen, and elephant feces reveal major differences in carbohydrate hydrolysis strategies

    Güllert, S., Fischer, M. A., Turaev, D., Noebauer, B., Ilmberger, N., Wemheuer, B., Alawi, M., Rattei, T., Daniel, R., Schmitz, R. A., Grundhoff, A. & Streit, W. R., 2016, in: BIOTECHNOL BIOFUELS. 9, S. 121

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  96. Presence of atypical porcine pestivirus (APPV) genomes in newborn piglets correlates with congenital tremor

    Postel, A., Hansmann, F., Baechlein, C., Fischer, N., Alawi, M., Grundhoff, A., Derking, S., Tenhündfeld, J., Pfankuche, V. M., Herder, V., Baumgärtner, W., Wendt, M. & Becher, P., 2016, in: SCI REP-UK. 6, S. 27735

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  97. 2015

  98. Emergence of daptomycin non-susceptibility in colonizing vancomycin-resistant Enterococcus faecium isolates during daptomycin therapy

    Lellek, H., Franke, G. C., Ruckert, C., Wolters, M., Wolschke, C., Christner, M., Büttner, H., Alawi, M., Kröger, N. & Rohde, H., 12.09.2015, in: INT J MED MICROBIOL. 305, 8, S. 902-909

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  99. A Comprehensive Analysis of Replicating Merkel Cell Polyomavirus Genomes Delineates the Viral Transcription Program and Suggests a Role for mcv-miR-M1 in Episomal Persistence

    Theiss, J. M., Günther, T., Alawi, M., Neumann, F., Tessmer, U., Fischer, N. & Grundhoff, A., 07.2015, in: PLOS PATHOG. 11, 7, S. e1004974

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  100. Evaluation of Unbiased Next-Generation Sequencing of RNA (RNA-seq) as a Diagnostic Method in Influenza Virus-Positive Respiratory Samples

    Fischer, N., Indenbirken, D., Meyer, T., Lütgehetmann, M., Lellek, H., Spohn, M., Aepfelbacher, M., Alawi, M. & Grundhoff, A., 07.2015, in: J CLIN MICROBIOL. 53, 7, S. 2238-50 13 S.

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  101. Identification of a Novel Hepacivirus in Domestic Cattle from Germany

    Fischer, N., Baechlein, C., Grundhoff, A., Alawi, M., Indenbirken, D., Postel, A., Baron, A. L., Offinger, J., Becker, K., Beineke, A., Rehage, J. & Becher, P., 07.2015, in: J VIROL. 89, 14, S. 7007-15 9 S.

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  102. Mutations in KCNH1 and ATP6V1B2 cause Zimmermann-Laband syndrome

    Kortüm, F., Caputo, V., Bauer, C. K., Stella, L., Ciolfi, A., Alawi, M., Bocchinfuso, G., Flex, E., Paolacci, S., Dentici, M. L., Grammatico, P., Korenke, G. C., Leuzzi, V., Mowat, D., Nair, L. D. V., Nguyen, T. T. M., Thierry, P., White, S. M., Dallapiccola, B., Pizzuti, A., Campeau, P. M., Tartaglia, M. & Kutsche, K., 01.06.2015, in: NAT GENET. 47, 6, S. 661-7 7 S.

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  103. Epidermal growth factor receptor mutation mediates cross-resistance to panitumumab and cetuximab in gastrointestinal cancer

    Braig, F., März, M., Schieferdecker, A., Schulte, A., Voigt, M., Stein, A., Grob, T., Alawi, M., Indenbirken, D., Kriegs, M., Engel, E., Vanhoefer, U., Grundhoff, A., Loges, S., Riecken, K., Fehse, B., Bokemeyer, C. & Binder, M., 20.05.2015, in: ONCOTARGET. 6, 14, S. 12035-47 13 S.

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  104. Mutations in NDUFB11, Encoding a Complex I Component of the Mitochondrial Respiratory Chain, Cause Microphthalmia with Linear Skin Defects Syndrome

    van Rahden, V. A., Fernandez-Vizarra, E., Alawi, M., Brand, K., Fellmann, F., Horn, D., Zeviani, M. & Kutsche, K., 02.04.2015, in: AM J HUM GENET. 96, 4, S. 640-50 11 S.

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  105. Deciphering the microRNA signature of pathological cardiac hypertrophy by engineered heart tissue- and sequencing-technology

    Hirt, M. N., Werner, T., Indenbirken, D., Alawi, M., Demin, P., Kunze, A-C., Stenzig, J., Starbatty, J., Hansen, A., Fiedler, J., Thum, T. & Eschenhagen, T., 01.04.2015, in: J MOL CELL CARDIOL. 81, S. 1-9 9 S.

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  106. Close relationship of ruminant pestiviruses and classical Swine Fever virus

    Postel, A., Schmeiser, S., Oguzoglu, T. C., Indenbirken, D., Alawi, M., Fischer, N., Grundhoff, A. & Becher, P., 04.2015, in: EMERG INFECT DIS. 21, 4, S. 668-72 5 S.

