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  1. 2024

  2. Fetal lung growth predicts the risk for early-life respiratory infections and childhood asthma

    Zazara, D. E., Giannou, O., Schepanski, S., Pagenkemper, M., Giannou, A. D., Pincus, M., Belios, I., Bonn, S., Muntau, A. C., Hecher, K., Diemert, A. & Arck, P. C., 23.01.2024, in: WORLD J PEDIATR. 2024, 1

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  3. Temporal change of DNA methylation subclasses between matched newly diagnosed and recurrent glioblastoma

    Drexler, R., Khatri, R., Schüller, U., Eckhardt, A., Ryba, A., Sauvigny, T., Dührsen, L., Mohme, M., Ricklefs, T., Bode, H., Hausmann, F., Huber, T. B., Bonn, S., Voß, H., Neumann, J. E., Silverbush, D., Hovestadt, V., Suvà, M. L., Lamszus, K., Gempt, J., Westphal, M., Heiland, D. H., Hänzelmann, S. & Ricklefs, F. L., 20.01.2024, in: ACTA NEUROPATHOL. 147, 1, S. 21

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  4. 2023

  5. A multi-omics dataset for the analysis of frontotemporal dementia genetic subtypes

    Menden, K., Francescatto, M., Nyima, T., Blauwendraat, C., Dhingra, A., Castillo-Lizardo, M., Fernandes, N., Kaurani, L., Kronenberg-Versteeg, D., Atasu, B., Sadikoglou, E., Borroni, B., Rodriguez-Nieto, S., Simon-Sanchez, J., Fischer, A., Craig, D. W., Neumann, M., Bonn, S., Rizzu, P. & Heutink, P., 01.12.2023, in: SCI DATA. 10, 1, S. 849

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung

  6. Testosterone affects type I/type II interferon response of neutrophils during hepatic amebiasis

    Er-Lukowiak, M., Hänzelmann, S., Rothe, M., Moamenpour, D. T., Hausmann, F., Khatri, R., Hansen, C., Boldt, J., Bärreiter, V. A., Honecker, B., Bea, A., Groneberg, M., Fehling, H., Marggraff, C., Cadar, D., Bonn, S., Sellau, J. & Lotter, H., 12.2023, in: FRONT IMMUNOL. 14, S. 1279245

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  7. Reduction of IFN-I responses by plasmacytoid dendritic cells in a longitudinal trans men cohort

    Grünhagel, B., Borggrewe, M., Hagen, S. H., Ziegler, S. M., Henseling, F., Glau, L., Thiele, R-J., Pujantell, M., Sivayoganathan, V., Padoan, B., Claussen, J. M., Düsedau, A., Hennesen, J., Bunders, M. J., Bonn, S., Tolosa, E., Krebs, C. F., Dorn, C. & Altfeld, M., 17.11.2023, in: ISCIENCE. 26, 11, S. 108209

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung

  8. Epigenetic profiling reveals a strong association between lack of 5-ALA fluorescence and EGFR amplification in IDH-wildtype glioblastoma

    Drexler, R., Sauvigny, T., Schüller, U., Eckhardt, A., Maire, C. L., Khatri, R., Hausmann, F., Hänzelmann, S., Huber, T. B., Bonn, S., Bode, H., Lamszus, K., Westphal, M., Dührsen, L. & Ricklefs, F. L., 10.2023, in: NEURO-ONCOL PRACT. 10, 5, S. 462-471 10 S.

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung

  9. DISCERN: deep single-cell expression reconstruction for improved cell clustering and cell subtype and state detection

    Hausmann, F., Ergen, C., Khatri, R., Marouf, M., Hänzelmann, S., Gagliani, N., Huber, S., Machart, P. & Bonn, S., 20.09.2023, in: GENOME BIOL. 24, 1, S. 212

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  10. Proteomic analysis of the human hippocampus identifies neuronal pentraxin 1 (NPTX1) as synapto-axonal target in late-stage Parkinson's disease

    Warth Perez Arias, C. C., Silbern, I., Caldi Gomes, L., Wartmann, H., Dambeck, V., Fanz, J., Neuenroth, L., Bähr, M., Outeiro, T. F., Bonn, S., Stadelmann-Nessler, C., Rizzoli, S. O., Lenz, C., Urlaub, H. & Lingor, P., 09.2023, in: J NEUROCHEM. 166, 5, S. 862-874 13 S.

