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Institut für Computational Neuroscience

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Publikationen

  1. Defining Restrictions and Limits of Registration-Based Quantification of Geometric Deformation in Cerebral Blood Vessels

    Schetelig, D., Sedlacik, J., Schmidt, F. N., Fiehler, J. & Werner, R., 2017, Bildverarbeitung für die Medizin 2017: Algorithmen - Systeme - Anwendungen. Maier-Hain, K. H., Deserno, T., Handels, H. & Tolxdorff, T. (Hrsg.). 1 Aufl. Springer, S. 191-196 6 S. (Informatik aktuell).

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  2. Analysis of the influence of imaging-related uncertainties on cerebral aneurysm deformation quantification using a no-deformation physical flow phantom

    Schetelig, D., Sedlacik, J., Fiehler, J., Frölich, A., Knopp, T., Sothmann, T., Waschkewitz, J. & Werner, R., 20.07.2018, in: SCI REP-UK. 8, 1, S. 11004 9 S., 11004.

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  3. A new cerebral vessel benchmark dataset (CAPUT) for validation of image-based aneurysm deformation estimation algorithms

    Schetelig, D., Frölich, A., Knopp, T. & Werner, R., 30.10.2018, in: SCI REP-UK. 8, 1, S. 15999 8 S.

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  4. Exploring the Visible Human using the VOXEL-MAN framework.

    Schiemann, T., Freudenberg, J., Pflesser, B., Pommert, A., Priesmeyer, K., Riemer, M., Schubert, R., Tiede, U. & Höhne, K. H., 2000, in: COMPUT MED IMAG GRAP. 24, 3, S. 127-132 3.

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  5. Brain simulation as a cloud service: The Virtual Brain on EBRAINS

    Schirner, M., Domide, L., Perdikis, D., Triebkorn, P., Stefanovski, L., Pai, R., Prodan, P., Valean, B., Palmer, J., Langford, C., Blickensdörfer, A., van der Vlag, M., Diaz-Pier, S., Peyser, A., Klijn, W., Pleiter, D., Nahm, A., Schmid, O., Woodman, M., Zehl, L., Fousek, J., Petkoski, S., Kusch, L., Hashemi, M., Marinazzo, D., Mangin, J-F., Flöel, A., Akintoye, S., Stahl, B. C., Cepic, M., Johnson, E., Deco, G., McIntosh, A. R., Hilgetag, C. C., Morgan, M., Schuller, B., Upton, A., McMurtrie, C., Dickscheid, T., Bjaalie, J. G., Amunts, K., Mersmann, J., Jirsa, V. & Ritter, P., 01.05.2022, in: NEUROIMAGE. 251, 118973.

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  6. Altered topology of structural brain networks in patients with Gilles de la Tourette syndrome

    Schlemm, E., Cheng, B., Fischer, F., Hilgetag, C., Gerloff, C. & Thomalla, G., 06.09.2017, in: SCI REP-UK. 7, 1, S. 10606

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  7. Visualization of 3-D treatment plans with fast neutrons.

    Schmidt, R., Schiemann, T., Riemer, M., Thom, E., Höhne, K. H. & Hübener, K. H., 1992, in: STRAHLENTHER ONKOL. 168, 12, S. 698-702 12.

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  8. Multi-scale account of the network structure of macaque visual cortex

    Schmidt, M., Bakker, R., Hilgetag, C. C., Diesmann, M. & van Albada, S. J., 04.2018, in: BRAIN STRUCT FUNCT. 223, 3, S. 1409-1435 27 S.

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  9. Slipping Objects in Image Registration: Improved Motion Field Estimation with Direction-dependent Regularization

    Schmidt-Richberg, A., Ehrhardt, J., Werner, R. & Handels, H., 2009, Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention -- MICCAI 2009. Springer Berlin Heidelberg, S. 755-762 8 S.

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  10. Direction-dependent regularization for improved estimation of liver and lung motion in 4D image data

    Schmidt-Richberg, A., Ehrhardt, J., Werner, R. & Handels, H., 2010, Medical Imaging 2010: Image Processing. SPIE, S. 1-8 8 S.

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  11. Integrierte Segmentierung und Trajektorienberechnung mittels diffeomorpher Registrierung in räumlich-zeitlichen CT-Bildfolgen

    Schmidt-Richberg, A., Ehrhardt, J., Werner, R. & Handels, H., 2009, Bildverarbeitung für die Medizin 2009. Springer Berlin Heidelberg, S. 182-186 5 S.

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  12. Integrated Segmentation and Non-Linear Registration for Organ Segmentation and Motion Field Estimation in 4D CT Data.

    Schmidt-Richberg, A., Handels, H. & Ehrhardt, J., 2009, in: METHOD INFORM MED. 48, 4, 4.

