Institut für Computational Neuroscience
Publikationen
- 2021
Spatio-temporal feature learning with reservoir computing for T-cell segmentation in live-cell Ca2+ fluorescence microscopy
Hadaeghi, F., Diercks, B-P., Schetelig, D., Damicelli, F., Wolf, I. M. A. & Werner, R., 15.04.2021, in: SCI REP-UK. 11, 1, 8233.Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung
A Connectomic Hypothesis for the Hominization of the Brain
Changeux, J-P., Goulas, A. & Hilgetag, C. C., 31.03.2021, in: CEREB CORTEX. 31, 5, S. 2425-2449 25 S.Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung
HN1L/JPT2: A signaling protein that connects NAADP generation to Ca2+ microdomain formation
Roggenkamp, H. G., Khansahib, I., Hernandez C, L. C., Zhang, Y., Lodygin, D., Krüger, A., Gu, F., Möckl, F., Löhndorf, A., Wolters, V., Woike, D., Rosche, A., Bauche, A., Schetelig, D., Werner, R., Schlüter, H., Failla, A. V., Meier, C., Fliegert, R., Walseth, T. F., Flügel, A., Diercks, B-P. & Guse, A. H., 23.03.2021, in: SCI SIGNAL. 14, 675Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung
Imaging evolution of the primate brain: the next frontier?
Friedrich, P., Forkel, S. J., Amiez, C., Balsters, J. H., Coulon, O., Fan, L., Goulas, A., Hadj-Bouziane, F., Hecht, E. E., Heuer, K., Jiang, T., Latzman, R. D., Liu, X., Loh, K. K., Patil, K. R., Lopez-Persem, A., Procyk, E., Sallet, J., Toro, R., Vickery, S., Weis, S., Wilson, C. R. E., Xu, T., Zerbi, V., Eickoff, S. B., Margulies, D. S., Mars, R. B. & Thiebaut de Schotten, M., 03.2021, in: NEUROIMAGE. 228, S. 117685Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Review › Forschung
The natural axis of transmitter receptor distribution in the human cerebral cortex
Goulas, A., Changeux, J-P., Wagstyl, K., Amunts, K., Palomero-Gallagher, N. & Hilgetag, C. C., 19.01.2021, in: P NATL ACAD SCI USA. 118, 3, e2020574118.Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung
Comparison of intelligent 4D CT sequence scanning and conventional spiral 4D CT: a first comprehensive phantom study
Werner, R., Szkitsak, J., Sentker, T., Madesta, F., Schwarz, A., Fernolendt, S., Vornehm, M., Gauer, T., Bert, C. & Hofmann, C., 08.01.2021, in: PHYS MED BIOL. 66, 1, 10 S., 015004.Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung
PAIP 2019: Liver cancer segmentation challenge
Kim, Y. J., Jang, H., Lee, K., Park, S., Min, S-G., Hong, C., Park, J. H., Lee, K., Kim, J., Hong, W., Jung, H., Liu, Y., Rajkumar, H., Khened, M., Krishnamurthi, G., Yang, S., Wang, X., Han, C. H., Kwak, J. T., Ma, J., Tang, Z., Marami, B., Zeineh, J., Zhao, Z., Heng, P-A., Schmitz, R., Madesta, F., Rösch, T., Werner, R., Tian, J., Puybareau, E., Bovio, M., Zhang, X., Zhu, Y., Chun, S. Y., Jeong, W-K., Park, P. & Choi, J., 01.2021, in: MED IMAGE ANAL. 67, S. 101854 16 S.Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung
Reduktion der Kalibrierungszeit für die Magnetpartikelbildgebung mittels Deep Learning
Baltruschat, I. M., Szwargulski, P., Griese, F., Grosser, M., Werner, R. & Knopp, T., 2021, Bildverarbeitung für die Medizin 2021 - Proceedings, German Workshop on Medical Image Computing, 2021. Palm, C., Handels, H., Maier-Hein, K., Deserno, T. M., Maier, A. & Tolxdorff, T. (Hrsg.). Springer Science and Business Media Deutschland GmbH, S. 337 1 S. (Informatik aktuell).Publikationen: SCORING: Beitrag in Buch/Sammelwerk › Konferenzbeitrag - Aufsatz in Konferenzband › Forschung › Begutachtung
Single Image-Based Vignetting Correction for Improving the Consistency of Neural Activity Analysis in 2-Photon Functional Microscopy
Li, D., Wang, G., Werner, R., Xie, H., Guan, J-S. & Hilgetag, C-C., 2021, in: FRONT NEUROINFORM. 15, S. 674439 674439.Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung
- 2020
Cross-species functional alignment reveals evolutionary hierarchy within the connectome
Xu, T., Nenning, K-H., Schwartz, E., Hong, S-J., Vogelstein, J. T., Goulas, A., Fair, D. A., Schroeder, C. E., Margulies, D. S., Smallwood, J., Milham, M. P. & Langs, G., 12.2020, in: NEUROIMAGE. 223, S. 117346Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung
Structural integrity of white matter tracts as a predictor of acute ischemic stroke outcome
