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Malik Alawi

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Publikationen

  1. 2024

  2. New dienelactone hydrolase from microalgae bacterial community-Antibiofilm activity against fish pathogens and potential applications for aquaculture

    Bergmann, L., Balzer Le, S., Hageskal, G., Preuss, L., Han, Y., Astafyeva, Y., Loevenich, S., Emmann, S., Perez-Garcia, P., Indenbirken, D., Katzowitsch, E., Thümmler, F., Alawi, M., Wentzel, A., Streit, W. R. & Krohn, I., 03.01.2024, in: SCI REP-UK. 14, 1, S. 377

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  3. 2023

  4. Stenotrophomonas maltophilia affects the gene expression profiles of the major pathogens Pseudomonas aeruginosa and Staphylococcus aureus in an in vitro multispecies biofilm model

    Alio, I., Moll, R., Hoffmann, T., Mamat, U., Schaible, U. E., Pappenfort, K., Alawi, M., Schie, M., Thünauer, R., Stamm, J., Rohde, H. & Streit, W. R., 12.12.2023, in: MICROBIOL SPECTR. 11, 6, e0085923.

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  5. Complete genome sequence of a Staphylococcus condimenti isolated from a port catheter-associated bloodstream infection

    Berneking, L., Büttner, H., Qi, M., Günther, T., Lehnhoff, D., Both, A., Christner, M., Wolters, M., Alawi, M., Aepfelbacher, M. & Rohde, H., 19.10.2023, in: MICROBIOL RESOUR ANN. 12, 10, 3 S., e0043823.

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › Kurzpublikation › Forschung › Begutachtung

  6. Impact of AKT1 on cell invasion and radiosensitivity in a triple negative breast cancer cell line developing brain metastasis

    Kempska, J., Oliveira-Ferrer, L., Grottke, A., Qi, M., Alawi, M., Meyer, F., Borgmann, K., Hamester, F., Eylmann, K., Rossberg, M., Smit, D. J., Jücker, M., Laakmann, E., Witzel, I., Schmalfeldt, B., Müller, V. & Legler, K., 06.07.2023, in: FRONT ONCOL. 13, S. 1129682 1129682.

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  7. A deep intronic variant in DNM1 in a patient with developmental and epileptic encephalopathy creates a splice acceptor site and affects only transcript variants including exon 10a

    Harms, F. L., Weiss, D., Lisfeld, J., Alawi, M. & Kutsche, K., 07.2023, in: NEUROGENETICS. 24, 3, S. 171-180 10 S.

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  8. Preclinical patient-derived modeling of castration-resistant prostate cancer facilitates individualized assessment of homologous recombination repair deficient disease

    Elsesy, M. E., Oh-Hohenhorst, S. J., Oing, C., Eckhardt, A., Burdak-Rothkamm, S., Alawi, M., Müller, C., Schüller, U., Maurer, T., von Amsberg, G., Petersen, C., Rothkamm, K. & Mansour, W. Y., 06.2023, in: MOL ONCOL. 17, 6, S. 1129-1147 19 S.

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  9. INPP4A-related genetic and phenotypic spectrum and functional relevance of subcellular targeting of INPP4A isoforms

    Hecher, L., Harms, F. L., Lisfeld, J., Alawi, M., Denecke, J. & Kutsche, K., 04.2023, in: NEUROGENETICS. 24, 2, S. 79-93 15 S.

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  10. Craniofacial dysmorphism, skeletal anomalies, and impaired intellectual development syndrome-1 in two new patients with the same homozygous TMCO1 variant and review of the literature

    Abdelrazek, I. M., Holling, T., Harms, F. L., Alawi, M., Omar, T., Abdalla, E. & Kutsche, K., 03.2023, in: EUR J MED GENET. 66, 3, S. 104715

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  11. Midgut Volvulus Adds a Murine, Neutrophil-Driven Model of Septic Condition to the Experimental Toolbox

    Elrod, J., Kiwit, A., Lenz, M., Rohde, H., Börnigen, D., Alawi, M., Mohr, C., Pagerols Raluy, L., Trochimiuk, M., Knopf, J., Reinshagen, K., Herrmann, M. & Boettcher, M., 19.01.2023, in: CELLS-BASEL. 12, 3, 366.

