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Dr. rer. nat. ID: 2374632

Malik Alawi

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Publikationen

  1. A comparative metagenome survey of the fecal microbiota of a breast- and a plant-fed Asian elephant reveals an unexpectedly high diversity of glycoside hydrolase family enzymes

    Ilmberger, N., Güllert, S., Dannenberg, J., Rabausch, U., Torres, J., Wemheuer, B., Alawi, M., Poehlein, A., Chow, J., Turaev, D., Rattei, T., Schmeisser, C., Salomon, J., Olsen, P. B., Daniel, R., Grundhoff, A., Borchert, M. S. & Streit, W. R., 2014, in: PLOS ONE. 9, 9, S. e106707

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  2. A Comprehensive Analysis of Replicating Merkel Cell Polyomavirus Genomes Delineates the Viral Transcription Program and Suggests a Role for mcv-miR-M1 in Episomal Persistence

    Theiss, J. M., Günther, T., Alawi, M., Neumann, F., Tessmer, U., Fischer, N. & Grundhoff, A., 07.2015, in: PLOS PATHOG. 11, 7, S. e1004974

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  3. Acute Liver Failure Meets SOPH Syndrome: A Case Report on an Intermediate Phenotype

    Kortüm, F., Marquardt, I., Alawi, M., Korenke, G. C., Spranger, S., Meinecke, P. & Kutsche, K., 01.2017, in: PEDIATRICS. 139, 1, S. pii: e20160550

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  4. A deep intronic variant in DNM1 in a patient with developmental and epileptic encephalopathy creates a splice acceptor site and affects only transcript variants including exon 10a

    Harms, F. L., Weiss, D., Lisfeld, J., Alawi, M. & Kutsche, K., 07.2023, in: NEUROGENETICS. 24, 3, S. 171-180 10 S.

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  5. A homozygous ATAD1 mutation impairs postsynaptic AMPA receptor trafficking and causes a lethal encephalopathy

    Piard, J., Umanah, G. K. E., Harms, F. L., Abalde-Atristain, L., Amram, D., Chang, M., Chen, R., Alawi, M., Salpietro, V., Rees, M. I., Chung, S-K., Houlden, H., Verloes, A., Dawson, T. M., Dawson, V. L., Van Maldergem, L. & Kutsche, K., 01.03.2018, in: BRAIN. 141, 3, S. 651-661 11 S.

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  6. Alternative interaction sites in the influenza A virus nucleoprotein mediate viral escape from the importin-α7 mediated nuclear import pathway

    Resa-Infante, P., Bonet, J., Thiele, S., Alawi, M., Stanelle-Bertram, S., Tuku, B., Beck, S., Oliva, B. & Gabriel, G., 09.2019, in: FEBS J. 286, 17, S. 3374-3388 15 S.

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  7. An AP4B1 frameshift mutation in siblings with intellectual disability and spastic tetraplegia further delineates the AP-4 deficiency syndrome

    Abdollahpour, H., Alawi, M., Kortüm, F., Beckstette, M., Seemanova, E., Komárek, V., Rosenberger, G. & Kutsche, K., 2015, in: EUR J HUM GENET. 23, 2, S. 256-259

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  8. A novel multiple joint dislocation syndrome associated with a homozygous nonsense variant in the EXOC6B gene

    Girisha, K. M., Kortüm, F., Shah, H., Alawi, M., Dalal, A., Bhavani, G. S. & Kutsche, K., 01.08.2016, in: EUR J HUM GENET. 24, 8, S. 1206-10

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  9. A prenatally disrupted airway epithelium orchestrates the fetal origin of asthma in mice

    Zazara-Giannou, D., Wegmann, M., Giannou, A. D., Hierweger, A. M., Alawi, M., Thiele, K., Huber, S., Pincus, M., Muntau, A. C., Solano, M. E. & Arck, P. C., 06.2020, in: J ALLERGY CLIN IMMUN. 145, 6, S. 1641-1654 14 S.