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung

  11. Epigenetic neural glioblastoma enhances synaptic integration and predicts therapeutic vulnerability

    Drexler, R., Khatri, R., Sauvigny, T., Mohme, M., Maire, C. L., Ryba, A., Zghaibeh, Y., Dührsen, L., Salviano-Silva, A., Lamszus, K., Westphal, M., Gempt, J., Wefers, A. K., Neumann, J., Bode, H., Hausmann, F., Huber, T. B., Bonn, S., Jütten, K., Delev, D., Weber, K. J., Harter, P. N., Onken, J., Vajkoczy, P., Capper, D., Wiestler, B., Weller, M., Snijder, B., Buck, A., Weiss, T., Keough, M. B., Ni, L., Monje, M., Silverbush, D., Hovestadt, V., Suvà, M. L., Krishna, S., Hervey-Jumper, S. L., Schüller, U., Heiland, D. H., Hänzelmann, S. & Ricklefs, F. L., 07.08.2023, in: bioRxiv.

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › Preprint › Forschung

  12. Transcriptional and Clonal Characterization of Cytotoxic T Cells in Crescentic Glomerulonephritis

    Mueller, A., Zhao, Y., Cicek, H., Paust, H-J., Sivayoganathan, A., Linke, A., Wegscheid, C., Wiech, T., Huber, T. B., Meyer-Schwesinger, C., Bonn, S., Prinz, I., Panzer, U., Tiegs, G., Krebs, C. F. & Neumann, K., 01.06.2023, in: J AM SOC NEPHROL. 34, 6, S. 1003-1018 16 S.

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung

  13. Loss of TDP-43 causes ectopic endothelial sprouting and migration defects through increased fibronectin, vcam 1 and integrin α4/β1

    Hipke, K., Pitter, B., Hruscha, A., van Bebber, F., Modic, M., Bansal, V., Lewandowski, S. A., Orozco, D., Edbauer, D., Bonn, S., Haass, C., Pohl, U., Montanez, E. & Schmid, B., 06.2023, in: FRONT CELL DEV BIOL. 11, S. 1169962

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung

  14. Targeted anticonvulsive treatment of IDH-wildtype glioblastoma based on DNA methylation subclasses

    Drexler, R., Göttsche, J., Sauvigny, T., Schüller, U., Khatri, R., Hausmann, F., Hänzelmann, S., Huber, T. B., Bonn, S., Heiland, D. H., Delev, D., Venkataramani, V., Winkler, F., Weller, J., Zeyen, T., Herrlinger, U., Gempt, J., Ricklefs, F. L. & Dührsen, L., 04.05.2023, in: NEURO-ONCOLOGY. 25, 5, S. 1006-1008 3 S.

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › Letter › Forschung › Begutachtung

  15. DeePSC: A Deep Learning Model for Automated Diagnosis of Primary Sclerosing Cholangitis at Two-dimensional MR Cholangiopancreatography

    Ragab, H., Westhaeusser, F., Ernst, A., Yamamura, J., Fuhlert, P., Zimmermann, M., Sauerbeck, J., Shenas, F., Özden, C., Weidmann, A., Adam, G., Bonn, S. & Schramm, C., 05.2023, in: RADIOL-ARTIF INTELL. 5, 3, S. e220160

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung

  16. Performance comparison of TCR-pMHC prediction tools reveals a strong data dependency

    Deng, L., Ly, C., Abdollahi, S., Zhao, Y., Prinz, I. & Bonn, S., 18.04.2023, in: FRONT IMMUNOL. 14, S. 1128326

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  17. Expansion-enhanced super-resolution radial fluctuations enable nanoscale molecular profiling of pathology specimens