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  13. Evaluation and Comparison of Force Terms for the Estimation of Lung Motion by Non-linear Registration of 4D-CT Image Data

    Schmidt-Richberg, A., Ehrhardt, J., Werner, R. & Handels, H., 2009, World Congress on Medical Physics and Biomedical Engineering September 7 - 12, 2009 Munich, Germany (Ifmbe Proceedings). Springer-Verlag GmbH, S. 2028-2131 104 S.

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  14. A Flexible Variational Registration Framework

    Schmidt-Richberg, A., Werner, R., Handels, H. & Ehrhardt, J., 09.05.2014, in: Insight Journal. 12 S.

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  15. Technological quality requirements for stereotactic radiotherapy: Expert review group consensus from the DGMP Working Group for Physics and Technology in Stereotactic Radiotherapy

    Schmitt, D., Blanck, O., Gauer, T., Fix, M. K., Brunner, T. B., Fleckenstein, J., Loutfi-Krauss, B., Manser, P., Werner, R., Wilhelm, M-L., Baus, W. W. & Moustakis, C., 05.2020, in: STRAHLENTHER ONKOL. 196, 5, S. 421-443 23 S.

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  16. Reaction-diffusion models in weighted and directed connectomes

    Schmitt, O., Nitzsche, C., Eipert, P., Prathapan, V., Hütt, M-T. & Hilgetag, C., 10.2022, in: PLOS COMPUT BIOL. 18, 10, e1010507.

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  17. Künstliche Intelligenz in der Endoskopie: Neuronale Netze und maschinelles Sehen – Techniken und Perspektiven

    Schmitz, R., Werner, R. & Rösch, T., 06.2019, in: Z GASTROENTEROL. 57, 6, S. 767-780 14 S.

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  18. Künstliche Intelligenz in der Endoskopie: Neuronale Netze und maschinelles Sehen – Techniken und Perspektiven (reprint Z Gastroenterol 2019; 57(06): 767-780)

    Schmitz, R., Werner, R. & Rösch, T., 2020, in: Endo-Praxis. 2020, 36, S. 30-43

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  19. Artificial intelligence in GI endoscopy: stumbling blocks, gold standards and the role of endoscopy societies

    Schmitz, R., Werner, R., Repici, A., Bisschops, R., Meining, A., Zornow, M., Messmann, H., Hassan, C., Sharma, P. & Rösch, T., 03.2022, in: GUT. 71, 3, S. 451-454 4 S.

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  20. Multi-scale fully convolutional neural networks for histopathology image segmentation: From nuclear aberrations to the global tissue architecture

    Schmitz, R., Madesta, F., Nielsen, M., Krause, J., Steurer, S., Werner, R. & Rösch, T., 05.2021, in: MED IMAGE ANAL. 70, S. 101996 14 S.

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  21. Impact of Lesion Load Thresholds on Alberta Stroke Program Early Computed Tomographic Score in Diffusion-Weighted Imaging

    Schröder, J., Cheng, B., Malherbe, C., Ebinger, M., Köhrmann, M., Wu, O., Kang, D-W., Liebeskind, D. S., Tourdias, T., Singer, O. C., Campbell, B., Luby, M., Warach, S., Fiehler, J., Kemmling, A., Fiebach, J. B., Gerloff, C. & Thomalla, G., 2018, in: FRONT NEUROL. 9, S. 273

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  22. Interactive volume visualization using "intelligent movies".

    Schubert, R., Pflesser, B., Pommert, A., Priesmeyer, K., Riemer, M., Schiemann, T., Tiede, U., Steiner, P. & Höhne, K. H., 1999, in: Stud Health Technol Inform. 62, S. 321-327

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  23. A new method for practicing exploration, dissection, and simulation with a complete computerized three-dimensional model of the brain and skull.

    Schubert, R., Höhne, K. H., Pommert, A., Riemer, M., Schiemann, T., Tiede, U. & Lierse, W., 1994, in: Acta Anat (Basel). 150, 1, S. 69-74 1.

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  24. A new method for representing the human anatomy.

    Schubert, R., Bomans, M., Höhne, K. H., Pommert, A., Riemer, M., Schiemann, T., Tiede, U. & Lierse, W., 1993, in: COMPUT MED IMAG GRAP. 17, 4-5, S. 243-249 4-5.

