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Rene Werner

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Publikationen

  1. 2024

  2. Deep learning-based conditional inpainting for restoration of artifact-affected 4D CT images

    Madesta, F., Sentker, T., Gauer, T. & Werner, R., 05.2024, in: MED PHYS. 51, 5, S. 3437-3454 18 S.

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  3. Spatial normalization for voxel-based lesion symptom mapping: impact of registration approaches

    Jühling, D., Rajashekar, D., Cheng, B., Hilgetag, C. C., Forkert, N. D. & Werner, R., 17.01.2024, in: FRONT NEUROSCI-SWITZ. 18, S. 1296357

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  4. DARTS: an open-source Python pipeline for Ca2+ microdomain analysis in live cell imaging data

    Woelk, L-M., Kovacevic, D., Husseini, H., Förster, F., Gerlach, F., Möckl, F., Altfeld, M., Guse, A. H., Diercks, B-P. & Werner, R., 11.01.2024, in: FRONT IMMUNOL. 14, S. 1299435

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  5. Deep Image Prior for Spatio-temporal Fluorescence Microscopy Images: DECO-DIP

    Meyer, L., Woelk, L-M., Gee, C., Lohr, C., Arcot Kannabiran, S., Diercks, B-P. & Werner, R., 2024, Bildverarbeitung für die Medizin 2024: Proceedings, German Conference on Medical Image Computing, Erlangen, March 10–12, 2024. Maier, A., Deserno, TM., Handels, H., Maier-Hein, K., Palm, C. & Tolxdorff, TM. (Hrsg.). 1 Aufl. Springer Vieweg, S. 322-327 6 S. (Informatik Aktuell).

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  6. Time-resolved role of P2X4 and P2X7 during CD8+ T cell activation

    Brock, V. J., Lory, N. C., Möckl, F., Birus, M., Stähler, T., Woelk, L-M., Jaeckstein, M., Heeren, J., Koch-Nolte, F., Rissiek, B., Mittrücker, H-W., Guse, A. H., Werner, R. & Diercks, B-P., 2024, in: FRONT IMMUNOL. 15, S. 1258119

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  7. 2023

  8. Dose reduction in sequence scanning 4D CT imaging through respiratory signal-guided tube current modulation: A feasibility study

    Schwarz, A., Werner, R., Wimmert, L., Vornehm, M., Gauer, T. & Hofmann, C., 12.2023, in: MED PHYS. 50, 12, S. 7539-7547 9 S.

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  9. Self-Supervision for Medical Image Classification: State-of-the-Art Performance with ~100 Labeled Training Samples per Class

    Nielsen, M., Wenderoth, L., Sentker, T. & Werner, R., 28.07.2023, in: BIOENGINEERING-BASEL. 10, 8, 14 S., 895.

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  10. Clinical application of breathing-adapted 4D CT: image quality comparison to conventional 4D CT

    Werner, R., Szkitsak, J., Madesta, F., Büttgen, L., Wimmert, L., Sentker, T., Fietkau, R., Haderlein, M., Bert, C., Gauer, T. & Hofmann, C., 07.2023, in: STRAHLENTHER ONKOL. 199, 7, S. 686-691 6 S.

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  11. Adhesion to laminin-1 and collagen IV induces the formation of Ca2+ microdomains that sensitize mouse T cells for activation

    Weiß, M., Hernandez, L. C., Gil Montoya, D. C., Löhndorf, A., Krüger, A., Kopdag, M., Uebler, L., Landwehr, M., Nawrocki, M., Huber, S., Woelk, L-M., Werner, R., Failla, A. V., Flügel, A., Dupont, G., Guse, A. H. & Diercks, B-P., 20.06.2023, in: SCIENCE SIGNALING. 16, 790, S. eabn9405

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  12. Extending Tempcyclegan for Virtual Augmentation of Gastrointestinal Endoscopy Training Simulators

    Wallrodt, M., Schulz-Alsen, M., Ehlken, H., Rösch, T., Schmitz, R. & Werner, R., 02.06.2023, Bildverarbeitung für die Medizin 2023: Proceedings, German Workshop on Medical Image Computing, Braunschweig, July 2-4, 2023. Deserno, T. M., Handels, H., Maier, A., Maier-Hein, K., Palm, C. & Tolxdorff, T. (Hrsg.). 1 Aufl. Springer Vieweg, S. 3-8 6 S. (Informatik aktuell).

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  13. Label Efficient Classification in Liquid Biopsy Data by Self-supervision

    Husseini, H., Nielsen, M., Pantel, K., Wikman, H., Riethdorf, S. & Werner, R., 02.06.2023, Bildverarbeitung für die Medizin 2023: Proceedings, German Workshop on Medical Image Computing, Braunschweig, July 2-4, 2023. Deserno, T. M., Handels, H., Maier, A., Maier-Hein, K., Palm, C. & Tolxdorff, T. (Hrsg.). 1 Aufl. Springer Vieweg, S. 261-266 6 S. (Informatik aktuell).