    Kylies, D., Zimmermann, M., Haas, F., Schwerk, M., Kuehl, M., Brehler, M., Czogalla, J., Hernandez, L. C., Konczalla, L., Okabayashi, Y., Menzel, J., Edenhofer, I., Mezher, S., Aypek, H., Dumoulin, B., Wu, H., Hofmann, S., Kretz, O., Wanner, N., Tomas, N. M., Krasemann, S., Glatzel, M., Kuppe, C., Kramann, R., Banjanin, B., Schneider, R. K., Urbschat, C., Arck, P., Gagliani, N., van Zandvoort, M., Wiech, T., Grahammer, F., Sáez, P. J., Wong, M. N., Bonn, S., Huber, T. B. & Puelles, V. G., 04.2023, in: NAT NANOTECHNOL. 18, 4, S. 336-342 7 S.

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › Letter › Forschung › Begutachtung

  18. CD4+ T cells produce GM-CSF and drive immune-mediated glomerular disease by licensing monocyte-derived cells to produce MMP12

    Paust, H-J., Song, N., De Feo, D., Asada, N., Tuzlak, S., Zhao, Y., Riedel, J-H., Hellmig, M., Sivayoganathan, A., Peters, A., Kaffke, A., Borchers, A., Wenzel, U. O., Steinmetz, O. M., Tiegs, G., Meister, E., Mack, M., Kurts, C., von Vietinghoff, S., Lindenmeyer, M. T., Hoxha, E., Stahl, R. A. K., Huber, T. B., Bonn, S., Meyer-Schwesinger, C., Wiech, T., Turner, J-E., Becher, B., Krebs, C. F. & Panzer, U., 15.03.2023, in: SCI TRANSL MED. 15, 687, eadd6137.

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung

  19. Pathogen detection in RNA-seq data with Pathonoia

    Liebhoff, A-M., Menden, K., Laschtowitz, A., Franke, A., Schramm, C. & Bonn, S., 17.02.2023, in: BMC BIOINFORMATICS. 24, 1, 53.

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  20. Multicytokine-producing CD4+ T cells characterize the livers of patients with NASH

    Woestemeier, A., Scognamiglio, P., Zhao, Y., Wagner, J., Muscate, F., Casar, C., Siracusa, F., Cortesi, F., Agalioti, T., Müller, S., Sagebiel, A., Konczalla, L., Wahib, R., Karstens, K-F., Giannou, A. D., Duprée, A., Wolter, S., Wong, M. N., Mühlig, A. K., Bielecka, A. A., Bansal, V., Zhang, T., Mann, O., Puelles, V. G., Huber, T. B., Lohse, A. W., Izbicki, J. R., Palm, N. W., Bonn, S., Huber, S. & Gagliani, N., 10.01.2023, in: JCI INSIGHT. 8, 1, e153831.

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung

  21. Single-cell transcriptomics reveals a mechanosensitive injury signaling pathway in early diabetic nephropathy

    Liu, S., Zhao, Y., Lu, S., Zhang, T., Lindenmeyer, M. T., Nair, V., Gies, S. E., Wu, G., Nelson, R. G., Czogalla, J., Aypek, H., Zielinski, S., Liao, Z., Schaper, M., Fermin, D., Cohen, C. D., Delic, D., Krebs, C. F., Grahammer, F., Wiech, T., Kretzler, M., Meyer-Schwesinger, C., Bonn, S. & Huber, T. B., 10.01.2023, in: GENOME MED. 15, 1, S. 2

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  22. 2022

  23. ERR2 and ERR3 promote the development of gamma motor neuron functional properties required for proprioceptive movement control

    Khan, M. N., Cherukuri, P., Negro, F., Rajput, A., Fabrowski, P., Bansal, V., Lancelin, C., Lee, T-I., Bian, Y., Mayer, W. P., Akay, T., Müller, D., Bonn, S., Farina, D. & Marquardt, T., 21.12.2022, in: PLOS BIOL. 20, 12, e3001923.

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung

  24. Correction: Tagger-A Swiss army knife for multiomics to dissect cell type-specific mechanisms of gene expression in mice

    Kaczmarczyk, L., Bansal, V., Rajput, A., Rahman, R-U., Krzyżak, W., Degen, J., Poll, S., Fuhrmann, M., Bonn, S. & Jackson, W. S., 01.11.2022, in: PLOS BIOL. 20, 11, e3001882.