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  12. Murine scald models characterize the role of neutrophils and neutrophil extracellular traps in severe burns

    Elrod, J., Lenz, M., Kiwit, A., Armbrust, L., Schönfeld, L., Reinshagen, K., Pagerols Raluy, L., Mohr, C., Saygi, C., Alawi, M., Rohde, H., Herrmann, M. & Boettcher, M., 2023, in: FRONT IMMUNOL. 14, S. 1113948

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  13. 2022

  14. Diagnostic potential of extracellular vesicles in meningioma patients

    Ricklefs, F. L., Maire, C. L., Wollmann, K., Dührsen, L., Fita, K. D., Sahm, F., Herold-Mende, C., von Deimling, A., Kolbe, K., Holz, M., Bergmann, L., Fuh, M. M., Schlüter, H., Alawi, M., Reimer, R., Sven, P., Glatzel, M., Westphal, M. & Lamszus, K., 01.12.2022, in: NEURO-ONCOLOGY. 24, 12, S. 2078-2090 13 S.

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  15. Salvage Chemotherapy with Cisplatin, Ifosfamide, and Paclitaxel in Aggressive Variant of Metastatic Castration-Resistant Prostate Cancer

    Amsberg, G. V., Zilles, M., Mansour, W., Gild, P., Alsdorf, W., Kaune, M., Böckelmann, L. C., Hauschild, J., Krisp, C., Rohlfing, T., Saygi, C., Alawi, M., Zielinski, A., Langebrake, C., Su, X., Perner, S., Tilki, D., Schluter, H., Graefen, M., Dyshlovoy, S. & Bokemeyer, C., 29.11.2022, in: INT J MOL SCI. 23, 23, 14948.

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  16. Comprehensive profiling of myxopapillary ependymomas identifies a distinct molecular subtype with relapsing disease

    Bockmayr, M., Harnisch, K., Pohl, L. C., Schweizer, L., Mohme, T., Körner, M., Alawi, M., Suwala, A. K., Dorostkar, M. M., Monoranu, C. M., Hasselblatt, M., Wefers, A. K., Capper, D., Hench, J., Frank, S., Richardson, T. E., Tran, I., Liu, E., Snuderl, M., Engertsberger, L., Benesch, M., von Deimling, A., Obrecht, D., Mynarek, M., Rutkowski, S., Glatzel, M., Neumann, J. E. & Schüller, U., 03.10.2022, in: NEURO-ONCOLOGY. 24, 10, S. 1689-1699 11 S.

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  17. Characterization of IG-MYC-breakpoints and their application for quantitative minimal disease monitoring in high-risk pediatric Burkitt-lymphoma and -leukemia

    Möker, P., Zur Stadt, U., Zimmermann, M., Alawi, M., Mueller, S., Finger, J., Knörr, F., Riquelme, A., Oschlies, I., Klapper, W., Bradtke, J., Burkhardt, B., Woessmann, W. & Damm-Welk, C., 09.2022, in: LEUKEMIA. 36, 9, S. 2343-2346 4 S.

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  18. Microalgae and Bacteria Interaction-Evidence for Division of Diligence in the Alga Microbiota

    Astafyeva, Y., Gurschke, M., Qi, M., Bergmann, L., Indenbirken, D., de Grahl, I., Katzowitsch, E., Reumann, S., Hanelt, D., Alawi, M., Streit, W. R. & Krohn, I., 31.08.2022, in: MICROBIOL SPECTR. 10, 4, e0063322.

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  19. Clinically Relevant KCNQ1 Variants Causing KCNQ1-KCNE2 Gain-of-Function Affect the Ca2+ Sensitivity of the Channel

    Bauer, C. K., Holling, T., Horn, D., Laço, M. N., Abdalla, E., Omar, O. M., Alawi, M. & Kutsche, K., 26.08.2022, in: INT J MOL SCI. 23, 17, 9690.