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  10. A transplant “immunome” screening platform defines a targetable epitope fingerprint of multiple myeloma

    Schieferdecker, A., Oberle, A., Thiele, B., Hofmann, F., Göthel, M., Miethe, S., Hust, M., Braig, F., Voigt, M., Pein, U-M., Nolte, F., Haag, F., Alawi, M., Indenbirken, D., Grundhoff, A., Bokemeyer, C., Bacher, U., Kröger, N. & Binder, M., 23.06.2016, in: BLOOD. 127, 25, S. 3202-14

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  11. Biallelic and De Novo Variants in DONSON Reveal a Clinical Spectrum of Cell Cycle-opathies with Microcephaly, Dwarfism and Skeletal Abnormalities

    Karaca, E., Posey, J. E., Bostwick, B., Liu, P., Gezdirici, A., Yesil, G., Coban Akdemir, Z., Bayram, Y., Harms, F. L., Meinecke, P., Alawi, M., Bacino, C. A., Sutton, V. R., Kortüm, F. & Lupski, J. R., 10.2019, in: AM J MED GENET A. 179, 10, S. 2056-2066 11 S.

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  12. Biallelic FRA10AC1 variants cause a neurodevelopmental disorder with growth retardation

    von Elsner, L., Chai, G., Schneeberger, P. E., Harms, F. L., Casar, C., Qi, M., Alawi, M., Abdel-Salam, G. M. H., Zaki, M. S., Arndt, F., Yang, X., Stanley, V., Hempel, M., Gleeson, J. G. & Kutsche, K., 24.05.2022, in: BRAIN. 145, 4, S. 1551-1563 13 S.

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  13. Biallelic MADD variants cause a phenotypic spectrum ranging from developmental delay to a multisystem disorder

    Schneeberger, P. E., Kortüm, F., Korenke, G. C., Alawi, M., Santer, R., Woidy, M., Buhas, D., Fox, S., Juusola, J., Alfadhel, M., Webb, B. D., Coci, E. G., Abou Jamra, R., Siekmeyer, M., Biskup, S., Heller, C., Maier, E. M., Javaher-Haghighi, P., Bedeschi, M. F., Ajmone, P. F., Iascone, M., Peeters, H., Ballon, K., Jaeken, J., Rodríguez Alonso, A., Palomares-Bralo, M., Santos-Simarro, F., Meuwissen, M. E. C., Beysen, D., Kooy, R. F., Houlden, H., Murphy, D., Doosti, M., Karimiani, E. G., Mojarrad, M., Maroofian, R., Noskova, L., Kmoch, S., Honzik, T., Cope, H., Sanchez-Valle, A., Undiagnosed Diseases Network, Gelb, B. D., Kurth, I., Hempel, M. & Kutsche, K., 01.08.2020, in: BRAIN. 143, 8, S. 2437-2453 17 S.

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  14. Biallelic loss-of-function variants in TBC1D2B cause a neurodevelopmental disorder with seizures and gingival overgrowth

    Harms, F. L., Parthasarathy, P., Zorndt, D., Alawi, M., Fuchs, S., Halliday, B. J., McKeown, C., Sampaio, H., Radhakrishnan, N., Radhakrishnan, S. K., Gorce, M., Navet, B., Ziegler, A., Sachdev, R., Robertson, S. P., Nampoothiri, S. & Kutsche, K., 09.2020, in: HUM MUTAT. 41, 9, S. 1645-1661 17 S.

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  15. Bi-allelic Pathogenic Variants in HS2ST1 Cause a Syndrome Characterized by Developmental Delay and Corpus Callosum, Skeletal, and Renal Abnormalities

    Schneeberger, P. E., von Elsner, L., Barker, E. L., Meinecke, P., Marquardt, I., Alawi, M., Steindl, K., Joset, P., Rauch, A., Zwijnenburg, P. J. G., Weiss, M. M., Merry, C. L. R. & Kutsche, K., 03.12.2020, in: AM J HUM GENET. 107, 6, S. 1044-1061 18 S.