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  107. SCNT-derived ESCs with mismatched mitochondria trigger an immune response in allogeneic hosts

    Deuse, T., Wang, D., Stubbendorff, M., Itagaki, R., Grabosch, A., Greaves, L. C., Alawi, M., Grünewald, A., Hu, X., Hua, X., Velden, J., Reichenspurner, H., Robbins, R. C., Jaenisch, R., Weissman, I. L. & Schrepfer, S., 08.01.2015, in: CELL STEM CELL. 16, 1, S. 33-38 6 S.

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  108. An AP4B1 frameshift mutation in siblings with intellectual disability and spastic tetraplegia further delineates the AP-4 deficiency syndrome

    Abdollahpour, H., Alawi, M., Kortüm, F., Beckstette, M., Seemanova, E., Komárek, V., Rosenberger, G. & Kutsche, K., 2015, in: EUR J HUM GENET. 23, 2, S. 256-259

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  109. 2014

  110. Bromodomain protein BRD4 is required for estrogen receptor-dependent enhancer activation and gene transcription

    Nagarajan, S., Hossan, T., Alawi, M., Najafova, Z., Indenbirken, D., Bedi, U., Taipaleenmäki, H., Ben-Batalla, I., Scheller, M., Loges, S., Knapp, S., Hesse, E., Chiang, C-M., Grundhoff, A. & Johnsen, S. A., 24.07.2014, in: CELL REP. 8, 2, S. 459-468 10 S.

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  111. Exom-Sequenzierung zur Identifizierung von Krankheitsgenen für seltene Syndrome: Erfahrungen aus Hamburg

    Kortüm, F., Abdollahpour, H., Alawi, M., Korenke, G. C., Seemanova, E., Tinschert, S., Zenker, M., Rosenberger, G. & Kutsche, K., 12.06.2014, in: MED GENET-BERLIN. 26, S. 246-254

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  112. Next-generation sequencing of peripheral B-lineage cells pinpoints the circulating clonotypic cell pool in multiple myeloma

    Thiele, B., Kloster, M., Alawi, M., Indenbirken, D., Trepel, M., Grundhoff, A. & Binder, M., 05.06.2014, in: BLOOD. 123, 23, S. 3618-21 4 S.

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  113. Rapid Metagenomic Diagnostics for Suspected Outbreak of Severe Pneumonia

    Fischer, N., Rohde, H., Indenbirken, D., Günther, T., Reumann, K., Lütgehetmann, M., Meyer, T., Kluge, S., Aepfelbacher, M., Alawi, M. & Grundhoff, A., 01.06.2014, in: EMERG INFECT DIS. 20, 6, S. 1072-5 4 S.

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  114. A comparative metagenome survey of the fecal microbiota of a breast- and a plant-fed Asian elephant reveals an unexpectedly high diversity of glycoside hydrolase family enzymes

    Ilmberger, N., Güllert, S., Dannenberg, J., Rabausch, U., Torres, J., Wemheuer, B., Alawi, M., Poehlein, A., Chow, J., Turaev, D., Rattei, T., Schmeisser, C., Salomon, J., Olsen, P. B., Daniel, R., Grundhoff, A., Borchert, M. S. & Streit, W. R., 2014, in: PLOS ONE. 9, 9, S. e106707

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  115. 2013

  116. Metagenome survey of a multispecies and alga-associated biofilm revealed key elements of bacterial-algal interactions in photobioreactors

    Krohn-Molt, I., Wemheuer, B., Alawi, M., Poehlein, A., Güllert, S., Schmeisser, C., Pommerening-Röser, A., Grundhoff, A., Daniel, R., Hanelt, D. & Streit, W. R., 10.2013, in: APPL ENVIRON MICROB. 79, 20, S. 6196-6206 11 S.

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  117. Dual roles of the transcription factor grainyhead-like 2 (GRHL2) in breast cancer

    Werner, S., Frey, S., Riethdorf, S., Schulze, C., Alawi, M., Kling, L., Vafaizadeh, V., Sauter, G., Terracciano, L., Schumacher, U., Pantel, K. & Assmann, V., 09.08.2013, in: J BIOL CHEM. 288, 32, S. 22993-3008 16 S.

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  118. Runx1 is essential at two stages of early murine B-cell development

    Niebuhr, B., Kriebitzsch, N., Fischer, M., Behrens, K., Günther, T., Alawi, M., Bergholz, U., Müller, U., Roscher, S., Ziegler, M., Buchholz, F., Grundhoff, A. & Stocking, C., 18.07.2013, in: BLOOD. 122, 3, S. 413-23 11 S.

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  119. 2011

  120. CASSys: an integrated software-system for the interactive analysis of ChIP-seq data

    Alawi, M., Kurtz, S. & Beckstette, M., 2011, in: J INTEGR BIOINFORMAT. 8, 2, S. 155

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