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  20. Pregnancy-induced maternal microchimerism shapes neurodevelopment and behavior in mice

    Schepanski, S., Chini, M., Sternemann, V., Urbschat, C., Thiele, K., Sun, T., Zhao, Y., Poburski, M., Woestemeier, A., Thieme, M-T., Zazara, D. E., Alawi, M., Fischer, N., Heeren, J., Vladimirov, N., Woehler, A., Puelles, V. G., Bonn, S., Gagliani, N., Hanganu-Opatz, I. L. & Arck, P. C., 05.08.2022, in: NAT COMMUN. 13, 1, 4571.

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  21. Cardiofacioneurodevelopmental syndrome: Report of a novel patient and expansion of the phenotype

    Abdalla, E., Alawi, M., Meinecke, P., Kutsche, K. & Harms, F. L., 08.2022, in: AM J MED GENET A. 188, 8, S. 2448-2453 6 S.

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  22. Multiplexed mRNA analysis of brain-derived extracellular vesicles upon experimental stroke in mice reveals increased mRNA content with potential relevance to inflammation and recovery processes

    Bub, A., Brenna, S., Alawi, M., Kügler, P., Gui, Y., Kretz, O., Altmeppen, H., Magnus, T. & Puig, B., 31.05.2022, in: CELL MOL LIFE SCI. 79, 6, S. 329 329.

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  23. Biallelic FRA10AC1 variants cause a neurodevelopmental disorder with growth retardation

    von Elsner, L., Chai, G., Schneeberger, P. E., Harms, F. L., Casar, C., Qi, M., Alawi, M., Abdel-Salam, G. M. H., Zaki, M. S., Arndt, F., Yang, X., Stanley, V., Hempel, M., Gleeson, J. G. & Kutsche, K., 24.05.2022, in: BRAIN. 145, 4, S. 1551-1563 13 S.

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  24. Novel biallelic variants expand the SLC5A6-related phenotypic spectrum

    Holling, T., Nampoothiri, S., Tarhan, B., Schneeberger, P. E., Vinayan, K. P., Yesodharan, D., Roy, A. G., Radhakrishnan, P., Alawi, M., Rhodes, L., Girisha, K. M., Kang, P. B. & Kutsche, K., 04.2022, in: EUR J HUM GENET. 30, 4, S. 439-449 11 S.

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  25. 2021

  26. Transcriptome Analysis in Vulvar Squamous Cell Cancer

    Prieske, K., Alawi, M., Jaeger, A., Wankner, M. C., Eylmann, K., Reuter, S., Lebok, P., Burandt, E., Blessin, N. C., Schmalfeldt, B., Prieske, K., Joosse, S. A. & Woelber, L., 19.12.2021, in: CANCERS. 13, 24, 6372.

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  27. Vertically transferred maternal immune cells promote neonatal immunity against early life infections

    Stelzer, I., Urbschat, C., Schepanski, S., Thiele, K., Triviai, I., Wieczorek, A., Alawi, M., Ohnezeit, D., Kottlau, J., Huang, J., Fischer, N., Mittrücker, H-W., Solano, M. E., Fehse, B., Diemert, A., Stahl, F. & Arck, P., 04.08.2021, in: NAT COMMUN. 12, 1, S. 4706

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  28. Hypoimmune induced pluripotent stem cell-derived cell therapeutics treat cardiovascular and pulmonary diseases in immunocompetent allogeneic mice

    Deuse, T., Tediashvili, G., Hu, X., Gravina, A., Tamenang, A., Wang, D., Connolly, A., Mueller, C., Mallavia, B., Looney, M. R., Alawi, M., Lanier, L. L. & Schrepfer, S., 13.07.2021, in: P NATL ACAD SCI USA. 118, 28, e2022091118.

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  29. Biallelic variants in VPS50 cause a neurodevelopmental disorder with neonatal cholestasis

    Schneeberger, P. E., Nampoothiri, S., Holling, T., Yesodharan, D., Alawi, M., Knisely, A. S., Müller, T., Plecko, B., Janecke, A. R. & Kutsche, K., 26.05.2021, in: BRAIN. 2021, awab206

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  30. The SIRPα-CD47 immune checkpoint in NK cells

    Deuse, T., Hu, X., Agbor-Enoh, S., Jang, M. K., Alawi, M., Saygi, C., Gravina, A., Tediashvili, G., Nguyen, V. Q., Liu, Y., Valantine, H., Lanier, L. L. & Schrepfer, S., 01.03.2021, in: J EXP MED. 218, 3, e20200839.

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  31. Distinct clonal lineages and within-host diversification shape invasive Staphylococcus epidermidis populations

    Both, A., Huang, J., Qi, M., Lausmann, C., Weißelberg, S., Büttner, H., Lezius, S., Failla, A. V., Christner, M., Stegger, M., Gehrke, T., Baig, S., Citak, M., Alawi, M., Aepfelbacher, M. & Rohde, H., 02.2021, in: PLOS PATHOG. 17, 2, S. e1009304

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  32. Deep (Meta)genomics and (Meta)transcriptome Analyses of Fungal and Bacteria Consortia From Aircraft Tanks and Kerosene Identify Key Genes in Fuel and Tank Corrosion

    Krohn, I., Bergmann, L., Qi, M., Indenbirken, D., Han, Y., Perez-Garcia, P., Katzowitsch, E., Hägele, B., Lübcke, T., Siry, C., Riemann, R., Alawi, M. & Streit, W. R., 2021, in: FRONT MICROBIOL. 12, 722259.

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  33. 2020

  34. Bi-allelic Pathogenic Variants in HS2ST1 Cause a Syndrome Characterized by Developmental Delay and Corpus Callosum, Skeletal, and Renal Abnormalities

    Schneeberger, P. E., von Elsner, L., Barker, E. L., Meinecke, P., Marquardt, I., Alawi, M., Steindl, K., Joset, P., Rauch, A., Zwijnenburg, P. J. G., Weiss, M. M., Merry, C. L. R. & Kutsche, K., 03.12.2020, in: AM J HUM GENET. 107, 6, S. 1044-1061 18 S.

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  35. Differential regulation of extracellular matrix proteins in three recurrent liver metastases of a single patient with colorectal cancer

    Voß, H., Wurlitzer, M., Smit, D. J., Ewald, F., Alawi, M., Spohn, M., Indenbirken, D., Omidi, M., David, K., Juhl, H., Simon, R., Sauter, G., Fischer, L., Izbicki, J. R., Molloy, M. P., Nashan, B., Schlüter, H. & Jücker, M., 12.2020, in: CLIN EXP METASTAS. 37, 6, S. 649-656 8 S.

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  36. Deep amoA amplicon sequencing reveals community partitioning within ammonia-oxidizing bacteria in the environmentally dynamic estuary of the River Elbe

    Malinowski, M., Alawi, M., Krohn, I., Ruff, S., Indenbirken, D., Alawi, M., Karrasch, M., Lüschow, R., Streit, W. R., Timmermann, G. & Pommerening-Röser, A., 13.10.2020, in: SCI REP-UK. 10, 1, 17165.

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  37. Glioma escape signature and clonal development under immune pressure

    Maire, C. L., Mohme, M., Bockmayr, M., Fita, K. D., Riecken, K., Börnigen, D., Alawi, M., Failla, A. V., Kolbe, K., Zapf, S., Holz, M., Neumann, K., Dührsen, L., Lange, T., Fehse, B., Westphal, M. & Lamszus, K., 01.10.2020, in: J CLIN INVEST. 130, 10, S. 5257-5271 15 S.

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  38. Biallelic loss-of-function variants in TBC1D2B cause a neurodevelopmental disorder with seizures and gingival overgrowth

    Harms, F. L., Parthasarathy, P., Zorndt, D., Alawi, M., Fuchs, S., Halliday, B. J., McKeown, C., Sampaio, H., Radhakrishnan, N., Radhakrishnan, S. K., Gorce, M., Navet, B., Ziegler, A., Sachdev, R., Robertson, S. P., Nampoothiri, S. & Kutsche, K., 09.2020, in: HUM MUTAT. 41, 9, S. 1645-1661 17 S.