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  16. Biallelic variants in VPS50 cause a neurodevelopmental disorder with neonatal cholestasis

    Schneeberger, P. E., Nampoothiri, S., Holling, T., Yesodharan, D., Alawi, M., Knisely, A. S., Müller, T., Plecko, B., Janecke, A. R. & Kutsche, K., 26.05.2021, in: BRAIN. 2021, awab206

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  17. BRD4 promotes p63 and GRHL3 expression downstream of FOXO in mammary epithelial cells

    Nagarajan, S., Bedi, U., Budida, A., Hamdan, F. H., Mishra, V. K., Najafova, Z., Xie, W., Alawi, M., Indenbirken, D., Knapp, S., Chiang, C-M., Grundhoff, A., Kari, V., Scheel, C. H., Wegwitz, F. & Johnsen, S. A., 07.04.2017, in: NUCLEIC ACIDS RES. 45, 6, S. 3130-3145 16 S.

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  18. Bromodomain protein BRD4 is required for estrogen receptor-dependent enhancer activation and gene transcription

    Nagarajan, S., Hossan, T., Alawi, M., Najafova, Z., Indenbirken, D., Bedi, U., Taipaleenmäki, H., Ben-Batalla, I., Scheller, M., Loges, S., Knapp, S., Hesse, E., Chiang, C-M., Grundhoff, A. & Johnsen, S. A., 24.07.2014, in: CELL REP. 8, 2, S. 459-468 10 S.

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  19. Cardiofacioneurodevelopmental syndrome: Report of a novel patient and expansion of the phenotype

    Abdalla, E., Alawi, M., Meinecke, P., Kutsche, K. & Harms, F. L., 08.2022, in: AM J MED GENET A. 188, 8, S. 2448-2453 6 S.

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  20. CASSys: an integrated software-system for the interactive analysis of ChIP-seq data

    Alawi, M., Kurtz, S. & Beckstette, M., 2011, in: J INTEGR BIOINFORMAT. 8, 2, S. 155

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  21. Cellular Importin-α3 Expression Dynamics in the Lung Regulate Antiviral Response Pathways against Influenza A Virus Infection

    Thiele, S., Stanelle-Bertram, S., Beck, S., Kouassi, N. M., Zickler, M., Müller, M., Tuku, B., Resa-Infante, P., van Riel, D., Alawi, M., Günther, T., Rother, F., Hügel, S., Reimering, S., McHardy, A., Grundhoff, A., Brune, W., Osterhaus, A., Bader, M., Hartmann, E. & Gabriel, G., 21.04.2020, in: CELL REP. 31, 3, 107549.

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  22. Characterization of IG-MYC-breakpoints and their application for quantitative minimal disease monitoring in high-risk pediatric Burkitt-lymphoma and -leukemia

    Möker, P., Zur Stadt, U., Zimmermann, M., Alawi, M., Mueller, S., Finger, J., Knörr, F., Riquelme, A., Oschlies, I., Klapper, W., Bradtke, J., Burkhardt, B., Woessmann, W. & Damm-Welk, C., 09.2022, in: LEUKEMIA. 36, 9, S. 2343-2346 4 S.

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  23. Characterization of novel, recurrent genomic rearrangements as sensitive MRD targets in childhood B-cell precursor ALL

    Zur Stadt, U., Alawi, M., Adao, M., Indenbirken, D., Escherich, G. & Horstmann, M. A., 29.11.2019, in: BLOOD CANCER J. 9, 12, S. 96

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  24. Clinical and genetic spectrum of AMPD2-related pontocerebellar hypoplasia type 9

    Kortüm, F., Jamra, R. A., Alawi, M., Berry, S. A., Borck, G., Helbig, K. L., Tang, S., Huhle, D., Korenke, G. C., Hebbar, M., Shukla, A., Girisha, K. M., Steinlin, M., Waldmeier-Wilhelm, S., Montomoli, M., Guerrini, R., Lemke, J. R. & Kutsche, K., 05.2018, in: EUR J HUM GENET. 26, 5, S. 695-708 14 S.

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  25. Clinically Relevant KCNQ1 Variants Causing KCNQ1-KCNE2 Gain-of-Function Affect the Ca2+ Sensitivity of the Channel

    Bauer, C. K., Holling, T., Horn, D., Laço, M. N., Abdalla, E., Omar, O. M., Alawi, M. & Kutsche, K., 26.08.2022, in: INT J MOL SCI. 23, 17, 9690.