Rajashekar, D., Mouchès, P., Fiehler, J., Menon, B. K., Goyal, M., Demchuk, A. M., Hill, M. D., Dukelow, S. P. & Forkert, N. D., 12.2020, in: INT J STROKE. 15, 9, S. 965-972 8 S.Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung
Digital Health meets Hamburg integrated medical degree program iMED: Concept and introduction of the new interdisciplinary 2nd track Digital Health
Werner, R., Henningsen, M., Schmitz, R., Guse, A. H., Augustin, M. & Gauer, T., 16.11.2020, in: GMS Journal for Medical Education. 37, 6, S. Doc61 10 S.Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Lehre › Begutachtung
Self-contained deep learning-based boosting of 4D cone-beam CT reconstruction
Madesta, F., Sentker, T., Gauer, T. & Werner, R., 11.2020, in: MED PHYS. 47, 11, S. 5619-5631 13 S.Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung
Künstliche Intelligenz in der Medizin
Werner, R. & Schmitz, R., 21.10.2020, Digitale Medizin. Matusiewicz, D., Henningsen, M. & Ehlers, J. P. (Hrsg.). 1 Aufl. Medizinisch Wissenschaftliche Verlagsgesellschaft, S. 125-138 14 S.Publikationen: SCORING: Beitrag in Buch/Sammelwerk › SCORING: Beitrag in Sammelwerk › Forschung › Begutachtung
3d-SMRnet: Achieving a New Quality of MPI System Matrix Recovery by Deep Learning
Baltruschat, I. M., Szwargulski, P. K., Griese, F., Grosser, M., Werner, R. & Knopp, T., 10.2020, Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention – MICCAI 2020: 23rd International Conference, Lima, Peru, October 4–8, 2020, Proceedings, Part II. 1 Aufl. Springer Nature Switzerland, S. 74-82 9 S. (Lecture Notes in Computer Science (LNCS); Nr. 12262).Publikationen: SCORING: Beitrag in Buch/Sammelwerk › SCORING: Beitrag in Sammelwerk › Forschung › Begutachtung
Systematic modelling of the development of laminar projection origins in the cerebral cortex: Interactions of spatio-temporal patterns of neurogenesis and cellular heterogeneity
Beul, S. F. & Hilgetag, C. C., 10.2020, in: PLOS COMPUT BIOL. 16, 10, S. e1007991Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung
Time Matters: Handling Spatio-Temporal Perfusion Information for Automated TICI Scoring
Nielsen, M., Waldmann, M., Sentker, T., Frölich, A., Fiehler, J. & Werner, R., 10.2020, MICCAI 2020. 1 Aufl. Springer Nature Switzerland, Band 12266. S. 86-96 11 S. (Lecture Notes in Computer Science (LNCS)).Publikationen: SCORING: Beitrag in Buch/Sammelwerk › SCORING: Beitrag in Sammelwerk › Forschung › Begutachtung
Widening the Focus: Biomedical Image Segmentation Challenges and the Underestimated Role of Patch Sampling and Inference Strategies
Madesta, F., Schmitz, R., Rösch, T. & Werner, R., 10.2020, MICCAI 2020. 1 Aufl. Springer Nature Switzerland, Band 12264. S. 289-298 10 S. (Lecture Notes in Computer Science (LNCS)).Publikationen: SCORING: Beitrag in Buch/Sammelwerk › SCORING: Beitrag in Sammelwerk › Forschung › Begutachtung
Automatic arterial input function selection in CT and MR perfusion datasets using deep convolutional neural networks
Winder, A., d’Esterre, C. D., Menon, B. K., Fiehler, J. & Forkert, N. D., 01.09.2020, in: MED PHYS. 47, 9, S. 4199-4211 13 S.Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung
Shaping brain structure: Genetic and phylogenetic axes of macroscale organization of cortical thickness
Valk, S. L., Xu, T., Margulies, D. S., Masouleh, S. K., Paquola, C., Goulas, A., Kochunov, P., Smallwood, J., Yeo, B. T. T., Bernhardt, B. C. & Eickhoff, S. B., 09.2020, in: SCI ADV. 6, 39Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung
Game theoretical mapping of white matter contributions to visuospatial attention in stroke patients with hemineglect
Toba, M. N., Zavaglia, M., Malherbe, C., Moreau, T., Rastelli, F., Kaglik, A., Valabrègue, R., Pradat-Diehl, P., Hilgetag, C. C. & Valero-Cabré, A., 01.08.2020, in: HUM BRAIN MAPP. 41, 11, S. 2926-2950 25 S.Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung
4D CT image artifacts affect local control in SBRT of lung and liver metastases
Sentker, T., Schmidt, V., Ozga, A-K., Petersen, C., Madesta, F., Hofmann, C., Werner, R. & Gauer, T., 07.2020, in: RADIOTHER ONCOL. 148, S. 229-234 6 S.Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung