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  14. Discordant and Converting Receptor Expressions in Brain Metastases from Breast Cancer: MRI-Based Non-Invasive Receptor Status Tracking

    Heitkamp, A., Madesta, F., Amberg, S., Wahaj, S., Schröder, T., Bechstein, M., Meyer, L., Broocks, G., Hanning, U., Gauer, T., Werner, R., Fiehler, J., Gellißen, S. & Kniep, H. C., 23.05.2023, in: CANCERS. 15, 11, 2880.

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  15. 2022

  16. Dekonvolution von Mikroskopiedaten bei niedrigem Signal-Rausch-Verhältnis

    Woelk, L-M., Diercks, B-P. & Werner, R., 11.2022, in: BIOspektrum. 2022, 28, S. 720-722

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  17. Evaluation of magnetic resonance imaging-based radiomics characteristics for differentiation of benign and malignant peripheral nerve sheath tumors in neurofibromatosis type 1

    Ristow, I., Madesta, F., Well, L., Shenas, F. Y., Wright, F., Molwitz, I., Farschtschi, S., Bannas, P., Adam, G., Mautner, V. F., Werner, R. & Salamon, J., 03.10.2022, in: NEURO-ONCOLOGY. 24, 10, S. 1790-1798 9 S.

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  18. Reinforcement learning-basierte Patchpriorisierung zur beschleunigten Segmentierung von hochauflösenden Endoskopievideodaten

    Schüttler, S., Madesta, F., Rösch, T., Werner, R. & Schmitz, R., 05.04.2022, Informatik aktuell: Bildverarbeitung für die Medizin. Klaus, M-H., Deserno, T. M., Handels, H., Maier, A., Palm, C. & Tolxdorff, T. (Hrsg.). 1 Aufl. Wiesbaden: Springer Vieweg, S. 339-344 6 S. (Bildverarbeitung für die Medizin 2022).

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  19. Artificial intelligence in GI endoscopy: stumbling blocks, gold standards and the role of endoscopy societies

    Schmitz, R., Werner, R., Repici, A., Bisschops, R., Meining, A., Zornow, M., Messmann, H., Hassan, C., Sharma, P. & Rösch, T., 03.2022, in: GUT. 71, 3, S. 451-454 4 S.

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  20. P2X4 and P2X7 are essential players in basal T cell activity and Ca2+ signaling milliseconds after T cell activation

    Brock, V. J., Wolf, I. M. A., Er-Lukowiak, M., Lory, N., Stähler, T., Woelk, L-M., Mittrücker, H-W., Müller, C. E., Koch-Nolte, F., Rissiek, B., Werner, R., Guse, A. H. & Diercks, B-P., 04.02.2022, in: SCI ADV. 8, 5, eabl9770.

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  21. 2021

  22. Dual NADPH oxidases DUOX1 and DUOX2 synthesize NAADP and are necessary for Ca2+ signaling during T cell activation

    Gu, F., Krüger, A., Roggenkamp, H. G., Alpers, R., Lodygin, D., Jaquet, V., Möckl, F., Hernandez C, L. C., Winterberg, K., Bauche, A., Rosche, A., Grasberger, H., Kao, J. Y., Schetelig, D., Werner, R., Schröder, K., Carty, M., Bowie, A. G., Huber, S., Meier, C., Mittrücker, H-W., Heeren, J., Krause, K-H., Flügel, A., Diercks, B-P. & Guse, A. H., 16.11.2021, in: SCIENCE SIGNALING. 14, 709, eabe3800.

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  23. Deep Learning-Based Automated Thrombolysis in Cerebral Infarction Scoring: A Timely Proof-of-Principle Study

    Nielsen, M., Waldmann, M., Frölich, A. M., Flottmann, F., Hristova, E., Bendszus, M., Seker, F., Fiehler, J., Sentker, T. & Werner, R., 11.2021, in: STROKE. 52, 11, S. 3497-3504 8 S.

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  24. Time-Dependent Image Restoration of Low-SNR Live-Cell Ca2+ Fluorescence Microscopy Data

    Woelk, L-M., Kannabiran, S. A., Brock, V. J., Gee, C. E., Lohr, C., Guse, A. H., Diercks, B-P. & Werner, R., 30.10.2021, in: INT J MOL SCI. 22, 17 S., 11792.

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  25. First clinical evaluation of breathing controlled four-dimensional computed tomography imaging

    Szkitsak, J., Werner, R., Fernolendt, S., Schwarz, A., Ott, O. J., Fietkau, R., Hofmann, C. & Bert, C., 10.2021, in: PHYS IMAG RADIAT ONC. 20, S. 56-61 6 S.

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  26. Multi-scale fully convolutional neural networks for histopathology image segmentation: From nuclear aberrations to the global tissue architecture

    Schmitz, R., Madesta, F., Nielsen, M., Krause, J., Steurer, S., Werner, R. & Rösch, T., 05.2021, in: MED IMAGE ANAL. 70, S. 101996 14 S.

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  27. Spatio-temporal feature learning with reservoir computing for T-cell segmentation in live-cell Ca2+ fluorescence microscopy

    Hadaeghi, F., Diercks, B-P., Schetelig, D., Damicelli, F., Wolf, I. M. A. & Werner, R., 15.04.2021, in: SCI REP-UK. 11, 1, 8233.