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  26. Clonal Evolution after Allogeneic Hematopoietic Stem Cell Transplantation

    Christopeit, M., Badbaran, A., Alawi, M., Flach, J., Fehse, B. & Kröger, N., 07.2020, in: BIOL BLOOD MARROW TR. 26, 7, S. e167-e170

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  27. Close relationship of ruminant pestiviruses and classical Swine Fever virus

    Postel, A., Schmeiser, S., Oguzoglu, T. C., Indenbirken, D., Alawi, M., Fischer, N., Grundhoff, A. & Becher, P., 04.2015, in: EMERG INFECT DIS. 21, 4, S. 668-72 5 S.

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  28. Coinheritance of biallelic SLURP1 and SLC39A4 mutations cause a severe genodermatosis with skin peeling and hair loss all over the body

    Harms, F. L., Nampoothiri, S., Kortüm, F., Thomas, J., Panicker, V. V., Alawi, M., Altmüller, J., Yesodharan, D. & Kutsche, K., 11.2018, in: BRIT J DERMATOL. 179, 5, S. 1192-1194 3 S.

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › Andere (Vorworte u.ä.) › Forschung

  29. Comparative study of whole genome amplification and next generation sequencing performance of single cancer cells

    Babayan, A., Alawi, M., Gormley, M., Müller, V., Wikman, H., McMullin, R. P., Smirnov, D. A., Li, W., Geffken, M., Pantel, K. & Joosse, S. A., 22.08.2017, in: ONCOTARGET. 8, 34, S. 56066-56080 15 S.

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  30. Complete genome sequence of a Staphylococcus condimenti isolated from a port catheter-associated bloodstream infection

    Berneking, L., Büttner, H., Qi, M., Günther, T., Lehnhoff, D., Both, A., Christner, M., Wolters, M., Alawi, M., Aepfelbacher, M. & Rohde, H., 19.10.2023, in: MICROBIOL RESOUR ANN. 12, 10, 3 S., e0043823.

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › Kurzpublikation › Forschung › Begutachtung

  31. Comprehensive profiling of myxopapillary ependymomas identifies a distinct molecular subtype with relapsing disease

    Bockmayr, M., Harnisch, K., Pohl, L. C., Schweizer, L., Mohme, T., Körner, M., Alawi, M., Suwala, A. K., Dorostkar, M. M., Monoranu, C. M., Hasselblatt, M., Wefers, A. K., Capper, D., Hench, J., Frank, S., Richardson, T. E., Tran, I., Liu, E., Snuderl, M., Engertsberger, L., Benesch, M., von Deimling, A., Obrecht, D., Mynarek, M., Rutkowski, S., Glatzel, M., Neumann, J. E. & Schüller, U., 03.10.2022, in: NEURO-ONCOLOGY. 24, 10, S. 1689-1699 11 S.

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  32. Correlation of somatic mutations with outcome after FLAMSA-busulfan sequential conditioning and allogeneic stem cell transplantation in patients with MDS

    Christopeit, M., Badbaran, A., Alawi, M., Zabelina, T., Zeck, G., Wolschke, C., Ayuketang, F. A. & Kröger, N., 01.09.2016, in: EUR J HAEMATOL. 97, 3, S. 288-96

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  33. Craniofacial dysmorphism, skeletal anomalies, and impaired intellectual development syndrome-1 in two new patients with the same homozygous TMCO1 variant and review of the literature

    Abdelrazek, I. M., Holling, T., Harms, F. L., Alawi, M., Omar, T., Abdalla, E. & Kutsche, K., 03.2023, in: EUR J MED GENET. 66, 3, S. 104715

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  34. DAMIAN an open source bioinformatics tool for fast, systematic and cohort based analysis of microorganisms in diagnostic samples

    Alawi, M., Burkhardt, L., Indenbirken, D., Reumann, K., Christopeit, M., Kröger, N., Lütgehetmann, M., Aepfelbacher, M., Fischer, N. & Grundhoff, A., 14.11.2019, in: SCI REP-UK. 9, 1, S. 16841

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  35. Deciphering the microRNA signature of pathological cardiac hypertrophy by engineered heart tissue- and sequencing-technology

    Hirt, M. N., Werner, T., Indenbirken, D., Alawi, M., Demin, P., Kunze, A-C., Stenzig, J., Starbatty, J., Hansen, A., Fiedler, J., Thum, T. & Eschenhagen, T., 01.04.2015, in: J MOL CELL CARDIOL. 81, S. 1-9 9 S.