Segmentation-Based Blood Flow Parameter Refinement in Cerebrovascular Structures Using 4-D Arterial Spin Labeling MRA
Phellan, R., Lindner, T., Helle, M., Falcao, A. X., Yasuda, C. L., Sokolska, M., Jager, R. H. & Forkert, N. D., 07.2020, in: IEEE T BIO-MED ENG. 67, 7, S. 1936-1946 11 S.Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung
Individual differences in local functional brain connectivity affect TMS effects on behavior
Gießing, C., Alavash, M., Herrmann, C. S., Hilgetag, C. C. & Thiel, C. M., 26.06.2020, in: SCI REP-UK. 10, 1, S. 10422Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung
Intelligent 4D CT sequence scanning (i4DCT): First scanner prototype implementation and phantom measurements of automated breathing signal-guided 4D CT
Werner, R., Sentker, T., Madesta, F., Schwarz, A., Vornehm, M., Gauer, T. & Hofmann, C., 06.2020, in: MED PHYS. 47, 6, S. 2408-2412 5 S.Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung
Reply: Inhibition between human brain areas or methodological artefact?
Toba, M. N., Malherbe, C., Godefroy, O., Rushmore, R. J., Zavaglia, M., Maatoug, R., Mandonnet, E., Valero-Cabré, A. & Hilgetag, C. C., 05.2020, in: BRAIN. 143, 5, S. e39 e39.Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › Andere (Vorworte u.ä.) › Forschung
Technological quality requirements for stereotactic radiotherapy: Expert review group consensus from the DGMP Working Group for Physics and Technology in Stereotactic Radiotherapy
Schmitt, D., Blanck, O., Gauer, T., Fix, M. K., Brunner, T. B., Fleckenstein, J., Loutfi-Krauss, B., Manser, P., Werner, R., Wilhelm, M-L., Baus, W. W. & Moustakis, C., 05.2020, in: STRAHLENTHER ONKOL. 196, 5, S. 421-443 23 S.Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Review › Forschung
'Hierarchy' in the organization of brain networks
Hilgetag, C. C. & Goulas, A., 13.04.2020, in: PHILOS T R SOC B. 375, 1796, S. 20190319Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Review › Forschung
Unifying the essential concepts of biological networks: biological insights and philosophical foundations
Kostić, D., Hilgetag, C. C. & Tittgemeyer, M., 13.04.2020, in: PHILOS T R SOC B. 375, 1796, S. 20190314Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › Andere (Vorworte u.ä.) › Forschung
Parcellation influence on the connectivity-based structure-function relationship in the human brain
Messé, A., 01.04.2020, in: HUM BRAIN MAPP. 41, 5, S. 1167-1180 14 S.Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung
Reservoir Computing for Jurkat T-cell Segmentation in High Resolution Live Cell Ca2+ Fluorescence Microscopy
Hadäghi, F., Diercks, B-P., Wolf, I. & Werner, R., 01.04.2020, in: Proc IEEE ISBI 2020. 1, S. 1587-1591 5 S.Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung
Revisiting 'brain modes' in a new computational era: approaches for the characterization of brain-behavioural associations
Toba, M. N., Godefroy, O., Rushmore, R. J., Zavaglia, M., Maatoug, R., Hilgetag, C. C. & Valero-Cabré, A., 01.04.2020, in: BRAIN. 143, 4, S. 1088-1098 11 S.Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung
Ischemic lesion growth in acute stroke: Water uptake quantification distinguishes between edema and tissue infarct
Broocks, G., Hanning, U., Faizy, T. D., Scheibel, A., Nawabi, J., Schön, G., Forkert, N. D., Langner, S., Fiehler, J., Gellißen, S. & Kemmling, A., 04.2020, in: J CEREBR BLOOD F MET. 40, 4, S. 823-832 10 S.Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung
Correction: Improved multi-parametric prediction of tissue outcome in acute ischemic stroke patients using spatial features
Grosser, M., Gellißen, S., Borchert, P., Sedlacik, J., Nawabi, J., Fiehler, J. & Forkert, N. D., 13.03.2020, in: PLOS ONE. 15, 3, S. e0230653Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung
Combining Direct 3D Volume Rendering and Magnetic Particle Imaging to Advance Radiation-Free Real-Time 3D Guidance of Vascular Interventions
Weller, D., Salamon, J. M., Frölich, A., Möddel, M., Knopp, T. & Werner, R., 02.2020, in: CARDIOVASC INTER RAD. 43, 2, S. 322-330 9 S.Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung
Skin Lesion Classification Using CNNs with Patch-Based Attention and Diagnosis-Guided Loss Weighting