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  39. Exome sequencing in 38 patients with intracranial aneurysms and subarachnoid hemorrhage

    Sauvigny, T., Alawi, M., Krause, L., Renner, S., Spohn, M., Busch, A., Kolbe, V., Altmüller, J., Löscher, B-S., Franke, A., Brockmann, C., Lieb, W., Westphal, M., Schmidt, N. O., Regelsberger, J. & Rosenberger, G., 09.2020, in: J NEUROL. 267, 9, S. 2533-2545 13 S.

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  40. Genomic characterization of vulvar squamous cell carcinoma

    Prieske, K., Alawi, M., Oliveira-Ferrer, L., Jaeger, A., Eylmann, K., Burandt, E., Schmalfeldt, B., Joosse, S. A. & Woelber, L., 09.2020, in: GYNECOL ONCOL. 158, 3, S. 547-554 8 S.

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  41. Biallelic MADD variants cause a phenotypic spectrum ranging from developmental delay to a multisystem disorder

    Schneeberger, P. E., Kortüm, F., Korenke, G. C., Alawi, M., Santer, R., Woidy, M., Buhas, D., Fox, S., Juusola, J., Alfadhel, M., Webb, B. D., Coci, E. G., Abou Jamra, R., Siekmeyer, M., Biskup, S., Heller, C., Maier, E. M., Javaher-Haghighi, P., Bedeschi, M. F., Ajmone, P. F., Iascone, M., Peeters, H., Ballon, K., Jaeken, J., Rodríguez Alonso, A., Palomares-Bralo, M., Santos-Simarro, F., Meuwissen, M. E. C., Beysen, D., Kooy, R. F., Houlden, H., Murphy, D., Doosti, M., Karimiani, E. G., Mojarrad, M., Maroofian, R., Noskova, L., Kmoch, S., Honzik, T., Cope, H., Sanchez-Valle, A., Undiagnosed Diseases Network, Gelb, B. D., Kurth, I., Hempel, M. & Kutsche, K., 01.08.2020, in: BRAIN. 143, 8, S. 2437-2453 17 S.

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  42. High-resolution analysis of Merkel Cell Polyomavirus in Merkel Cell Carcinoma reveals distinct integration patterns and suggests NHEJ and MMBIR as underlying mechanisms

    Czech-Sioli, M., Günther, T., Therre, M., Spohn, M., Indenbirken, D., Theiss, J., Riethdorf, S., Qi, M., Alawi, M., Wülbeck, C., Fernandez-Cuesta, I., Esmek, F., Becker, J. C., Grundhoff, A. & Fischer, N., 08.2020, in: PLOS PATHOG. 16, 8, e1008562.

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  43. Clonal Evolution after Allogeneic Hematopoietic Stem Cell Transplantation

    Christopeit, M., Badbaran, A., Alawi, M., Flach, J., Fehse, B. & Kröger, N., 07.2020, in: BIOL BLOOD MARROW TR. 26, 7, S. e167-e170

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  44. Draft Genome Sequence of the Green Alga Scenedesmus acuminatus SAG 38.81

    Astafyeva, Y., Alawi, M., Indenbirken, D., Danso, D., Grundhoff, A., Hanelt, D., Streit, W. R. & Krohn, I., 11.06.2020, in: MICROBIOL RESOUR ANN. 9, 24, e01278-19.

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  45. A prenatally disrupted airway epithelium orchestrates the fetal origin of asthma in mice

    Zazara-Giannou, D., Wegmann, M., Giannou, A. D., Hierweger, A. M., Alawi, M., Thiele, K., Huber, S., Pincus, M., Muntau, A. C., Solano, M. E. & Arck, P. C., 06.2020, in: J ALLERGY CLIN IMMUN. 145, 6, S. 1641-1654 14 S.

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  46. Cellular Importin-α3 Expression Dynamics in the Lung Regulate Antiviral Response Pathways against Influenza A Virus Infection

    Thiele, S., Stanelle-Bertram, S., Beck, S., Kouassi, N. M., Zickler, M., Müller, M., Tuku, B., Resa-Infante, P., van Riel, D., Alawi, M., Günther, T., Rother, F., Hügel, S., Reimering, S., McHardy, A., Grundhoff, A., Brune, W., Osterhaus, A., Bader, M., Hartmann, E. & Gabriel, G., 21.04.2020, in: CELL REP. 31, 3, 107549.