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  36. Deep amoA amplicon sequencing reveals community partitioning within ammonia-oxidizing bacteria in the environmentally dynamic estuary of the River Elbe

    Malinowski, M., Alawi, M., Krohn, I., Ruff, S., Indenbirken, D., Alawi, M., Karrasch, M., Lüschow, R., Streit, W. R., Timmermann, G. & Pommerening-Röser, A., 13.10.2020, in: SCI REP-UK. 10, 1, 17165.

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  37. Deep metagenome and metatranscriptome analyses of microbial communities affiliated with an industrial biogas fermenter, a cow rumen, and elephant feces reveal major differences in carbohydrate hydrolysis strategies

    Güllert, S., Fischer, M. A., Turaev, D., Noebauer, B., Ilmberger, N., Wemheuer, B., Alawi, M., Rattei, T., Daniel, R., Schmitz, R. A., Grundhoff, A. & Streit, W. R., 2016, in: BIOTECHNOL BIOFUELS. 9, S. 121

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  38. Deep (Meta)genomics and (Meta)transcriptome Analyses of Fungal and Bacteria Consortia From Aircraft Tanks and Kerosene Identify Key Genes in Fuel and Tank Corrosion

    Krohn, I., Bergmann, L., Qi, M., Indenbirken, D., Han, Y., Perez-Garcia, P., Katzowitsch, E., Hägele, B., Lübcke, T., Siry, C., Riemann, R., Alawi, M. & Streit, W. R., 2021, in: FRONT MICROBIOL. 12, 722259.

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  39. De Novo Truncating Variants in ASXL2 Are Associated with a Unique and Recognizable Clinical Phenotype

    Shashi, V., Pena, L. D. M., Kim, K., Burton, B., Hempel, M., Schoch, K., Walkiewicz, M., McLaughlin, H. M., Cho, M., Stong, N., Hickey, S. E., Shuss, C. M., Undiagnosed Diseases Network, Freemark, M. S., Bellet, J. S., Keels, M. A., Bonner, M. J., El-Dairi, M., Butler, M., Kranz, P. G., Stumpel, C. T. R. M., Klinkenberg, S., Oberndorff, K., Alawi, M., Santer, R., Petrovski, S., Kuismin, O., Korpi-Heikkilä, S., Pietilainen, O., Aarno, P., Kurki, M. I., Hoischen, A., Need, A. C., Goldstein, D. B. & Kortüm, F., 06.10.2016, in: AM J HUM GENET. 99, 4, S. 991-999 9 S.

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  40. Diagnostic potential of extracellular vesicles in meningioma patients

    Ricklefs, F. L., Maire, C. L., Wollmann, K., Dührsen, L., Fita, K. D., Sahm, F., Herold-Mende, C., von Deimling, A., Kolbe, K., Holz, M., Bergmann, L., Fuh, M. M., Schlüter, H., Alawi, M., Reimer, R., Sven, P., Glatzel, M., Westphal, M. & Lamszus, K., 01.12.2022, in: NEURO-ONCOLOGY. 24, 12, S. 2078-2090 13 S.

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  41. Differential regulation of extracellular matrix proteins in three recurrent liver metastases of a single patient with colorectal cancer

    Voß, H., Wurlitzer, M., Smit, D. J., Ewald, F., Alawi, M., Spohn, M., Indenbirken, D., Omidi, M., David, K., Juhl, H., Simon, R., Sauter, G., Fischer, L., Izbicki, J. R., Molloy, M. P., Nashan, B., Schlüter, H. & Jücker, M., 12.2020, in: CLIN EXP METASTAS. 37, 6, S. 649-656 8 S.

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  42. Distinct clonal lineages and within-host diversification shape invasive Staphylococcus epidermidis populations

    Both, A., Huang, J., Qi, M., Lausmann, C., Weißelberg, S., Büttner, H., Lezius, S., Failla, A. V., Christner, M., Stegger, M., Gehrke, T., Baig, S., Citak, M., Alawi, M., Aepfelbacher, M. & Rohde, H., 02.2021, in: PLOS PATHOG. 17, 2, S. e1009304

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  43. Draft Genome Sequence of the Green Alga Scenedesmus acuminatus SAG 38.81

    Astafyeva, Y., Alawi, M., Indenbirken, D., Danso, D., Grundhoff, A., Hanelt, D., Streit, W. R. & Krohn, I., 11.06.2020, in: MICROBIOL RESOUR ANN. 9, 24, e01278-19.

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  44. Dual roles of the transcription factor grainyhead-like 2 (GRHL2) in breast cancer

    Werner, S., Frey, S., Riethdorf, S., Schulze, C., Alawi, M., Kling, L., Vafaizadeh, V., Sauter, G., Terracciano, L., Schumacher, U., Pantel, K. & Assmann, V., 09.08.2013, in: J BIOL CHEM. 288, 32, S. 22993-3008 16 S.

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  45. Elsahy-Waters syndrome is caused by biallelic mutations in CDH11

    Harms, F. L., Nampoothiri, S., Anazi, S., Yesodharan, D., Alawi, M., Kutsche, K. & Alkuraya, F. S., 02.2018, in: AM J MED GENET A. 176, 2, S. 477-482 6 S.

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  46. Emergence of daptomycin non-susceptibility in colonizing vancomycin-resistant Enterococcus faecium isolates during daptomycin therapy

    Lellek, H., Franke, G. C., Ruckert, C., Wolters, M., Wolschke, C., Christner, M., Büttner, H., Alawi, M., Kröger, N. & Rohde, H., 12.09.2015, in: INT J MED MICROBIOL. 305, 8, S. 902-909

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  47. Epidermal growth factor receptor mutation mediates cross-resistance to panitumumab and cetuximab in gastrointestinal cancer

    Braig, F., März, M., Schieferdecker, A., Schulte, A., Voigt, M., Stein, A., Grob, T., Alawi, M., Indenbirken, D., Kriegs, M., Engel, E., Vanhoefer, U., Grundhoff, A., Loges, S., Riecken, K., Fehse, B., Bokemeyer, C. & Binder, M., 20.05.2015, in: ONCOTARGET. 6, 14, S. 12035-47 13 S.

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  48. Essential control of early B-cell development by Mef2 transcription factors

    Herglotz, J., Unrau, L., Hauschildt, F., Fischer, M., Kriebitzsch, N., Alawi, M., Indenbirken, D., Spohn, M., Müller, U., Ziegler, M., Schuh, W., Jäck, H-M. & Stocking, C., 04.02.2016, in: BLOOD. 127, 5, S. 572-81 10 S.

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  49. Evaluation of Unbiased Next-Generation Sequencing of RNA (RNA-seq) as a Diagnostic Method in Influenza Virus-Positive Respiratory Samples

    Fischer, N., Indenbirken, D., Meyer, T., Lütgehetmann, M., Lellek, H., Spohn, M., Aepfelbacher, M., Alawi, M. & Grundhoff, A., 07.2015, in: J CLIN MICROBIOL. 53, 7, S. 2238-50 13 S.

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  50. Exome sequencing in 38 patients with intracranial aneurysms and subarachnoid hemorrhage

    Sauvigny, T., Alawi, M., Krause, L., Renner, S., Spohn, M., Busch, A., Kolbe, V., Altmüller, J., Löscher, B-S., Franke, A., Brockmann, C., Lieb, W., Westphal, M., Schmidt, N. O., Regelsberger, J. & Rosenberger, G., 09.2020, in: J NEUROL. 267, 9, S. 2533-2545 13 S.

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