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  25. Functional connectivity changes in cerebral small vessel disease - a systematic review of the resting-state MRI literature

    Schulz, M., Malherbe, C., Cheng, B., Thomalla, G. & Schlemm, E., 05.05.2021, in: BMC MED. 19, 1, S. 103

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  26. Association of Age and Structural Brain Changes With Functional Connectivity and Executive Function in a Middle-Aged to Older Population-Based Cohort

    Schulz, M., Mayer, C., Schlemm, E., Frey, B. M., Malherbe, C., Petersen, M., Gallinat, J., Kühn, S., Fiehler, J., Hanning, U., Twerenbold, R., Gerloff, C., Cheng, B. & Thomalla, G., 25.02.2022, in: FRONT AGING NEUROSCI. 14, 782738.

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung

  27. Computer-aided three-dimensional reconstructions of the arrangement of primary spermatocytes in human seminiferous tubules.

    Schulze, W., Riemer, M., Rehder, U. & Höhne, K. H., 1986, in: CELL TISSUE RES. 244, 1, S. 1-7 1.

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung

  28. What information about the conserved-moiety structure of chemical reaction systems can be derived from their stoichiometry?

    Schuster, S. & Hilgetag, C., 1995, in: J PHYS CHEM C. 99, 20, S. 8017-8023 7 S.

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Fachzeitschrift/Zeitung › SCORING: Zeitschriftenaufsatz › Forschung › Begutachtung

  29. Use of convex analysis for the modelling of biochemical reaction systems

    Schuster, S., Hilgetag, C-C., Schuster, R. & Höfer, T., 1994, System Modelling an Optimization - Lecture Notes in Control and Information Sciences. Springer, S. 365-374

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Buch/Sammelwerk › SCORING: Beitrag in Sammelwerk › Forschung › Begutachtung

  30. Detecting elementary modes of functioning in metabolic networks

    Schuster, S., Hilgetag, C-C. & Fell, D. A., 1994, innsbruck university press. 103 S. (Modern Trends in BioThermoKinetics; Nr. 3)

    Publikationen: Buch/Bericht › Sammelband/Anthologie › Forschung

  31. Determining elementary modes of functioning in biochemical reaction networks at steady state

    Schuster, S., Hilgetag, C-C. & Schuster, R., 1996, Biomedical and Life Physics: Proceedings of the 2nd Gauss-Symposium. Springer Vieweg, S. 101-114 14 S.

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Buch/Sammelwerk › Konferenzbeitrag - Aufsatz in Konferenzband › Forschung › Begutachtung

  32. Elementary modes of functioning in biochemical reaction networks. Aspects of interpretation and application

    Schuster, S., Hilgetag, C-C., Woods, J. H. & Fell, D. A., 1996, Computation in Cellular and Molecular Biological Systems. World Scientific Publishing Co. Pte Ltd, S. 151-165 14 S.

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Buch/Sammelwerk › Konferenzbeitrag - Aufsatz in Konferenzband › Forschung › Begutachtung

  33. Reinforcement learning-basierte Patchpriorisierung zur beschleunigten Segmentierung von hochauflösenden Endoskopievideodaten

    Schüttler, S., Madesta, F., Rösch, T., Werner, R. & Schmitz, R., 05.04.2022, Informatik aktuell: Bildverarbeitung für die Medizin. Klaus, M-H., Deserno, T. M., Handels, H., Maier, A., Palm, C. & Tolxdorff, T. (Hrsg.). 1 Aufl. Wiesbaden: Springer Vieweg, S. 339-344 6 S. (Bildverarbeitung für die Medizin 2022).

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  34. Dose reduction in sequence scanning 4D CT imaging through respiratory signal-guided tube current modulation: A feasibility study

    Schwarz, A., Werner, R., Wimmert, L., Vornehm, M., Gauer, T. & Hofmann, C., 12.2023, in: MED PHYS. 50, 12, S. 7539-7547 9 S.

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  35. Atlasbasierte 3D-Segmentierung medizinischer Bilddaten mit Fast-Marching-Methoden

    Schwenke, M., Färber, M., Ehrhardt, J., Plaß, A. & Handels, H., 2009, Bildverarbeitung für die Medizin 2009. Springer Berlin Heidelberg, S. 172-176 5 S.

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  36. GDL-FIRE4D: Deep Learning-based fast 4D CT image registration

    Sentker, T., Madesta, F. & Werner, R., 09.2018, Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention – MICCAI 2018. Frangi, A. F., Schnabel, J. A., Davatzikos, C., Alberola-López, C. & Fichtinger, G. (Hrsg.). 1 Aufl. Springer, Band 11070. S. 765 - 773 9 S. (Lecture Notes in Computer Science).

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  37. Patient-specific 4D Monte Carlo dose accumulation using correspondence-model-based motion prediction

    Sentker, T., Madesta, F. & Werner, R., 08.03.2019, Medical Imaging 2019: Image-Guided Procedures, Robotic Interventions, and Modeling. Fei, B. & Linte, C. A. (Hrsg.). 1 Aufl. SPIE , Band 10951. S. 1095109 7 S.

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  38. 4D CT image artifacts affect local control in SBRT of lung and liver metastases

    Sentker, T., Schmidt, V., Ozga, A-K., Petersen, C., Madesta, F., Hofmann, C., Werner, R. & Gauer, T., 07.2020, in: RADIOTHER ONCOL. 148, S. 229-234 6 S.

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  39. Exploring the limits of network topology estimation using diffusion-based tractography and tracer studies in the macaque cortex

    Shen, K., Goulas, A., Grayson, D. S., Eusebio, J., Gati, J. S., Menon, R. S., McIntosh, A. R. & Everling, S., 01.05.2019, in: NEUROIMAGE. 191, S. 81-92 12 S.

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  40. Three-dimensional surface models of detailed lumbosacral structures reconstructed from the Visible Korean.

    Shin, D. S., Chung, M. S., Park, J. S., Park, H. S., Lee, S-B., Lee, S-H., Choi, H-N., Riemer, M., Handels, H., Lee, J. E. & Jung, W., 2011, in: ANN ANAT. 193, 1, S. 64-70 1.

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  41. Elevated T2-values in MRI of stroke patients shortly after symptom onset do not predict irreversible tissue infarction.

    Siemonsen, S., Löbel, U., Sedlacik, J., Forkert, N., Mouridsen, K., Østergaard, L., Thomalla, G. & Fiehler, J., 2012, in: BRAIN. 135, Pt 6, S. 1981-1989 Pt 6.

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  42. Spatial distribution of perfusion abnormality in acute MCA occlusion is associated with likelihood of later recanalization

    Siemonsen, S., Forkert, N. D., Hansen, A. T., Kemmling, A., Thomalla, G. & Fiehler, J., 2014, in: J CEREBR BLOOD F MET. 34, 5, S. 813-819 7 S.

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  43. Development of cardiac remodeling in patients with acute myocardial infarction studied by cardiac MRI (CMR)

    Sinn, M., Tahir, E., Radunski, U. K., Säring, D., Avanesov, M., Müllerleile, K., Adam, G. & Lund, G., 03.02.2015, Journal of Cardiovascular Magnetic Resonance.

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  44. Ability of extracellular volume imaging to serially measure infarct size compared to LGE within six months after acute myocardial infarction

    Sinn, M., Tahir, E., Radunski, U. K., Säring, D., Müllerleile, K., Stehning, C., Adam, G. & Lund, G., 03.02.2015, Journal of Cardiovascular Magnetic Resonance .

    Publikationen: SCORING: Beitrag in Buch/Sammelwerk › Konferenzbeitrag - Abstract in Konferenzband › Forschung › Begutachtung

  45. Real time tracking in liver SBRT: comparison of CyberKnife and Vero by planning structure-based γ-evaluation and dose-area-histograms

    Sothmann, T., Blanck, O., Poels, K., Werner, R. & Gauer, T., 21.02.2016, in: PHYS MED BIOL. 61, 4, S. 1677-91 15 S.

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  46. 4D dose simulation in volumetric arc therapy: Accuracy and affecting parameters

    Sothmann, T., Gauer, T. & Werner, R., 2017, in: PLOS ONE. 12, 2, S. e0172810 17 S.

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  47. Correspondence model-based 4D VMAT dose simulation for analysis of local metastasis recurrence after extracranial SBRT

    Sothmann, T., Gauer, T., Wilms, M. & Werner, R., 13.11.2017, in: PHYS MED BIOL. 62, 23, S. 9001-9017

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  48. Influence of 4D CT motion artifacts on correspondence model-based 4D dose accumulation

    Sothmann, T., Gauer, T. & Werner, R., 12.03.2018, Medical Imaging 2018: Image-Guided Procedures, Robotic Interventions, and Modeling. Fei, B. & Webster, R. J. (Hrsg.). 1 Aufl. SPIE , Band 10576. S. 105760F-1 - 105760F-7 7 S. 105760F. (Progress in Biomedical Optics and Imaging).

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  49. Neuropil Distribution in the Anterior Cingulate and Occipital Cortex of Artiodactyls

    Spocter, M. A., Fairbanks, J., Locey, L., Nguyen, A., Bitterman, K., Dunn, R., Sherwood, C. C., Geletta, S., Dell, L-A., Patzke, N. & Manger, P. R., 11.2018, in: ANAT REC. 301, 11, S. 1871-1881 11 S.

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  50. Organization, development and function of complex brain networks

    Sporns, O., Chialvo, D. R., Kaiser, M. & Hilgetag, C. C., 09.2004, in: TRENDS COGN SCI. 8, 9, S. 418-25 8 S.

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