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › Andere (Vorworte u.ä.) › Forschung

  25. Pregnancy-induced maternal microchimerism shapes neurodevelopment and behavior in mice

    Schepanski, S., Chini, M., Sternemann, V., Urbschat, C., Thiele, K., Sun, T., Zhao, Y., Poburski, M., Woestemeier, A., Thieme, M-T., Zazara, D. E., Alawi, M., Fischer, N., Heeren, J., Vladimirov, N., Woehler, A., Puelles, V. G., Bonn, S., Gagliani, N., Hanganu-Opatz, I. L. & Arck, P. C., 05.08.2022, in: NAT COMMUN. 13, 1, 4571.

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung

  26. Distinct translatome changes in specific neural populations precede electroencephalographic changes in prion-infected mice

    Kaczmarczyk, L., Schleif, M., Dittrich, L., Williams, R. H., Koderman, M., Bansal, V., Rajput, A., Schulte, T., Jonson, M., Krost, C., Testaquadra, F. J., Bonn, S. & Jackson, W. S., 08.2022, in: PLOS PATHOG. 18, 8, e1010747.

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung

  27. Th17 cell plasticity towards a T-bet-dependent Th1 phenotype is required for bacterial control in Staphylococcus aureus infection

    Bartsch, P., Kilian, C., Hellmig, M., Paust, H-J., Borchers, A., Sivayoganathan, A., Enk, L., Zhao, Y., Shaikh, N., Büttner, H., Wong, M. N., Puelles, V. G., Wiech, T., Flavell, R., Huber, T. B., Turner, J-E., Bonn, S., Huber, S., Gagliani, N., Mittrücker, H-W., Rohde, H., Panzer, U. & Krebs, C. F., 04.2022, in: PLOS PATHOG. 18, 4, S. e1010430

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung

  28. 2021

  29. Towards Explainable End-to-End Prostate Cancer Relapse Prediction from H&E Images Combining Self-Attention Multiple Instance Learning with a Recurrent Neural Network

    Dietrich, E., Fuhlert, P., Ernst, A., Sauter, G., Lennartz, E. M. H., Stiehl, S., Zimmermann, M. & Bonn, S., 26.11.2021, Machine Learning for Health (ML4H) 2021: Proceedings of Machine Learning Research LEAVE UNSET:1–16, 2021. Cornell University, Band 158. S. 38-53 16 S.

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Buch/Sammelwerk › Konferenzbeitrag - Poster › Forschung

  30. Neuronal cholesterol synthesis is essential for repair of chronically demyelinated lesions in mice

    Berghoff, S. A., Spieth, L., Sun, T., Hosang, L., Depp, C., Sasmita, A. O., Vasileva, M. H., Scholz, P., Zhao, Y., Krueger-Burg, D., Wichert, S., Brown, E. R., Michail, K., Nave, K-A., Bonn, S., Odoardi, F., Rossner, M., Ischebeck, T., Edgar, J. M. & Saher, G., 26.10.2021, in: CELL REP. 37, 4, 109889.

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung

  31. Bias-invariant RNA-sequencing metadata annotation

    Wartmann, H., Heins, S., Kloiber, K. & Bonn, S., 22.09.2021, in: GIGASCIENCE. 10, 9, S. giab064

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung

  32. Single-cell biology to decode the immune cellular composition of kidney inflammation.

    Zhao, Y., Panzer, U., Bonn, S. & Krebs, C., 08.2021, in: CELL TISSUE RES. 385, 2, S. 435-443 9 S.

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Review › Forschung

  33. Deep Learning-Based Bias Transfer for Overcoming Laboratory Differences of Microscopic Images

    Thebille, A-K., Dietrich, E., Klaus, M., Gernhold, L., Lennartz, E. M. H., Kuppe, C., Kramann, R., Huber, T., Sauter, G., Puelles, V., Zimmermann, M. & Bonn, S., 06.07.2021, Annual Conference on Medical Image Understanding and Analysis: 25th Annual Conference, MIUA 2021, Oxford, United Kingdom, July 12–14, 2021, Proceedings. Papież, B. W., Yaqub, M., Jiao, J., Namburete, A. I. L. & Noble, J. A. (Hrsg.). 1 Aufl. Oxford: Springer Nature Switzerland AG, S. 322-336 15 S.

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Buch/Sammelwerk › Konferenzbeitrag - Aufsatz in Konferenzband › Forschung › Begutachtung

  34. Hippocampal neurons respond to brain activity with functional hypoxia

    Butt, U. J., Steixner-Kumar, A. A., Depp, C., Sun, T., Hassouna, I., Wüstefeld, L., Arinrad, S., Zillmann, M. R., Schopf, N., Fernandez Garcia-Agudo, L., Mohrmann, L., Bode, U., Ronnenberg, A., Hindermann, M., Goebbels, S., Bonn, S., Katschinski, D. M., Miskowiak, K. W., Nave, K-A. & Ehrenreich, H., 06.2021, in: MOL PSYCHIATR. 26, 6, S. 1790-1807 18 S.

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung

  35. Interactive gene networks with KNIT

    Magruder, D. S., Liebhoff, A. M., Bethune, J. & Bonn, S., 19.04.2021, in: BIOINFORMATICS. 37, 2, S. 276-278 3 S.

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung

  36. Deep learning-based molecular morphometrics for kidney biopsies

    Zimmermann, M., Klaus, M., Wong, M. N., Thebille, A-K., Gernhold, L., Kuppe, C., Halder, M., Kranz, J., Wanner, N., Braun, F., Wulf, S., Wiech, T., Panzer, U., Krebs, C. F., Hoxha, E., Kramann, R., Huber, T. B., Bonn, S. & Puelles, V. G., 08.04.2021, in: JCI INSIGHT. 6, 7, S. e144779

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung

  37. Algorithmic advances in machine learning for single-cell expression analysis

    Oller, S., Kloiber, K., Machart, P. & Bonn, S., 03.2021, in: CURR OPIN SYST BIOL. 2021, 25, S. 27-33 7 S.

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung

  38. Clonal expansion and activation of tissue-resident memory-like Th17 cells expressing GM-CSF in the lungs of severe COVID-19 patients

    Zhao, Y., Kilian, C., Turner, J. E., Bosurgi, L., Roedl, K., Bartsch, P., Gnirck, A. C., Cortesi, F., Schultheiß, C., Hellmig, M., Enk, L. U. B., Hausmann, F., Borchers, A., Wong, M. N., Paust, H. J., Siracusa, F., Scheibel, N., Herrmann, M., Rosati, E., Bacher, P., Kylies, D., Jarczak, D., Lütgehetmann, M., Pfefferle, S., Steurer, S., Zur Wiesch, J. S., Puelles, V. G., Sperhake, J. P., Addo, M. M., Lohse, A. W., Binder, M., Huber, S., Huber, T. B., Kluge, S., Bonn, S., Panzer, U., Gagliani, N. & Krebs, C. F., 23.02.2021, in: SCI IMMUNOL. 6, 56, eabf6692.

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung

  39. Protein phosphorylation in depolarized synaptosomes: Dissecting primary effects of calcium from synaptic vesicle cycling

    Silbern, I., Pan, K-T., Fiosins, M., Bonn, S., Rizzoli, S. O., Fornasiero, E. F., Urlaub, H. & Jahn, R., 12.02.2021, in: MOL CELL PROTEOMICS. 20, 100061.

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  40. 2020

  41. Neuropathology of patients with COVID-19 in Germany: a post-mortem case series

    Matschke, J., Lütgehetmann, M., Hagel, C., Sperhake, J. P., Schröder, A. S., Edler, C., Mushumba, H., Fitzek, A., Allweiss, L., Dandri, M., Dottermusch, M., Heinemann, A., Pfefferle, S., Schwabenland, M., Sumner Magruder, D., Bonn, S., Prinz, M., Gerloff, C., Püschel, K., Krasemann, S., Aepfelbacher, M. & Glatzel, M., 11.2020, in: LANCET NEUROL. 19, 11, S. 919-929 11 S.

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  42. SUMOylation controls the neurodevelopmental function of the transcription factor Zbtb20

    Ripamonti, S., Shomroni, O., Rhee, J. S., Chowdhury, K., Jahn, O., Hellmann, K. P., Bonn, S., Brose, N. & Tirard, M., 09.2020, in: J NEUROCHEM. 154, 6, S. 647-661 15 S.

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  43. Pathogen-induced tissue-resident memory TH17 (TRM17) cells amplify autoimmune kidney disease

    Krebs, C. F., Reimers, D., Zhao, Y., Paust, H-J., Bartsch, P., Nuñez, S., Rosemblatt, M. V., Hellmig, M., Kilian, C., Borchers, A., Enk, L. U. B., Zinke, M., Becker, M., Schmid, J., Klinge, S., Wong, M. N., Puelles, V. G., Schmidt, C., Bertram, T., Stumpf, N., Hoxha, E., Meyer-Schwesinger, C., Lindenmeyer, M. T., Cohen, C. D., Rink, M., Kurts, C., Franzenburg, S., Koch-Nolte, F., Turner, J-E., Riedel, J-H., Huber, S., Gagliani, N., Huber, T. B., Wiech, T., Rohde, H., Bono, M. R., Bonn, S., Panzer, U. & Mittrücker, H-W., 07.08.2020, in: SCI IMMUNOL. 5, 50, eaba4163.

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  44. Deep learning-based cell composition analysis from tissue expression profiles

    Menden, K., Marouf, M., Oller, S., Dalmia, A., Magruder, D. S., Kloiber, K., Heutink, P. & Bonn, S., 22.07.2020, in: SCI ADV. 6, 30, S. eaba2619

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  45. Functional hypoxia drives neuroplasticity and neurogenesis via brain erythropoietin

    Wakhloo, D., Scharkowski, F., Curto, Y., Javed Butt, U., Bansal, V., Steixner-Kumar, A. A., Wüstefeld, L., Rajput, A., Arinrad, S., Zillmann, M. R., Seelbach, A., Hassouna, I., Schneider, K., Qadir Ibrahim, A., Werner, H. B., Martens, H., Miskowiak, K., Wojcik, S. M., Bonn, S., Nacher, J., Nave, K-A. & Ehrenreich, H., 09.03.2020, in: NAT COMMUN. 11, 1, S. 1313

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  46. CRISPLD1: a novel conserved target in the transition to human heart failure

    Khadjeh, S., Hindmarsh, V., Weber, F., Cyganek, L., Vidal, R. O., Torkieh, S., Streckfuss-Bömeke, K., Lbik, D., Tiburcy, M., Mohamed, B. A., Bonn, S., Toischer, K. & Hasenfuss, G., 07.03.2020, in: BASIC RES CARDIOL. 115, 3, S. 27

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  47. Explainable Deep Learning for Augmentation of Small RNA Expression Profiles

    Fiosina, J., Fiosins, M. & Bonn, S., 01.02.2020, in: J COMPUT BIOL.

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  48. Realistic in silico generation and augmentation of single-cell RNA-seq data using generative adversarial networks

    Marouf, M., Machart, P., Bansal, V., Kilian, C., Magruder, D. S., Krebs, C. F. & Bonn, S., 09.01.2020, in: NAT COMMUN. 11, 1, S. 166

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  49. SEAweb: the small RNA Expression Atlas web application

    Rahman, R-U., Liebhoff, A-M., Bansal, V., Fiosins, M., Rajput, A., Sattar, A., Magruder, D. S., Madan, S., Sun, T., Gautam, A., Heins, S., Liwinski, T., Bethune, J., Trenkwalder, C., Fluck, J., Mollenhauer, B. & Bonn, S., 08.01.2020, in: NUCLEIC ACIDS RES. 48, D1, S. D204-D219

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  50. Organ-specific small non-coding RNA responses in domestic (Sudani) ducks experimentally infected with highly pathogenic avian influenza virus (H5N1)

    Samir, M., Vidal, R. O., Abdallah, F., Capece, V., Seehusen, F., Geffers, R., Hussein, A., Ali, A. A. H., Bonn, S. & Pessler, F., 01.2020, in: RNA BIOL. 17, 1, S. 112-124 13 S.