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  28. HN1L/JPT2: A signaling protein that connects NAADP generation to Ca2+ microdomain formation

    Roggenkamp, H. G., Khansahib, I., Hernandez C, L. C., Zhang, Y., Lodygin, D., Krüger, A., Gu, F., Möckl, F., Löhndorf, A., Wolters, V., Woike, D., Rosche, A., Bauche, A., Schetelig, D., Werner, R., Schlüter, H., Failla, A. V., Meier, C., Fliegert, R., Walseth, T. F., Flügel, A., Diercks, B-P. & Guse, A. H., 23.03.2021, in: SCI SIGNAL. 14, 675

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  29. Comparison of intelligent 4D CT sequence scanning and conventional spiral 4D CT: a first comprehensive phantom study

    Werner, R., Szkitsak, J., Sentker, T., Madesta, F., Schwarz, A., Fernolendt, S., Vornehm, M., Gauer, T., Bert, C. & Hofmann, C., 08.01.2021, in: PHYS MED BIOL. 66, 1, 10 S., 015004.

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  30. PAIP 2019: Liver cancer segmentation challenge

    Kim, Y. J., Jang, H., Lee, K., Park, S., Min, S-G., Hong, C., Park, J. H., Lee, K., Kim, J., Hong, W., Jung, H., Liu, Y., Rajkumar, H., Khened, M., Krishnamurthi, G., Yang, S., Wang, X., Han, C. H., Kwak, J. T., Ma, J., Tang, Z., Marami, B., Zeineh, J., Zhao, Z., Heng, P-A., Schmitz, R., Madesta, F., Rösch, T., Werner, R., Tian, J., Puybareau, E., Bovio, M., Zhang, X., Zhu, Y., Chun, S. Y., Jeong, W-K., Park, P. & Choi, J., 01.2021, in: MED IMAGE ANAL. 67, S. 101854 16 S.

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  31. Reduktion der Kalibrierungszeit für die Magnetpartikelbildgebung mittels Deep Learning

    Baltruschat, I. M., Szwargulski, P., Griese, F., Grosser, M., Werner, R. & Knopp, T., 2021, Bildverarbeitung für die Medizin 2021 - Proceedings, German Workshop on Medical Image Computing, 2021. Palm, C., Handels, H., Maier-Hein, K., Deserno, T. M., Maier, A. & Tolxdorff, T. (Hrsg.). Springer Science and Business Media Deutschland GmbH, S. 337 1 S. (Informatik aktuell).

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Buch/Sammelwerk › Konferenzbeitrag - Aufsatz in Konferenzband › Forschung › Begutachtung

  32. Single Image-Based Vignetting Correction for Improving the Consistency of Neural Activity Analysis in 2-Photon Functional Microscopy

    Li, D., Wang, G., Werner, R., Xie, H., Guan, J-S. & Hilgetag, C-C., 2021, in: FRONT NEUROINFORM. 15, S. 674439 674439.

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  33. 2020

  34. Digital Health meets Hamburg integrated medical degree program iMED: Concept and introduction of the new interdisciplinary 2nd track Digital Health

    Werner, R., Henningsen, M., Schmitz, R., Guse, A. H., Augustin, M. & Gauer, T., 16.11.2020, in: GMS Journal for Medical Education. 37, 6, S. Doc61 10 S.

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  35. Self-contained deep learning-based boosting of 4D cone-beam CT reconstruction

    Madesta, F., Sentker, T., Gauer, T. & Werner, R., 11.2020, in: MED PHYS. 47, 11, S. 5619-5631 13 S.

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  36. Künstliche Intelligenz in der Medizin

    Werner, R. & Schmitz, R., 21.10.2020, Digitale Medizin. Matusiewicz, D., Henningsen, M. & Ehlers, J. P. (Hrsg.). 1 Aufl. Medizinisch Wissenschaftliche Verlagsgesellschaft, S. 125-138 14 S.

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  37. 3d-SMRnet: Achieving a New Quality of MPI System Matrix Recovery by Deep Learning

    Baltruschat, I. M., Szwargulski, P. K., Griese, F., Grosser, M., Werner, R. & Knopp, T., 10.2020, Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention – MICCAI 2020: 23rd International Conference, Lima, Peru, October 4–8, 2020, Proceedings, Part II. 1 Aufl. Springer Nature Switzerland, S. 74-82 9 S. (Lecture Notes in Computer Science (LNCS); Nr. 12262).

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  38. Time Matters: Handling Spatio-Temporal Perfusion Information for Automated TICI Scoring

    Nielsen, M., Waldmann, M., Sentker, T., Frölich, A., Fiehler, J. & Werner, R., 10.2020, MICCAI 2020. 1 Aufl. Springer Nature Switzerland, Band 12266. S. 86-96 11 S. (Lecture Notes in Computer Science (LNCS)).

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  39. Widening the Focus: Biomedical Image Segmentation Challenges and the Underestimated Role of Patch Sampling and Inference Strategies

    Madesta, F., Schmitz, R., Rösch, T. & Werner, R., 10.2020, MICCAI 2020. 1 Aufl. Springer Nature Switzerland, Band 12264. S. 289-298 10 S. (Lecture Notes in Computer Science (LNCS)).

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  40. 4D CT image artifacts affect local control in SBRT of lung and liver metastases

    Sentker, T., Schmidt, V., Ozga, A-K., Petersen, C., Madesta, F., Hofmann, C., Werner, R. & Gauer, T., 07.2020, in: RADIOTHER ONCOL. 148, S. 229-234 6 S.

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung

  41. Intelligent 4D CT sequence scanning (i4DCT): First scanner prototype implementation and phantom measurements of automated breathing signal-guided 4D CT

    Werner, R., Sentker, T., Madesta, F., Schwarz, A., Vornehm, M., Gauer, T. & Hofmann, C., 06.2020, in: MED PHYS. 47, 6, S. 2408-2412 5 S.

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung

  42. Technological quality requirements for stereotactic radiotherapy: Expert review group consensus from the DGMP Working Group for Physics and Technology in Stereotactic Radiotherapy

    Schmitt, D., Blanck, O., Gauer, T., Fix, M. K., Brunner, T. B., Fleckenstein, J., Loutfi-Krauss, B., Manser, P., Werner, R., Wilhelm, M-L., Baus, W. W. & Moustakis, C., 05.2020, in: STRAHLENTHER ONKOL. 196, 5, S. 421-443 23 S.

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Review › Forschung

  43. Reservoir Computing for Jurkat T-cell Segmentation in High Resolution Live Cell Ca2+ Fluorescence Microscopy

    Hadäghi, F., Diercks, B-P., Wolf, I. & Werner, R., 01.04.2020, in: Proc IEEE ISBI 2020. 1, S. 1587-1591 5 S.

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung

  44. Combining Direct 3D Volume Rendering and Magnetic Particle Imaging to Advance Radiation-Free Real-Time 3D Guidance of Vascular Interventions

    Weller, D., Salamon, J. M., Frölich, A., Möddel, M., Knopp, T. & Werner, R., 02.2020, in: CARDIOVASC INTER RAD. 43, 2, S. 322-330 9 S.

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung

  45. Skin Lesion Classification Using CNNs with Patch-Based Attention and Diagnosis-Guided Loss Weighting

    Gessert, N., Sentker, T., Madesta, F., Schmitz, R., Kniep, H., Baltruschat, I., Werner, R. & Schlaefer, A., 02.2020, in: IEEE T BIO-MED ENG. 67, 2, S. 495-503 9 S.

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung

  46. Künstliche Intelligenz in der Endoskopie: Neuronale Netze und maschinelles Sehen – Techniken und Perspektiven (reprint Z Gastroenterol 2019; 57(06): 767-780)

    Schmitz, R., Werner, R. & Rösch, T., 2020, in: Endo-Praxis. 2020, 36, S. 30-43

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › Andere (Vorworte u.ä.) › Forschung

  47. Skin lesion classification using ensembles of multi-resolution EfficientNets with meta data

    Gessert, N., Nielsen, M., Shaikh, M., Werner, R. & Schlaefer, A., 2020, in: METHODSX. 7, 7, S. 100864 8 S., 100864.

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung

  48. 2019

  49. Intelligent 4D CT sequence scanning (i4DCT): Concept and performance evaluation

    Werner, R., Sentker, T., Madesta, F., Gauer, T. & Hofmann, C., 13.08.2019, in: MED PHYS. 46, 8, S. 3462-3474 13 S.

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung

  50. Künstliche Intelligenz in der Endoskopie: Neuronale Netze und maschinelles Sehen – Techniken und Perspektiven

    Schmitz, R., Werner, R. & Rösch, T., 06.2019, in: Z GASTROENTEROL. 57, 6, S. 767-780 14 S.

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Review › Forschung

  51. Discrimination of the hierarchical structure of cortical layers in 2-photon microscopy data by combined unsupervised and supervised machine learning

    Li, D., Zavaglia, M., Wang, G., Xie, H., Hu, Y., Werner, R., Guan, J-S. & Hilgetag, C. C., 15.05.2019, in: SCI REP-UK. 9, 1, S. 7424

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung

  52. Self-consistent deep learning-based boosting of 4D cone-beam computed tomography reconstruction

    Madesta, F., Gauer, T., Sentker, T. & Werner, R., 15.03.2019, Medical Imaging 2019: Image Processing. 1 Aufl. SPIE , Band 10949. S. 1094902 6 S.

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  53. Toward employing the full potential of magnetic particle imaging: exploring visualization techniques and clinical use cases for real-time 3D vascular imaging

    Werner, R., Weller, D., Salamon, J. M., Möddel, M. & Knopp, T., 15.03.2019, Medical Imaging 2019: Biomedical Applications in Molecular, Structural, and Functional Imaging. 1 Aufl. SPIE , Band 10953. S. 109531V 6 S.

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  54. Patient-specific 4D Monte Carlo dose accumulation using correspondence-model-based motion prediction

    Sentker, T., Madesta, F. & Werner, R., 08.03.2019, Medical Imaging 2019: Image-Guided Procedures, Robotic Interventions, and Modeling. Fei, B. & Linte, C. A. (Hrsg.). 1 Aufl. SPIE , Band 10951. S. 1095109 7 S.

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  55. Machbarkeitsstudie zur CNN-basierten Identifikation und TICI-Klassifizierung zerebraler ischämischer Infarkte in DSA-Daten

    Nielsen, M., Waldmann, M., Frölich, A., Fiehler, J. & Werner, R., 07.02.2019, Bildverarbeitung für die Medizin 2019: Algorithmen – Systeme – Anwendungen. Proceedings des Workshops vom 17. bis 19. März 2019 in Lübeck. 1 Aufl. Springer Vieweg, S. 200-205 6 S. (Informatik aktuell).

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  56. Radiomics of Brain MRI: Utility in Prediction of Metastatic Tumor Type

    Kniep, H. C., Madesta, F., Schneider, T., Hanning, U., Schönfeld, M. H., Schön, G., Fiehler, J., Gauer, T., Werner, R. & Gellissen, S., 02.2019, in: RADIOLOGY. 290, 2, S. 479-487 9 S.

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  57. Combining Good Old Random Forest and DeepLabv3+ for ISLES 2018 CT-Based Stroke Segmentation

    Böhme, L., Madesta, F., Sentker, T. & Werner, R., 26.01.2019, Brainlesion: Glioma, Multiple Sclerosis, Stroke and Traumatic Brain Injuries. 1 Aufl. Springer, S. 335-342 8 S. (Lecture Notes in Computer Science; Band 11383).

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  58. High-Resolution Calcium Imaging Method for Local Calcium Signaling

    Diercks, B-P., Werner, R., Schetelig, D., Wolf, I. & Guse, A., 2019, Calcium-Binding Proteins of the EF-Hand Superfamily. 1 Aufl. Humana Press, Band 1929. S. 27-39 13 S.

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  59. MRI-based field of view selection for precise, real-time targeting in MPI

    Griese, F., Prieske, M., Möddel, M., Werner, R. & Knopp, T., 2019, 9th International Workshop on Magnetic Particle Imaging (IWMPI 2019). S. 207-208

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  60. Wrestling the Devil of Wasting Time: MPI System Matrix Recovery by Deep Learning

    Baltruschat, I. M., Griese, F., Szwargulski, P. K., Werner, R. & Knopp, T., 2019, 9th International Workschop on Magnetic Particle Imaging (IWMPI 2018) . 1 Aufl. Infinite Science Publishing

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  61. 2018

  62. ORAI1, STIM1/2, and RYR1 shape subsecond Ca2+ microdomains upon T cell activation.

    Diercks, B-P., Werner, R., Weidemüller, P., Czarniak, F., Hernandez, L. C., Lehmann, C., Rosche, A., Krüger, A., Kaufmann, U., Vaeth, M., Failla, A., Zobiak, B., Kandil, F-I., Schetelig, D., Ruthenbeck, A., Meier, C., Lodygin, D., Flügel, A., Ren, D., Wolf, I., Feske, S. & Guse, A., 18.12.2018, in: SCIENCE SIGNALING. 11, 561, S. eaat0358

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  63. A new cerebral vessel benchmark dataset (CAPUT) for validation of image-based aneurysm deformation estimation algorithms

    Schetelig, D., Frölich, A., Knopp, T. & Werner, R., 30.10.2018, in: SCI REP-UK. 8, 1, S. 15999 8 S.

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  64. GDL-FIRE4D: Deep Learning-based fast 4D CT image registration

    Sentker, T., Madesta, F. & Werner, R., 09.2018, Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention – MICCAI 2018. Frangi, A. F., Schnabel, J. A., Davatzikos, C., Alberola-López, C. & Fichtinger, G. (Hrsg.). 1 Aufl. Springer, Band 11070. S. 765 - 773 9 S. (Lecture Notes in Computer Science).

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  65. Analysis of the influence of imaging-related uncertainties on cerebral aneurysm deformation quantification using a no-deformation physical flow phantom

    Schetelig, D., Sedlacik, J., Fiehler, J., Frölich, A., Knopp, T., Sothmann, T., Waschkewitz, J. & Werner, R., 20.07.2018, in: SCI REP-UK. 8, 1, S. 11004 9 S., 11004.

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  66. Influence of deformable image registration on 4D dose simulation for extracranial SBRT: A multi-registration framework study

    Mogadas, N., Sothmann, T., Knopp, T., Gauer, T., Petersen, C. & Werner, R., 05.2018, in: RADIOTHER ONCOL. 127, 2, S. 225-232 8 S.

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  67. Influence of 4D CT motion artifacts on correspondence model-based 4D dose accumulation

    Sothmann, T., Gauer, T. & Werner, R., 12.03.2018, Medical Imaging 2018: Image-Guided Procedures, Robotic Interventions, and Modeling. Fei, B. & Webster, R. J. (Hrsg.). 1 Aufl. SPIE , Band 10576. S. 105760F-1 - 105760F-7 7 S. 105760F. (Progress in Biomedical Optics and Imaging).

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  68. Under-reported dosimetry errors due to interplay effects during VMAT dose delivery in extreme hypofractionated stereotactic radiotherapy

    Gauer, T., Sothmann, T., Blanck, O., Petersen, C. & Werner, R., 01.02.2018, in: STRAHLENTHER ONKOL. 194, 6, S. 570-579

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  69. Einfluss nicht-rigider Bildregistrierung auf 4D-Dosissimulation bei extrakranieller SBRT

    Mogadas, N., Sothmann, T. & Werner, R., 2018, Bildverarbeitung für die Medizin: Algorithmen - Systeme - Anwendungen. Proceedings des Workshops vom 11. bis 13. März 2018 in Erlangen. Maier, A., Deserno, T., Handels, H., Maier-Hein, K., Palm, C. & Tolxdorff, T. (Hrsg.). 1 Aufl. Springer Vieweg, S. 188-193 6 S.

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  70. Self-reference-based and during-registration detection of motion artifacts in spatio-temporal image data

    Mücke, E., Handels, H. & Werner, R., 2018, Medical Imaging 2018: Image Processing. Angelini, E. D. & Landman, B. A. (Hrsg.). 1 Aufl. SPIE , Band 10574. S. 10574-1 - 10574-7 7 S. (Proceedings of SPIE).

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  71. Technical considerations for automated low-pitch spiral 4D CT scanning protocol selection

    Werner, R., Sothmann, T., Madesta, F., Gauer, T. & Hofmann, C., 2018, Medical Imaging 2018: Physics of Medical Imaging. Lo, J. Y., Schmidt, T. G. & Chen, G-H. (Hrsg.). 1 Aufl. SPIE , Band 10573. S. 105733Y-1-105733Y-6 6 S.

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  72. 2017

  73. Correspondence model-based 4D VMAT dose simulation for analysis of local metastasis recurrence after extracranial SBRT

    Sothmann, T., Gauer, T., Wilms, M. & Werner, R., 13.11.2017, in: PHYS MED BIOL. 62, 23, S. 9001-9017

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  74. Subpopulation-based correspondence modelling for improved respiratory motion estimation in the presence of inter-fraction motion variations

    Wilms, M., Werner, R., Yamamoto, T., Handels, H. & Ehrhardt, J., 26.06.2017, in: PHYS MED BIOL. 62, 14, S. 5823-5839 17 S.

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  75. Reduction of breathing irregularity-related motion artifacts in low-pitch spiral 4D CT by optimized projection binning

    Werner, R., Hofmann, C., Mücke, E. & Gauer, T., 19.06.2017, in: RADIAT ONCOL. 12, 1, S. article ID 100 8 S.

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  76. Submillimeter-Accurate Marker Localization within Low Gradient Magnetic Particle Imaging Tomograms

    Griese, F., Knopp, T., Werner, R., Schlaefer, A. & Möddel, M., 23.03.2017, in: Int J Magn Part Imag. 3, 1, S. article ID 1703011 9 S.

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  77. 4D dose simulation in volumetric arc therapy: Accuracy and affecting parameters

    Sothmann, T., Gauer, T. & Werner, R., 2017, in: PLOS ONE. 12, 2, S. e0172810 17 S.

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  78. Defining Restrictions and Limits of Registration-Based Quantification of Geometric Deformation in Cerebral Blood Vessels

    Schetelig, D., Sedlacik, J., Schmidt, F. N., Fiehler, J. & Werner, R., 2017, Bildverarbeitung für die Medizin 2017: Algorithmen - Systeme - Anwendungen. Maier-Hain, K. H., Deserno, T., Handels, H. & Tolxdorff, T. (Hrsg.). 1 Aufl. Springer, S. 191-196 6 S. (Informatik aktuell).

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  79. Low Rank and Sparse Matrix Decomposition as Stroke Segmentation Prior: Useful or Not? A Random Forest-Based Evaluation Study

    Werner, R., Schetelig, D., Sothmann, T., Mücke, E., Wilms, M., Cheng, B. & Forkert, N. D., 2017, Bildverarbeitung für die Medizin 2017: Algorithmen - Systeme - Anwendungen. Maier-Hein, K. H., Deserno, T., Handels, H. & Tolxdorff, T. (Hrsg.). 1 Aufl. Springer, S. 161-166 6 S. (Informatik aktuell).

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  80. Systematic Analysis of Jurkat T-Cell Deformation in Fluorescence Microscopy Data

    Antoni, S-T., Ismail, O. M. F., Schetelig, D., Diercks, B-P., Werner, R., Wolf, I., Guse, A. & Schlaefer, A., 2017, Bildverarbeitung für die Medizin 2017: Algorithmen - Systeme - Anwendungen. Maier-Hain, K. H., Deserno, T., Handels, H. & Thomas, T. (Hrsg.). 1 Aufl. Springer, S. 275-280 6 S. (Informatik aktuell).

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  81. 2016

  82. Regional Lung Ventilation Analysis Using Temporally Resolved Magnetic Resonance Imaging

    Kolb, C., Wetscherek, A., Buzan, M. T., Werner, R., Rank, C. M., Kachelrie, M., Kreuter, M., Dinkel, J., Heuel, C. P. & Maier-Hein, K., 11.2016, in: J COMPUT ASSIST TOMO. 40, 6, S. 899-906 8 S.

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  83. Required transition from research to clinical application: Report on the 4D treatment planning workshops 2014 and 2015

    Knopf, A-C., Stützer, K., Richter, C., Rucinski, A., da Silva, J., Phillips, J., Engelsman, M., Shimizu, S., Werner, R., Jakobi, A., Göksel, O., Zhang, Y., Oshea, T., Fast, M., Perrin, R., Bert, C., Rinaldi, I., Korevaar, E. & McClelland, J., 07.2016, in: PHYS MEDICA. 32, 7, S. 874-882 9 S.

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  84. Geometry planning and image registration in magnetic particle imaging using bimodal fiducial markers

    Werner, F., Jung, C., Hofmann, M., Werner, R., Salamon, J., Säring, D., Kaul, M. G., Them, K., Weber, O. M., Mummert, T., Adam, G., Ittrich, H. & Knopp, T., 16.05.2016, in: MED PHYS. 43, 6, S. 2884-2893 11 S.

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  85. Phantom-based ground-truth generation for cerebral vessel segmentation and pulsatile deformation analysis

    Schetelig, D., Säring, D., Illies, T., Sedlacik, J., Kording, F. & Werner, R., 18.03.2016, Medical Imaging 2016: Image-Guided Procedures, Robotic Interventions, and Modeling. Webster, III, R. J. & Yaniv, Z. R. (Hrsg.). 1 Aufl. SPIE , Band 9786. S. 978622-1-6 6 S. UNSP 978622 . (Proceeding of SPIE).

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  86. Real time tracking in liver SBRT: comparison of CyberKnife and Vero by planning structure-based γ-evaluation and dose-area-histograms

    Sothmann, T., Blanck, O., Poels, K., Werner, R. & Gauer, T., 21.02.2016, in: PHYS MED BIOL. 61, 4, S. 1677-91 15 S.

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  87. Beyond cost function masking: RPCA-based non-linear registration in the context of VLSM

    Werner, R., Wilms, M., Cheng, B. & Forkert, N. D., 2016, International Workshop on Pattern Recognition in Neuroimaging, PRNI 2016, Trento, Italy, June 22-24, 2016. 1 Aufl. S. 1-4 4 S.

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  88. Geometrieplanung und Bildregistrierung mittels bimodaler Fiducial-Marker für Magnetic Particle Imaging

    Werner, F., Jung, C., Hofmann, M., Salamon, J. M., Werner, R., Säring, D., Kaul, M., Them, K., Weber, O. M., Mummert, T., Adam, G., Ittrich, H. & Knopp, T., 2016, Bildverarbeitung für die Medizin 2016: Algorithmen – Systeme – Anwendungen. Tolxdorff, T., Deserno, T. M., Handels, H. & Meinzer, H-P. (Hrsg.). 1 Aufl. Springer, S. 128-133 6 S. (Informatik aktuell).

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  89. Optimized projection binning for improved helical amplitude- and phase-based 4DCT reconstruction in the presence of breathing irregularity

    Werner, R., Hofmann, C. & Gauer, T., 2016, Medical Imaging 2016: Physics of Medical Imaging. Kontos, D., Flohr, T. G. & Lo, J. Y. (Hrsg.). 1 Aufl. SPIE , Band 9783. S. 978313-1-6 6 S. 978313. (Proceedings of SPIE).

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  90. 2015

  91. Sensitivity of tumor motion simulation accuracy to lung biomechanical modeling approaches and parameters

    Tehrani, J. N., Yang, Y., Werner, R., Lu, W., Low, D., Guo, X. & Wang, J., 21.11.2015, in: PHYS MED BIOL. 60, 22, S. 8833-8849 17 S.

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  92. Frontrunners of T cell activation: Initial, localized Ca2+ signals mediated by NAADP and the type 1 ryanodine receptor

    Wolf, I. M. A., Diercks, B-P., Gattkowski, E., Czarniak, F., Kempski, J., Werner, R., Schetelig, D., Mittrücker, H-W., Schumacher, V., von Osten, M., Lodygin, D., Flügel, A., Fliegert, R. & Guse, A. H., 13.10.2015, in: SCI SIGNAL. 8, 398, S. Art. ra102 13 S.

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  93. Groupwise Registration for Robust Motion Field Estimation in Artifact-Affected 4D CT Images

    Tack, A., Kobayashi, Y., Gauer, T., Schlaefer, A. & Werner, R., 10.2015, MICCAI Workshop on Imaging and Computer Assistance in Radiation Therapy Workshop (ICART). 1 Aufl. S. 18-25 8 S.

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  94. Population-based Correspondence Models for Respiratory Motion Estimation in the Presence of Interfraction Motion Variations

    Wilms, M., Werner, R., Yamamoto, T., Handels, H. & Ehrhardt, J., 10.2015, MICCAI workshop on Imaging and Computer Assistance in Radiation Therapy Workshop (ICART). 1 Aufl. S. 81-88 8 S.

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  95. Respiratory surface motion measurement by Microsoft Kinect: implementation and evaluation of a clinical setup

    Ortmüller, J., Gauer, T., Wilms, M., Handels, H. & Werner, R., 12.09.2015, in: Current Directions in Biomedical Engineering. 1, 1, S. 270-273 4 S.

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  96. Design, performance characteristics and application examples of a new 4D motion platform

    Grohmann, C., Frenzel, T., Werner, R. & Cremers, F., 06.2015, in: Z MED PHYS. 25, 2, S. 156-167 12 S.

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  97. Reference geometry-based detection of (4D-)CT motion artifacts: a feasibility study

    Werner, R. & Gauer, T., 20.03.2015, Medical Imaging 2015: Image Processing. Ourselin, S. & Styner, M. A. (Hrsg.). 1 Aufl. SPIE , Band 9413. S. 0S1-7 7 S. (Proceedings of SPIE).

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  98. Comparison of 3D and 4D Monte Carlo optimization in robotic tracking stereotactic body radiotherapy of lung cancer

    Chan, M. K. H., Werner, R., Ayadi, M. & Blanck, O., 02.2015, in: STRAHLENTHER ONKOL. 191, 2, S. 161-71 11 S.

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  99. A Modular Framework for Post-Processing and Analysis of Fluorescence Microscopy Image Sequences of Subcellular Calcium Dynamics

    Schetelig, D., Wolf, I., Diercks, B-P., Fliegert, R., Guse, A., Schlaefer, A. & Werner, R., 2015, Bildverarbeitung für die Medizin 2015. Handels, H., Deserno, T. M., Meinzer, H-P. & Tolxdorff, T. (Hrsg.). 1 Aufl. Berlin Heidelberg: Springer, S. 401-406 6 S. (Informatik Aktuell).

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  100. Variational Registration: A Flexible Open-Source ITK Toolbox for Nonrigid Image Registration

    Ehrhardt, J., Schmidt-Richberg, A., Werner, R. & Handels, H., 2015, Bildverarbeitung für die Medizin 2015. Handels, H., Deserno, T. M., Meinzer, H-P. & Tolxdorff, T. (Hrsg.). 1 Aufl. Berlin Heidelberg: Springer, S. 209-214 6 S. (Informatik Aktuell).

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  101. 2014

  102. A Flexible Variational Registration Framework

    Schmidt-Richberg, A., Werner, R., Handels, H. & Ehrhardt, J., 09.05.2014, in: Insight Journal. 12 S.

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  103. Statistical Analysis of Surrogate Signals to Incorporate Respiratory Motion Variability into Radiotherapy Treatment Planning

    Wilms, M., Ehrhardt, J., Werner, R., Marx, M. & Handels, H., 23.04.2014, Medical Imaging 2014: Image-Guided Procedures, Robotic Interventions, and Modeling. Yaniv, Z. R. & Holmes, D. R. (Hrsg.). 1 Aufl. SPIE , Band 9036. S. 0J1-8 8 S.

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  104. Lung registration using automatically detected landmarks

    Polzin, T., Rühaak, J., Werner, R., Handels, H. & Modersitzki, J., 01.01.2014, in: METHOD INFORM MED. 53, 4, S. 250-6 7 S.

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  105. Estimation of lung motion fields in 4D CT data by variational non-linear intensity-based registration:A comparison and evaluation study

    Werner, R., Schmidt-Richberg, A., Handels, H. & Ehrhardt, J., 2014, in: PHYS MED BIOL. 59, 15, S. 4247-60 14 S.

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  106. High Accuracy Optical Flow for 3D Medical Image Registration Using the Census Cost Function

    Hermann, S. & Werner, R., 2014, Image and Video Technology. Klette, R., Rivera, M. & Satoh, S. (Hrsg.). 1 Aufl. Berlin Heidelberg: Springer, Band 8333. S. 23-35 13 S. (Lecture Notes in Computer Science).

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  107. Kombination von Atemsignalen zur Optimierung der Prädiktion komplexer atmungsbedingter Organ- und Tumorbewegungen

    Ortmüller, J., Wilms, M., Werner, R. & Handels, H., 2014, Bildverarbeitung für die Medizin 2014. Deserno, T., Handels, H., Meinzer, H-P. & Tolxdorff, T. (Hrsg.). 1 Aufl. Berlin Heidelberg: Springer, S. 72-77 6 S. (Informatik Aktuell).

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  108. Multivariate regression approaches for surrogate-based diffeomorphic estimation of respiratory motion in radiation therapy

    Wilms, M., Werner, R., Ehrhardt, J., Schmidt-Richberg, A., Schlemmer, H-P. & Handels, H., 2014, in: PHYS MED BIOL. 59, 5, S. 1147-64 18 S.

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  109. Simulation of range imaging-based estimation of respiratory lung motion. Influence of noise, signal dimensionality and sampling patterns

    Wilms, M., Werner, R., Blendowski, M., Ortmüller, J. & Handels, H., 2014, in: METHOD INFORM MED. 53, 4, S. 257-63 7 S.

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  110. Simulation of spatiotemporal CT data sets using a 4D MRI-based lung motion model

    Marx, M., Ehrhardt, J., Werner, R., Schlemmer, H-P. & Handels, H., 2014, in: INT J COMPUT ASS RAD. 9, 3, S. 401-9 9 S.

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  111. TV-L1-based 3D Medical Image Registration with the Census Cost Function

    Hermann, S. & Werner, R., 2014, Image and Video Technology. Klette, R., Rivera, M. & Satoh, S. (Hrsg.). 1 Aufl. Berlin, Heidelberg: Springer, Band 8333. S. 149-161 13 S. (Lecture Notes in Computer Science).

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