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Universitätsklinikum Hamburg-Eppendorf
- Zentrum für Anästhesiologie und Intensivmedizin
  - Klinik und Poliklinik für Anästhesiologie
  - Klinik für Intensivmedizin
- Zentrum für Geburtshilfe, Kinder- und Jugendmedizin
  - Klinik und Poliklinik für Geburtshilfe und Pränatalmedizin
  - Klinik und Poliklinik für Kinder- und Jugendmedizin
  - Klinik und Poliklinik für Pädiatrische Hämatologie und Onkologie
  - Klinik und Poliklinik für Kinderchirurgie
  - Institut für Humangenetik
- Zentrum für Innere Medizin
  - I. Medizinische Klinik und Poliklinik
  - III. Medizinische Klinik und Poliklinik
  - Klinik und Poliklinik für Psychosomatische Medizin und Psychotherapie
  - Klinik und Poliklinik für Dermatologie und Venerologie
  - Institut für Infektionsforschung und Impfstoffentwicklung
- Kopf- und Neurozentrum
  - Klinik und Poliklinik für Neurologie
  - Klinik und Poliklinik Neurochirurgie
  - Klinik und Poliklinik für Hals-, Nasen- und Ohrenheilkunde
  - Klinik und Poliklinik für Hör-, Stimm- und Sprachheilkunde
  - Klinik und Poliklinik für Mund-, Kiefer- und Gesichtschirurgie
  - Klinik und Poliklinik für Augenheilkunde
- Zentrum für Onkologie
  - II. Medizinische Klinik und Poliklinik
  - Interdisziplinäre Klinik und Poliklinik für Stammzelltransplantation
  - Klinik und Poliklinik für Strahlentherapie und Radioonkologie
- University Cancer Center Hamburg (UCCH)
- Zentrum für Operative Medizin
  - Klinik und Poliklinik für Allgemein-, Viszeral- und Thoraxchirurgie
  - Klinik und Poliklinik für Unfallchirurgie und Orthopädie
  - Klinik und Poliklinik für Urologie
  - Klinik und Poliklinik für Gynäkologie
  - Klinik und Poliklinik für Viszerale Transplantationschirurgie
- Zentrum für Psychosoziale Medizin
  - Klinik und Poliklinik für Psychiatrie und Psychotherapie
  - Klinik und Poliklinik für Kinder- und Jugendpsychiatrie, -psychotherapie und -psychosomatik
  - Institut und Poliklinik für Sexualforschung und Forensische Psychiatrie
  - Institut und Poliklinik für Medizinische Psychologie
  - Institut und Poliklinik für Allgemeinmedizin
  - Institut für Geschichte und Ethik in der Medizin
  - Institut für Medizinische Soziologie
  - Gesundheitsökonomie und Versorgungsforschung
  - Universitätsprofessur für Arbeitsmedizin und Maritime Medizin
  - Institut für Versorgungsforschung in der Dermatologie und bei Pflegeberufen
  - Institut für Psychotherapie
- Zentrum für Zahn-, Mund- und Kieferheilkunde (ZMK)
  - Poliklinik für Kieferorthopädie
  - Poliklinik für Zahnärztliche Prothetik
  - Poliklinik für Parodontologie, Präventive Zahnmedizin und Zahnerhaltung
- Zentrum für Diagnostik
  - Institut für Klinische Chemie und Laboratoriumsmedizin
  - Institut für Transfusionsmedizin
  - Institut für Medizinische Mikrobiologie, Virologie und Hygiene
  - Institut für Immunologie
  - Institut für Neuropathologie
  - Institut für Rechtsmedizin
  - Institut für Pathologie
- Zentrum für Radiologie und Endoskopie
  - Klinik und Poliklinik für Diagnostische und Interventionelle Radiologie und Nuklearmedizin
  - Klinik und Poliklinik für Neuroradiologische Diagnostik und Intervention
  - Klinik und Poliklinik für Interdisziplinäre Endoskopie
- Zentrum für Experimentelle Medizin
  - Institut für Neuroanatomie
  - Institut für Anatomie und Experimentelle Morphologie
  - Institut für Biochemie und Signaltransduktion
  - Institut für Biochemie und Molekulare Zellbiologie
  - Institut für Experimentelle Pharmakologie und Toxikologie
  - Institut für Klinische Pharmakologie und Toxikologie
  - Institut für Zelluläre und Integrative Physiologie
  - Institut für Neurophysiologie und Pathophysiologie
  - Institut für Medizinische Biometrie und Epidemiologie
  - Institut für Computational Neuroscience
  - Institut für Tumorbiologie
  - Institut für Systemische Neurowissenschaften
  - Institut für Osteologie und Biomechanik
  - Institut für Experimentelle Immunologie und Hepatologie
  - Institut für Struktur- und Systembiologie
  - Institut für Herz-Kreislaufforschung
  - Institut für Angewandte Medizininformatik
- Zentrum für Molekulare Neurobiologie (ZMNH)
  - Institut für Molekulare Neurogenetik
  - Institut für Synaptische Physiologie
  - Institut für Molekulare & Zell. Kognition
  - Institut für Neuroimmunologie und Multiple Sklerose
  - Institut für Medizinische Systembiologie
  - Institut für Entwicklungsneurophysiologie
  - Institut für Systemimmunologie
  - Institut für Neurale Informationsverarbeitung
  - Sonstige MitarbeiterInnen und Einrichtungen des ZMNH
- Universitäres Herz- und Gefäßzentrum Hamburg
  - Klinik und Poliklinik für Kardiologie
  - Klinik und Poliklinik für Gefäßmedizin
  - Klinik und Poliklinik für Herz- und Gefäßchirurgie
  - Klinik und Poliklinik für Kinderherzmedizin und Erwachsene mit angeborenen Herzfehlern
- Core Facilities
  - Bioinformatik Core
  - Mauspathologie Facility
  - Stammzell Facility
  - UKE Microscopy Imaging Facility
  - Vektor Facility
- sonstige Einrichtungen
  - Apotheke