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  51. 2019

  52. The long noncoding RNA neuroLNC regulates presynaptic activity by interacting with the neurodegeneration-associated protein TDP-43

    Keihani, S., Kluever, V., Mandad, S., Bansal, V., Rahman, R., Fritsch, E., Gomes, L. C., Gärtner, A., Kügler, S., Urlaub, H., Wren, J. D., Bonn, S., Rizzoli, S. O. & Fornasiero, E. F., 18.12.2019, in: SCI ADV. 5, 12, S. eaay2670

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  53. Violent aggression predicted by multiple pre-adult environmental hits

    Mitjans, M., Seidel, J., Begemann, M., Bockhop, F., Moya-Higueras, J., Bansal, V., Wesolowski, J., Seelbach, A., Ibáñez, M. I., Kovacevic, F., Duvar, O., Fañanás, L., Wolf, H-U., Ortet, G., Zwanzger, P., Klein, V., Lange, I., Tänzer, A., Dudeck, M., Penke, L., van Elst, L. T., Bittner, R. A., Schmidmeier, R., Freese, R., Müller-Isberner, R., Wiltfang, J., Bliesener, T., Bonn, S., Poustka, L., Müller, J. L., Arias, B. & Ehrenreich, H., 10.2019, in: MOL PSYCHIATR. 24, 10, S. 1549-1564 16 S.

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  54. Tagger-A Swiss army knife for multiomics to dissect cell type-specific mechanisms of gene expression in mice

    Kaczmarczyk, L., Bansal, V., Rajput, A., Rahman, R-U., Krzyżak, W., Degen, J., Poll, S., Fuhrmann, M., Bonn, S. & Jackson, W. S., 08.2019, in: PLOS BIOL. 17, 8, S. e3000374

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  55. DNA Methyltransferase 1 Controls Nephron Progenitor Cell Renewal and Differentiation

    Wanner, N., Vornweg, J., Combes, A., Wilson, S., Plappert, J., Rafflenbeul, G., Puelles, V. G., Rahman, R-U., Liwinski, T., Lindner, S., Grahammer, F., Kretz, O., Wlodek, M. E., Romano, T., Moritz, K. M., Boerries, M., Busch, H., Bonn, S., Little, M. H., Bechtel-Walz, W. & Huber, T. B., 01.2019, in: J AM SOC NEPHROL. 30, 1, S. 63-78 16 S.

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  56. 2018

  57. The codon sequences predict protein lifetimes and other parameters of the protein life cycle in the mouse brain

    Mandad, S., Rahman, R-U., Centeno, T. P., Vidal, R. O., Wildhagen, H., Rammner, B., Keihani, S., Opazo, F., Urban, I., Ischebeck, T., Kirli, K., Benito, E., Fischer, A., Yousefi, R. Y., Dennerlein, S., Rehling, P., Feussner, I., Urlaub, H., Bonn, S., Rizzoli, S. O. & Fornasiero, E. F., 15.11.2018, in: SCI REP-UK. 8, 1, S. 16913

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  58. Precisely measured protein lifetimes in the mouse brain reveal differences across tissues and subcellular fractions

    Fornasiero, E. F., Mandad, S., Wildhagen, H., Alevra, M., Rammner, B., Keihani, S., Opazo, F., Urban, I., Ischebeck, T., Sakib, M. S., Fard, M. K., Kirli, K., Centeno, T. P., Vidal, R. O., Rahman, R-U., Benito, E., Fischer, A., Dennerlein, S., Rehling, P., Feussner, I., Bonn, S., Simons, M., Urlaub, H. & Rizzoli, S. O., 12.10.2018, in: NAT COMMUN. 9, 1, S. 4230

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  59. Genome-wide association study results for educational attainment aid in identifying genetic heterogeneity of schizophrenia

    Bansal, V., Mitjans, M., Burik, C. A. P., Linnér, R. K., Okbay, A., Rietveld, C. A., Begemann, M., Bonn, S., Ripke, S., de Vlaming, R., Nivard, M. G., Ehrenreich, H. & Koellinger, P. D., 06.08.2018, in: NAT COMMUN. 9, 1, S. 3078

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  60. Targeting myelin lipid metabolism as a potential therapeutic strategy in a model of CMT1A neuropathy

    Fledrich, R., Abdelaal, T., Rasch, L., Bansal, V., Schütza, V., Brügger, B., Lüchtenborg, C., Prukop, T., Stenzel, J., Rahman, R. U., Hermes, D., Ewers, D., Möbius, W., Ruhwedel, T., Katona, I., Weis, J., Klein, D., Martini, R., Brück, W., Müller, W. C., Bonn, S., Bechmann, I., Nave, K. A., Stassart, R. M. & Sereda, M. W., 02.08.2018, in: NAT COMMUN. 9, 1, S. 3025

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  61. Epigenetic alterations in longevity regulators, reduced life span, and exacerbated aging-related pathology in old father offspring mice

    Xie, K., Ryan, D. P., Pearson, B. L., Henzel, K. S., Neff, F., Vidal, R. O., Hennion, M., Lehmann, I., Schleif, M., Schröder, S., Adler, T., Rathkolb, B., Rozman, J., Schütz, A-L., Prehn, C., Mickael, M. E., Weiergräber, M., Adamski, J., Busch, D. H., Ehninger, G., Matynia, A., Jackson, W. S., Wolf, E., Fuchs, H., Gailus-Durner, V., Bonn, S., Hrabě de Angelis, M. & Ehninger, D., 06.03.2018, in: P NATL ACAD SCI USA. 115, 10, S. E2348-E2357

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  62. Oasis 2: improved online analysis of small RNA-seq data

    Rahman, R-U., Gautam, A., Bethune, J., Sattar, A., Fiosins, M., Magruder, D. S., Capece, V., Shomroni, O. & Bonn, S., 14.02.2018, in: BMC BIOINFORMATICS. 19, 1, S. 54

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  63. Regional and subtype-dependent miRNA signatures in sporadic Creutzfeldt-Jakob disease are accompanied by alterations in miRNA silencing machinery and biogenesis

    Llorens, F., Thüne, K., Martí, E., Kanata, E., Dafou, D., Díaz-Lucena, D., Vivancos, A., Shomroni, O., Zafar, S., Schmitz, M., Michel, U., Fernández-Borges, N., Andréoletti, O., Del Río, J. A., Díez, J., Fischer, A., Bonn, S., Sklaviadis, T., Torres, J. M., Ferrer, I. & Zerr, I., 22.01.2018, in: PLOS PATHOG. 14, 1, S. e1006802

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  64. Upregulation of miR-370 and miR-543 is associated with reduced expression of heat shock protein 40 in spinocerebellar ataxia type 3

    Evert, B. O., Nalavade, R., Jungverdorben, J., Matthes, F., Weber, S., Rajput, A., Bonn, S., Brüstle, O., Peitz, M. & Krauß, S., 2018, in: PLOS ONE. 13, 8, S. e0201794

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  65. 2017

  66. The landscape of human mutually exclusive splicing

    Hatje, K., Rahman, R-U., Vidal, R. O., Simm, D., Hammesfahr, B., Bansal, V., Rajput, A., Mickael, M. E., Sun, T., Bonn, S. & Kollmar, M., 14.12.2017, in: MOL SYST BIOL. 13, 12, 959.

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  67. Severe DCM phenotype of patient harboring RBM20 mutation S635A can be modeled by patient-specific induced pluripotent stem cell-derived cardiomyocytes

    Streckfuss-Bömeke, K., Tiburcy, M., Fomin, A., Luo, X., Li, W., Fischer, C., Özcelik, C., Perrot, A., Sossalla, S., Haas, J., Vidal, R. O., Rebs, S., Khadjeh, S., Meder, B., Bonn, S., Linke, W. A., Zimmermann, W-H., Hasenfuss, G. & Guan, K., 12.2017, in: J MOL CELL CARDIOL. 113, S. 9-21 13 S.

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