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  47. Molecular profiling of an osseous metastasis in glioblastoma during checkpoint inhibition: potential mechanisms of immune escape

    Mohme, M., Maire, C. L., Schliffke, S., Joosse, S. A., Alawi, M., Matschke, J., Schüller, U., Dierlamm, J., Martens, T., Pantel, K., Riethdorf, S., Lamszus, K. & Westphal, M., 09.03.2020, in: ACTA NEUROPATHOL COM. 8, 1, 28.

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  48. The landscape of viral associations in human cancers

    Zapatka, M., Borozan, I., Brewer, D. S., Iskar, M., Grundhoff, A., Alawi, M., Desai, N., Sültmann, H., Moch, H., Cooper, C. S., Eils, R., Ferretti, V., Lichter, P. & PCAWG Pathogens, 03.2020, in: NAT GENET. 52, 3, S. 320-330 11 S.

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  49. Extremophilic nitrite-oxidizing Chloroflexi from Yellowstone hot springs

    Spieck, E., Spohn, M., Wendt, K., Bock, E., Shively, J., Frank, J., Indenbirken, D., Alawi, M., Lücker, S. & Hüpeden, J., 02.2020, in: ISME J. 14, 2, S. 364-379 16 S.

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  50. Pan-cancer analysis of whole genomes

    ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes Consortium, 02.2020, in: NATURE. 578, 7793, S. 82-93 12 S.

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  51. 2019

  52. Characterization of novel, recurrent genomic rearrangements as sensitive MRD targets in childhood B-cell precursor ALL

    Zur Stadt, U., Alawi, M., Adao, M., Indenbirken, D., Escherich, G. & Horstmann, M. A., 29.11.2019, in: BLOOD CANCER J. 9, 12, S. 96

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  53. DAMIAN an open source bioinformatics tool for fast, systematic and cohort based analysis of microorganisms in diagnostic samples

    Alawi, M., Burkhardt, L., Indenbirken, D., Reumann, K., Christopeit, M., Kröger, N., Lütgehetmann, M., Aepfelbacher, M., Fischer, N. & Grundhoff, A., 14.11.2019, in: SCI REP-UK. 9, 1, S. 16841

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  54. Biallelic and De Novo Variants in DONSON Reveal a Clinical Spectrum of Cell Cycle-opathies with Microcephaly, Dwarfism and Skeletal Abnormalities

    Karaca, E., Posey, J. E., Bostwick, B., Liu, P., Gezdirici, A., Yesil, G., Coban Akdemir, Z., Bayram, Y., Harms, F. L., Meinecke, P., Alawi, M., Bacino, C. A., Sutton, V. R., Kortüm, F. & Lupski, J. R., 10.2019, in: AM J MED GENET A. 179, 10, S. 2056-2066 11 S.

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  55. Alternative interaction sites in the influenza A virus nucleoprotein mediate viral escape from the importin-α7 mediated nuclear import pathway

    Resa-Infante, P., Bonet, J., Thiele, S., Alawi, M., Stanelle-Bertram, S., Tuku, B., Beck, S., Oliva, B. & Gabriel, G., 09.2019, in: FEBS J. 286, 17, S. 3374-3388 15 S.

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  56. Next-generation sequencing of 32 genes associated with hereditary aortopathies and related disorders of connective tissue in a cohort of 199 patients

    Renner, S., Schüler, H., Alawi, M., Kolbe, V., Rybczynski, M., Woitschach, R., Sheikhzadeh, S., Stark, V. C., Olfe, J., Roser, E., Seggewies, F. S., Mahlmann, A., Hempel, M., Hartmann, M. J., Hillebrand, M., Wieczorek, D., Volk, A. E., Kloth, K., Koch-Hogrebe, M., Abou Jamra, R., Mitter, D., Altmüller, J., Wey-Fabrizius, A., Petersen, C., Rau, I., Borck, G., Kubisch, C., Mir, T. S., von Kodolitsch, Y., Kutsche, K. & Rosenberger, G., 08.2019, in: GENET MED. 21, 8, S. 1832-1841 10 S.

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