Gessert, N., Sentker, T., Madesta, F., Schmitz, R., Kniep, H., Baltruschat, I., Werner, R. & Schlaefer, A., 02.2020, in: IEEE T BIO-MED ENG. 67, 2, S. 495-503 9 S.Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung
Perturbation-driven paradoxical facilitation of visuo-spatial function: Revisiting the 'Sprague effect'
Valero-Cabré, A., Toba, M. N., Hilgetag, C. C. & Rushmore, R. J., 01.2020, in: CORTEX. 122, S. 10-39 30 S.Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Review › Forschung
Improved multi-parametric prediction of tissue outcome in acute ischemic stroke patients using spatial features
Grosser, M., Gellißen, S., Borchert, P., Sedlacik, J., Nawabi, J., Fiehler, J. & Forkert, N. D., 2020, in: PLOS ONE. 15, 1, S. e0228113Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung
Künstliche Intelligenz in der Endoskopie: Neuronale Netze und maschinelles Sehen – Techniken und Perspektiven (reprint Z Gastroenterol 2019; 57(06): 767-780)
Schmitz, R., Werner, R. & Rösch, T., 2020, in: Endo-Praxis. 2020, 36, S. 30-43Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › Andere (Vorworte u.ä.) › Forschung
Skin lesion classification using ensembles of multi-resolution EfficientNets with meta data
Gessert, N., Nielsen, M., Shaikh, M., Werner, R. & Schlaefer, A., 2020, in: METHODSX. 7, 7, S. 100864 8 S., 100864.Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung
The Impact of Covariates in Voxel-Wise Lesion-Symptom Mapping
Rajashekar, D., Wilms, M., Hecker, K. G., Hill, M. D., Dukelow, S., Fiehler, J. & Forkert, N. D., 2020, in: FRONT NEUROL. 11, S. 854Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung
- 2019
Altered topology of large-scale structural brain networks in chronic stroke
Cheng, B., Schlemm, E., Schulz, R., Bönstrup, M., Messe, A., Hilgetag, C-C., Gerloff, C. & Thomalla, G., 04.10.2019, in: BRAIN COMMUN. 2019, 1, S. 1-13Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung
The architecture of mammalian cortical connectomes in light of the theory of the dual origin of the cerebral cortex
Goulas, A., Margulies, D. S., Bezgin, G. & Hilgetag, C. C., 09.2019, in: CORTEX. 118, S. 244-261 18 S.Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung
Intelligent 4D CT sequence scanning (i4DCT): Concept and performance evaluation
Werner, R., Sentker, T., Madesta, F., Gauer, T. & Hofmann, C., 13.08.2019, in: MED PHYS. 46, 8, S. 3462-3474 13 S.Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung
Cortical thickness and cognitive performance in asymptomatic unilateral carotid artery stenosis
Nickel, A., Kessner, S., Niebuhr, A., Schröder, J., Malherbe, C., Fischer, F., Heinze, M., Cheng, B., Fiehler, J., Pinnschmidt, H., Larena-Avellaneda, A., Gerloff, C. & Thomalla, G., 25.06.2019, in: BMC CARDIOVASC DISOR. 19, 1, S. 154Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung
Cortical and thalamic connectivity of occipital visual cortical areas 17, 18, 19 and 21 of the domestic ferret (Mustela putorius furo)
Dell, L-A., Innocenti, G. M., Hilgetag, C. C. & Manger, P. R., 01.06.2019, in: J COMP NEUROL. 527, 8, S. 1293-1314 22 S.Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung
Cortical and thalamic connectivity of posterior parietal visual cortical areas PPc and PPr of the domestic ferret (Mustela putorius furo)
Dell, L-A., Innocenti, G. M., Hilgetag, C. C. & Manger, P. R., 01.06.2019, in: J COMP NEUROL. 527, 8, S. 1315-1332 18 S.Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung
Cortical and thalamic connectivity of temporal visual cortical areas 20a and 20b of the domestic ferret (Mustela putorius furo)
Dell, L-A., Innocenti, G. M., Hilgetag, C. C. & Manger, P. R., 01.06.2019, in: J COMP NEUROL. 527, 8, S. 1333-1347 15 S.Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung
Künstliche Intelligenz in der Endoskopie: Neuronale Netze und maschinelles Sehen – Techniken und Perspektiven
Schmitz, R., Werner, R. & Rösch, T., 06.2019, in: Z GASTROENTEROL. 57, 6, S. 767-780 14 S.Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Review › Forschung
Spatiotemporal ontogeny of brain wiring
Goulas, A., Betzel, R. F. & Hilgetag, C. C., 06.2019, in: SCI ADV. 5, 6, S. eaav9694Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung